Bio.Phylo.TreeConstruction module

Classes and methods for tree construction.

class Bio.Phylo.TreeConstruction.DistanceMatrix(names, matrix=None)

Bases: Bio.Phylo.TreeConstruction._Matrix

Distance matrix class that can be used for distance based tree algorithms.

All diagonal elements will be zero no matter what the users provide.

__init__(self, names, matrix=None)

Initialize the class.

__setitem__(self, item, value)

Set Matrix’s items to values.

format_phylip(self, handle)

Write data in Phylip format to a given file-like object or handle.

The output stream is the input distance matrix format used with Phylip programs (e.g. ‘neighbor’). See: http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/neighbor.html

Parameters

handlefile or file-like object

A writeable file handle or other object supporting the ‘write’ method, such as StringIO or sys.stdout. On Python 3, should be open in text mode.

class Bio.Phylo.TreeConstruction.DistanceCalculator(model='identity', skip_letters=None)

Bases: object

Class to calculate the distance matrix from a DNA or Protein.

Multiple Sequence Alignment(MSA) and the given name of the substitution model.

Currently only scoring matrices are used.

Parameters

modelstr

Name of the model matrix to be used to calculate distance. The attribute dna_matrices contains the available model names for DNA sequences and protein_matrices for protein sequences.

Examples

>>> from Bio.Phylo.TreeConstruction import DistanceCalculator
>>> from Bio import AlignIO
>>> aln = AlignIO.read(open('Tests/TreeConstruction/msa.phy'), 'phylip')
>>> print(aln)
SingleLetterAlphabet() alignment with 5 rows and 13 columns
AACGTGGCCACAT Alpha
AAGGTCGCCACAC Beta
GAGATTTCCGCCT Delta
GAGATCTCCGCCC Epsilon
CAGTTCGCCACAA Gamma

DNA calculator with ‘identity’ model:

>>> calculator = DistanceCalculator('identity')
>>> dm = calculator.get_distance(aln)
>>> print(dm)
Alpha   0
Beta    0.230769230769  0
Gamma   0.384615384615  0.230769230769  0
Delta   0.538461538462  0.538461538462  0.538461538462  0
Epsilon 0.615384615385  0.384615384615  0.461538461538  0.153846153846  0
        Alpha           Beta            Gamma           Delta           Epsilon

Protein calculator with ‘blosum62’ model:

>>> calculator = DistanceCalculator('blosum62')
>>> dm = calculator.get_distance(aln)
>>> print(dm)
Alpha   0
Beta    0.369047619048  0
Gamma   0.493975903614  0.25            0
Delta   0.585365853659  0.547619047619  0.566265060241  0
Epsilon 0.7             0.355555555556  0.488888888889  0.222222222222  0
        Alpha           Beta            Gamma           Delta           Epsilon

dna_alphabet = ['A', 'T', 'C', 'G']

blastn = [[5], [-4, 5], [-4, -4, 5], [-4, -4, -4, 5]]

trans = [[6], [-5, 6], [-5, -1, 6], [-1, -5, -5, 6]]

protein_alphabet = ['A', 'B', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'K', 'L', 'M', 'N', 'P', 'Q', 'R', 'S', 'T', 'V', 'W', 'X', 'Y', 'Z']

dna_matrices = {'blastn': [[5], [-4, 5], [-4, -4, 5], [-4, -4, -4, 5]], 'trans': [[6], [-5, 6], [-5, -1, 6], [-1, -5, -5, 6]]}

protein_models = ['benner6', 'benner22', 'benner74', 'blosum100', 'blosum30', 'blosum35', 'blosum40', 'blosum45', 'blosum50', 'blosum55', 'blosum60', 'blosum62', 'blosum65', 'blosum70', 'blosum75', 'blosum80', 'blosum85', 'blosum90', 'blosum95', 'feng', 'fitch', 'genetic', 'gonnet', 'grant', 'ident', 'johnson', 'levin', 'mclach', 'miyata', 'nwsgappep', 'pam120', 'pam180', 'pam250', 'pam30', 'pam300', 'pam60', 'pam90', 'rao', 'risler', 'structure']

protein_matrices = {'benner22': {('A', 'A'): 2.5, ('A', 'C'): -1.2, ('A', 'P'): 0.8, ('A', 'S'): 1.3, ('A', 'T'): 1.4, ('C', 'C'): 12.6, ('D', 'A'): -0.2, ('D', 'C'): -3.7, ('D', 'D'): 4.8, ('D', 'G'): 0.7, ('D', 'N'): 2.4, ('D', 'P'): -1.8, ('D', 'S'): 0.1, ('D', 'T'): -0.7, ('E', 'A'): -0.3, ('E', 'C'): -4.3, ('E', 'D'): 3.9, ('E', 'E'): 4.6, ('E', 'G'): 0.5, ('E', 'N'): 1.2, ('E', 'P'): -1.7, ('E', 'S'): -0.5, ('E', 'T'): -0.9, ('F', 'A'): -3.1, ('F', 'C'): -0.1, ('F', 'D'): -5.4, ('F', 'E'): -5.7, ('F', 'F'): 7.7, ('F', 'G'): -5.8, ('F', 'H'): 0.3, ('F', 'I'): 0.5, ('F', 'K'): -5.1, ('F', 'L'): 2.2, ('F', 'M'): 0.7, ('F', 'N'): -3.5, ('F', 'P'): -3.4, ('F', 'Q'): -3.6, ('F', 'R'): -4.3, ('F', 'S'): -2.2, ('F', 'T'): -2.6, ('F', 'V'): -0.1, ('G', 'A'): 0.8, ('G', 'C'): -1.7, ('G', 'G'): 6.2, ('G', 'P'): -1.8, ('G', 'S'): 0.6, ('G', 'T'): -0.7, ('H', 'A'): -1.6, ('H', 'C'): -1.5, ('H', 'D'): 0.3, ('H', 'E'): -0.2, ('H', 'G'): -2.0, ('H', 'H'): 6.1, ('H', 'N'): 1.4, ('H', 'P'): -0.4, ('H', 'Q'): 2.4, ('H', 'S'): -0.5, ('H', 'T'): -1.1, ('I', 'A'): -0.4, ('I', 'C'): -2.4, ('I', 'D'): -4.0, ('I', 'E'): -3.6, ('I', 'G'): -3.8, ('I', 'H'): -3.2, ('I', 'I'): 4.2, ('I', 'K'): -3.0, ('I', 'M'): 3.1, ('I', 'N'): -2.7, ('I', 'P'): -2.3, ('I', 'Q'): -2.7, ('I', 'R'): -3.2, ('I', 'S'): -1.4, ('I', 'T'): 0.3, ('K', 'A'): -1.0, ('K', 'C'): -3.3, ('K', 'D'): 0.2, ('K', 'E'): 1.0, ('K', 'G'): -1.0, ('K', 'H'): 0.8, ('K', 'K'): 4.4, ('K', 'N'): 1.0, ('K', 'P'): -1.6, ('K', 'Q'): 2.2, ('K', 'R'): 3.9, ('K', 'S'): -0.4, ('K', 'T'): -0.4, ('L', 'A'): -1.7, ('L', 'C'): -2.6, ('L', 'D'): -4.9, ('L', 'E'): -4.4, ('L', 'G'): -4.9, ('L', 'H'): -2.1, ('L', 'I'): 2.7, ('L', 'K'): -3.3, ('L', 'L'): 4.6, ('L', 'M'): 3.2, ('L', 'N'): -3.5, ('L', 'P'): -1.3, ('L', 'Q'): -2.0, ('L', 'R'): -2.9, ('L', 'S'): -2.1, ('L', 'T'): -1.0, ('M', 'A'): -0.8, ('M', 'C'): -2.5, ('M', 'D'): -3.9, ('M', 'E'): -3.4, ('M', 'G'): -3.8, ('M', 'H'): -2.4, ('M', 'K'): -2.0, ('M', 'M'): 4.9, ('M', 'N'): -2.6, ('M', 'P'): -2.0, ('M', 'Q'): -1.7, ('M', 'R'): -2.1, ('M', 'S'): -1.5, ('M', 'T'): 0.1, ('N', 'A'): 0.0, ('N', 'C'): -1.9, ('N', 'G'): 0.4, ('N', 'N'): 3.3, ('N', 'P'): -1.1, ('N', 'S'): 1.1, ('N', 'T'): 0.5, ('P', 'C'): -3.1, ('P', 'P'): 7.0, ('P', 'S'): 1.1, ('P', 'T'): 0.4, ('Q', 'A'): -0.9, ('Q', 'C'): -3.3, ('Q', 'D'): 0.6, ('Q', 'E'): 1.7, ('Q', 'G'): -1.4, ('Q', 'N'): 0.5, ('Q', 'P'): -0.1, ('Q', 'Q'): 4.2, ('Q', 'S'): -0.6, ('Q', 'T'): -0.7, ('R', 'A'): -1.2, ('R', 'C'): -1.6, ('R', 'D'): -1.0, ('R', 'E'): -0.1, ('R', 'G'): -0.7, ('R', 'H'): 1.5, ('R', 'N'): 0.4, ('R', 'P'): -1.2, ('R', 'Q'): 2.2, ('R', 'R'): 5.0, ('R', 'S'): -0.5, ('R', 'T'): -0.7, ('S', 'C'): 0.3, ('S', 'S'): 2.0, ('T', 'C'): -1.1, ('T', 'S'): 1.5, ('T', 'T'): 2.5, ('V', 'A'): 0.4, ('V', 'C'): -1.7, ('V', 'D'): -3.0, ('V', 'E'): -2.7, ('V', 'G'): -2.5, ('V', 'H'): -3.0, ('V', 'I'): 3.6, ('V', 'K'): -2.7, ('V', 'L'): 2.0, ('V', 'M'): 2.5, ('V', 'N'): -2.3, ('V', 'P'): -1.7, ('V', 'Q'): -2.4, ('V', 'R'): -2.9, ('V', 'S'): -0.9, ('V', 'T'): 0.4, ('V', 'V'): 3.7, ('W', 'A'): -5.5, ('W', 'C'): 0.5, ('W', 'D'): -6.4, ('W', 'E'): -6.3, ('W', 'F'): 0.5, ('W', 'G'): -4.5, ('W', 'H'): -2.7, ('W', 'I'): -4.4, ('W', 'K'): -3.7, ('W', 'L'): -1.8, ('W', 'M'): -2.8, ('W', 'N'): -5.2, ('W', 'P'): -5.8, ('W', 'Q'): -3.3, ('W', 'R'): -1.1, ('W', 'S'): -3.9, ('W', 'T'): -4.5, ('W', 'V'): -4.5, ('W', 'W'): 15.7, ('W', 'Y'): 1.5, ('Y', 'A'): -3.5, ('Y', 'C'): 0.6, ('Y', 'D'): -3.0, ('Y', 'E'): -4.0, ('Y', 'F'): 5.9, ('Y', 'G'): -4.8, ('Y', 'H'): 3.7, ('Y', 'I'): -2.2, ('Y', 'K'): -3.6, ('Y', 'L'): -0.7, ('Y', 'M'): -1.8, ('Y', 'N'): -1.2, ('Y', 'P'): -3.5, ('Y', 'Q'): -1.9, ('Y', 'R'): -2.7, ('Y', 'S'): -1.9, ('Y', 'T'): -3.0, ('Y', 'V'): -2.6, ('Y', 'Y'): 9.0}, 'benner6': {('A', 'A'): 2.5, ('A', 'C'): -1.7, ('A', 'P'): 1.1, ('A', 'S'): 1.4, ('A', 'T'): 1.7, ('C', 'C'): 12.1, ('D', 'A'): -0.6, ('D', 'C'): -3.7, ('D', 'D'): 5.2, ('D', 'G'): 0.8, ('D', 'N'): 2.5, ('D', 'P'): -2.8, ('D', 'S'): -0.4, ('D', 'T'): -1.2, ('E', 'A'): -0.7, ('E', 'C'): -4.7, ('E', 'D'): 4.4, ('E', 'E'): 5.2, ('E', 'G'): 0.5, ('E', 'N'): 1.1, ('E', 'P'): -2.6, ('E', 'S'): -1.2, ('E', 'T'): -1.6, ('F', 'A'): -3.2, ('F', 'C'): -0.1, ('F', 'D'): -5.7, ('F', 'E'): -6.7, ('F', 'F'): 8.3, ('F', 'G'): -5.7, ('F', 'H'): 0.1, ('F', 'I'): 0.0, ('F', 'K'): -6.3, ('F', 'L'): 2.4, ('F', 'M'): -0.1, ('F', 'N'): -3.5, ('F', 'P'): -3.2, ('F', 'Q'): -4.4, ('F', 'R'): -4.9, ('F', 'S'): -1.8, ('F', 'T'): -2.4, ('F', 'V'): -0.5, ('G', 'A'): 0.8, ('G', 'C'): -1.3, ('G', 'G'): 5.8, ('G', 'P'): -1.7, ('G', 'S'): 0.8, ('G', 'T'): -0.5, ('H', 'A'): -2.1, ('H', 'C'): -1.2, ('H', 'D'): 0.1, ('H', 'E'): -0.2, ('H', 'G'): -2.1, ('H', 'H'): 6.1, ('H', 'N'): 1.4, ('H', 'P'): -0.4, ('H', 'Q'): 3.2, ('H', 'S'): -0.9, ('H', 'T'): -1.7, ('I', 'A'): 0.1, ('I', 'C'): -3.6, ('I', 'D'): -4.2, ('I', 'E'): -4.1, ('I', 'G'): -3.4, ('I', 'H'): -3.7, ('I', 'I'): 4.4, ('I', 'K'): -3.8, ('I', 'M'): 4.0, ('I', 'N'): -2.5, ('I', 'P'): -2.0, ('I', 'Q'): -3.8, ('I', 'R'): -3.8, ('I', 'S'): -1.2, ('I', 'T'): 0.7, ('K', 'A'): -1.9, ('K', 'C'): -2.8, ('K', 'D'): -0.2, ('K', 'E'): 0.9, ('K', 'G'): -1.4, ('K', 'H'): 0.9, ('K', 'K'): 5.6, ('K', 'N'): 1.0, ('K', 'P'): -2.3, ('K', 'Q'): 2.5, ('K', 'R'): 4.3, ('K', 'S'): -1.2, ('K', 'T'): -1.1, ('L', 'A'): -1.3, ('L', 'C'): -3.8, ('L', 'D'): -5.3, ('L', 'E'): -5.0, ('L', 'G'): -4.6, ('L', 'H'): -2.2, ('L', 'I'): 2.4, ('L', 'K'): -4.1, ('L', 'L'): 4.8, ('L', 'M'): -2.9, ('L', 'N'): -3.4, ('L', 'P'): -0.2, ('L', 'Q'): -2.4, ('L', 'R'): -3.2, ('L', 'S'): -1.5, ('L', 'T'): -0.4, ('M', 'A'): -0.2, ('M', 'C'): -3.7, ('M', 'D'): -4.3, ('M', 'E'): -4.1, ('M', 'G'): -3.7, ('M', 'H'): -3.4, ('M', 'K'): -2.9, ('M', 'M'): 4.8, ('M', 'N'): -2.5, ('M', 'P'): -1.8, ('M', 'Q'): -3.1, ('M', 'R'): -3.0, ('M', 'S'): -1.3, ('M', 'T'): 0.6, ('N', 'A'): 0.0, ('N', 'C'): -1.6, ('N', 'G'): -0.1, ('N', 'N'): 3.6, ('N', 'P'): -1.1, ('N', 'S'): 1.2, ('N', 'T'): 0.5, ('P', 'C'): -2.7, ('P', 'P'): 6.5, ('P', 'S'): 1.4, ('P', 'T'): 0.6, ('Q', 'A'): -1.7, ('Q', 'C'): -3.2, ('Q', 'D'): 0.6, ('Q', 'E'): 2.1, ('Q', 'G'): -1.6, ('Q', 'N'): 0.1, ('Q', 'P'): 0.1, ('Q', 'Q'): 5.3, ('Q', 'S'): -1.4, ('Q', 'T'): -1.7, ('R', 'A'): -1.7, ('R', 'C'): -0.4, ('R', 'D'): -1.5, ('R', 'E'): -0.4, ('R', 'G'): -0.1, ('R', 'H'): 1.8, ('R', 'N'): -0.1, ('R', 'P'): -1.3, ('R', 'Q'): 2.5, ('R', 'R'): 5.1, ('R', 'S'): -0.9, ('R', 'T'): -1.3, ('S', 'C'): 0.9, ('S', 'S'): 2.1, ('T', 'C'): -1.5, ('T', 'S'): 1.5, ('T', 'T'): 2.4, ('V', 'A'): 0.7, ('V', 'C'): -3.1, ('V', 'D'): -3.3, ('V', 'E'): -3.0, ('V', 'G'): -2.3, ('V', 'H'): -3.8, ('V', 'I'): 3.9, ('V', 'K'): -3.8, ('V', 'L'): 1.9, ('V', 'M'): 3.3, ('V', 'N'): -2.4, ('V', 'P'): -1.6, ('V', 'Q'): -3.5, ('V', 'R'): -3.7, ('V', 'S'): -0.9, ('V', 'T'): 0.6, ('V', 'V'): 4.0, ('W', 'A'): -4.3, ('W', 'C'): 1.6, ('W', 'D'): -6.3, ('W', 'E'): -5.6, ('W', 'F'): -1.6, ('W', 'G'): -1.7, ('W', 'H'): -2.8, ('W', 'I'): -5.0, ('W', 'K'): -1.4, ('W', 'L'): -3.0, ('W', 'M'): -4.4, ('W', 'N'): -4.4, ('W', 'P'): -4.8, ('W', 'Q'): -2.6, ('W', 'R'): 2.0, ('W', 'S'): -2.9, ('W', 'T'): -2.6, ('W', 'V'): -4.8, ('W', 'W'): 14.7, ('W', 'Y'): -0.3, ('Y', 'A'): -4.0, ('Y', 'C'): 2.6, ('Y', 'D'): -2.3, ('Y', 'E'): -4.1, ('Y', 'F'): 5.6, ('Y', 'G'): -4.9, ('Y', 'H'): 4.4, ('Y', 'I'): -3.3, ('Y', 'K'): -4.0, ('Y', 'L'): -1.6, ('Y', 'M'): -3.6, ('Y', 'N'): -0.9, ('Y', 'P'): -3.8, ('Y', 'Q'): -1.4, ('Y', 'R'): -2.6, ('Y', 'S'): -1.8, ('Y', 'T'): -3.4, ('Y', 'V'): -3.8, ('Y', 'Y'): 9.5}, 'benner74': {('A', 'A'): 2.4, ('A', 'C'): 0.3, ('A', 'P'): 0.4, ('A', 'S'): 1.1, ('A', 'T'): 0.7, ('C', 'C'): 11.8, ('D', 'A'): -0.3, ('D', 'C'): -3.2, ('D', 'D'): 4.8, ('D', 'G'): 0.2, ('D', 'N'): 2.2, ('D', 'P'): -1.0, ('D', 'S'): 0.4, ('D', 'T'): -0.2, ('E', 'A'): -0.1, ('E', 'C'): -3.2, ('E', 'D'): 2.9, ('E', 'E'): 3.7, ('E', 'G'): -0.5, ('E', 'N'): 1.0, ('E', 'P'): -0.7, ('E', 'S'): 0.1, ('E', 'T'): -0.2, ('F', 'A'): -2.6, ('F', 'C'): -0.7, ('F', 'D'): -4.7, ('F', 'E'): -4.3, ('F', 'F'): 7.2, ('F', 'G'): -5.4, ('F', 'H'): 0.0, ('F', 'I'): 0.9, ('F', 'K'): -3.6, ('F', 'L'): 2.1, ('F', 'M'): 1.3, ('F', 'N'): -3.2, ('F', 'P'): -3.8, ('F', 'Q'): -2.8, ('F', 'R'): -3.5, ('F', 'S'): -2.6, ('F', 'T'): -2.2, ('F', 'V'): 0.1, ('G', 'A'): 0.6, ('G', 'C'): -2.0, ('G', 'G'): 6.6, ('G', 'P'): -1.7, ('G', 'S'): 0.4, ('G', 'T'): -1.0, ('H', 'A'): -1.0, ('H', 'C'): -1.3, ('H', 'D'): 0.4, ('H', 'E'): 0.2, ('H', 'G'): -1.6, ('H', 'H'): 6.1, ('H', 'N'): 1.2, ('H', 'P'): -1.0, ('H', 'Q'): 1.4, ('H', 'S'): -0.3, ('H', 'T'): -0.5, ('I', 'A'): -0.8, ('I', 'C'): -1.2, ('I', 'D'): -3.9, ('I', 'E'): -2.9, ('I', 'G'): -4.3, ('I', 'H'): -2.3, ('I', 'I'): 4.0, ('I', 'K'): -2.3, ('I', 'M'): 2.6, ('I', 'N'): -2.8, ('I', 'P'): -2.6, ('I', 'Q'): -2.0, ('I', 'R'): -2.6, ('I', 'S'): -1.8, ('I', 'T'): -0.3, ('K', 'A'): -0.4, ('K', 'C'): -2.9, ('K', 'D'): 0.4, ('K', 'E'): 1.2, ('K', 'G'): -1.1, ('K', 'H'): 0.6, ('K', 'K'): 3.4, ('K', 'N'): 0.9, ('K', 'P'): -0.8, ('K', 'Q'): 1.7, ('K', 'R'): 2.9, ('K', 'S'): 0.0, ('K', 'T'): 0.1, ('L', 'A'): -1.4, ('L', 'C'): -1.6, ('L', 'D'): -4.2, ('L', 'E'): -3.1, ('L', 'G'): -4.6, ('L', 'H'): -1.9, ('L', 'I'): 2.8, ('L', 'K'): -2.4, ('L', 'L'): 4.2, ('L', 'M'): 2.9, ('L', 'N'): -3.1, ('L', 'P'): -2.2, ('L', 'Q'): -1.7, ('L', 'R'): -2.4, ('L', 'S'): -2.2, ('L', 'T'): -1.1, ('M', 'A'): -0.8, ('M', 'C'): -1.2, ('M', 'D'): -3.2, ('M', 'E'): -2.2, ('M', 'G'): -3.5, ('M', 'H'): -1.5, ('M', 'K'): -1.5, ('M', 'M'): 4.5, ('M', 'N'): -2.2, ('M', 'P'): -2.4, ('M', 'Q'): -1.0, ('M', 'R'): -1.8, ('M', 'S'): -1.4, ('M', 'T'): -0.4, ('N', 'A'): -0.2, ('N', 'C'): -1.8, ('N', 'G'): 0.4, ('N', 'N'): 3.6, ('N', 'P'): -1.0, ('N', 'S'): 0.9, ('N', 'T'): 0.4, ('P', 'C'): -3.1, ('P', 'P'): 7.5, ('P', 'S'): 0.5, ('P', 'T'): 0.1, ('Q', 'A'): -0.3, ('Q', 'C'): -2.6, ('Q', 'D'): 0.8, ('Q', 'E'): 1.7, ('Q', 'G'): -1.1, ('Q', 'N'): 0.7, ('Q', 'P'): -0.2, ('Q', 'Q'): 3.0, ('Q', 'S'): 0.1, ('Q', 'T'): -0.1, ('R', 'A'): -0.8, ('R', 'C'): -2.2, ('R', 'D'): -0.5, ('R', 'E'): 0.3, ('R', 'G'): -1.0, 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'D'): 5, ('B', 'E'): 0, ('B', 'F'): -2, ('B', 'G'): 0, ('B', 'H'): 0, ('B', 'I'): -2, ('B', 'K'): 0, ('B', 'L'): -2, ('B', 'M'): -2, ('B', 'N'): 4, ('B', 'P'): -1, ('B', 'Q'): 0, ('B', 'R'): -1, ('B', 'S'): 0, ('B', 'T'): -1, ('B', 'V'): -2, ('B', 'W'): -3, ('B', 'Y'): -2, ('C', 'A'): -2, ('C', 'C'): 15, ('C', 'D'): -3, ('C', 'N'): -1, ('C', 'R'): -3, ('D', 'A'): -1, ('D', 'D'): 8, ('D', 'N'): 1, ('D', 'R'): -1, ('E', 'A'): -1, ('E', 'C'): -1, ('E', 'D'): 2, ('E', 'E'): 6, ('E', 'N'): -1, ('E', 'Q'): 2, ('E', 'R'): -1, ('F', 'A'): -2, ('F', 'C'): -4, ('F', 'D'): -3, ('F', 'E'): -3, ('F', 'F'): 8, ('F', 'G'): -3, ('F', 'H'): -3, ('F', 'I'): 1, ('F', 'K'): -1, ('F', 'L'): 2, ('F', 'M'): 0, ('F', 'N'): -1, ('F', 'Q'): -4, ('F', 'R'): -1, ('G', 'A'): 0, ('G', 'C'): -3, ('G', 'D'): -2, ('G', 'E'): -2, ('G', 'G'): 7, ('G', 'N'): 1, ('G', 'Q'): -2, ('G', 'R'): -2, ('H', 'A'): -2, ('H', 'C'): -4, ('H', 'D'): 0, ('H', 'E'): -1, ('H', 'G'): -2, ('H', 'H'): 12, ('H', 'N'): 1, ('H', 'Q'): -1, ('H', 'R'): -1, ('I', 'A'): -1, ('I', 'C'): -4, ('I', 'D'): -3, ('I', 'E'): -3, ('I', 'G'): -3, ('I', 'H'): -3, ('I', 'I'): 5, ('I', 'N'): -1, ('I', 'Q'): -2, ('I', 'R'): -3, ('K', 'A'): 0, ('K', 'C'): -2, ('K', 'D'): -1, ('K', 'E'): 1, ('K', 'G'): -1, ('K', 'H'): -2, ('K', 'I'): -2, ('K', 'K'): 5, ('K', 'L'): -2, ('K', 'N'): 0, ('K', 'Q'): 0, ('K', 'R'): 2, ('L', 'A'): -2, ('L', 'C'): -2, ('L', 'D'): -2, ('L', 'E'): -1, ('L', 'G'): -3, ('L', 'H'): -2, ('L', 'I'): 2, ('L', 'L'): 5, ('L', 'N'): -2, ('L', 'Q'): -2, ('L', 'R'): -2, ('M', 'A'): 0, ('M', 'C'): -4, ('M', 'D'): -3, ('M', 'E'): -2, ('M', 'G'): -1, ('M', 'H'): 1, ('M', 'I'): 1, ('M', 'K'): 0, ('M', 'L'): 3, ('M', 'M'): 6, ('M', 'N'): -1, ('M', 'Q'): -1, ('M', 'R'): 0, ('N', 'A'): -1, ('N', 'N'): 7, ('N', 'R'): -1, ('P', 'A'): -2, ('P', 'C'): -4, ('P', 'D'): -1, ('P', 'E'): 0, ('P', 'F'): -4, ('P', 'G'): -2, ('P', 'H'): -1, ('P', 'I'): -1, ('P', 'K'): 0, ('P', 'L'): -3, ('P', 'M'): -3, ('P', 'N'): -2, ('P', 'P'): 10, ('P', 'Q'): 0, ('P', 'R'): -2, ('Q', 'A'): 0, ('Q', 'C'): -3, ('Q', 'D'): -1, ('Q', 'N'): 1, ('Q', 'Q'): 7, ('Q', 'R'): 2, ('R', 'A'): -1, ('R', 'R'): 8, ('S', 'A'): 1, ('S', 'C'): -3, ('S', 'D'): -1, ('S', 'E'): 0, ('S', 'F'): -1, ('S', 'G'): 1, ('S', 'H'): -1, ('S', 'I'): -2, ('S', 'K'): 0, ('S', 'L'): -2, ('S', 'M'): -1, ('S', 'N'): 0, ('S', 'P'): -2, ('S', 'Q'): 0, ('S', 'R'): -1, ('S', 'S'): 4, ('T', 'A'): 0, ('T', 'C'): -1, ('T', 'D'): -1, ('T', 'E'): -1, ('T', 'F'): -1, ('T', 'G'): -2, ('T', 'H'): -2, ('T', 'I'): -1, ('T', 'K'): 0, ('T', 'L'): 0, ('T', 'M'): 0, ('T', 'N'): 0, ('T', 'P'): 0, ('T', 'Q'): 0, ('T', 'R'): -2, ('T', 'S'): 2, ('T', 'T'): 5, ('V', 'A'): 0, ('V', 'C'): -2, ('V', 'D'): -2, ('V', 'E'): -2, ('V', 'F'): 1, ('V', 'G'): -3, ('V', 'H'): -4, ('V', 'I'): 4, ('V', 'K'): -2, ('V', 'L'): 2, ('V', 'M'): 1, ('V', 'N'): -2, ('V', 'P'): -3, ('V', 'Q'): -3, ('V', 'R'): -1, ('V', 'S'): -1, ('V', 'T'): 1, ('V', 'V'): 5, ('V', 'W'): -2, ('V', 'Y'): 0, ('W', 'A'): -2, ('W', 'C'): -5, 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('Z', 'G'): -2, ('Z', 'H'): -1, ('Z', 'I'): -3, ('Z', 'K'): 1, ('Z', 'L'): -2, ('Z', 'M'): -2, ('Z', 'N'): 0, ('Z', 'P'): 0, ('Z', 'Q'): 4, ('Z', 'R'): 0, ('Z', 'S'): 0, ('Z', 'T'): -1, ('Z', 'V'): -2, ('Z', 'W'): -1, ('Z', 'Y'): -1, ('Z', 'Z'): 4}, 'blosum40': {('A', 'A'): 5, ('B', 'A'): -1, ('B', 'B'): 5, ('B', 'C'): -2, ('B', 'D'): 6, ('B', 'E'): 1, ('B', 'F'): -3, ('B', 'G'): -1, ('B', 'H'): 0, ('B', 'I'): -3, ('B', 'K'): 0, ('B', 'L'): -3, ('B', 'M'): -3, ('B', 'N'): 4, ('B', 'P'): -2, ('B', 'Q'): 0, ('B', 'R'): -1, ('B', 'S'): 0, ('B', 'T'): 0, ('B', 'V'): -3, ('B', 'W'): -4, ('B', 'Y'): -3, ('C', 'A'): -2, ('C', 'C'): 16, ('C', 'D'): -2, ('C', 'N'): -2, ('C', 'R'): -3, ('D', 'A'): -1, ('D', 'D'): 9, ('D', 'N'): 2, ('D', 'R'): -1, ('E', 'A'): -1, ('E', 'C'): -2, ('E', 'D'): 2, ('E', 'E'): 7, ('E', 'N'): -1, ('E', 'Q'): 2, ('E', 'R'): -1, ('F', 'A'): -3, ('F', 'C'): -2, ('F', 'D'): -4, ('F', 'E'): -3, ('F', 'F'): 9, ('F', 'G'): -3, ('F', 'H'): -2, ('F', 'I'): 1, ('F', 'K'): -3, ('F', 'L'): 2, ('F', 'M'): 0, ('F', 'N'): -3, ('F', 'Q'): -4, ('F', 'R'): -2, ('G', 'A'): 1, ('G', 'C'): -3, ('G', 'D'): -2, ('G', 'E'): -3, ('G', 'G'): 8, ('G', 'N'): 0, ('G', 'Q'): -2, ('G', 'R'): -3, ('H', 'A'): -2, ('H', 'C'): -4, ('H', 'D'): 0, ('H', 'E'): 0, ('H', 'G'): -2, ('H', 'H'): 13, ('H', 'N'): 1, ('H', 'Q'): 0, ('H', 'R'): 0, ('I', 'A'): -1, ('I', 'C'): -4, ('I', 'D'): -4, ('I', 'E'): -4, ('I', 'G'): -4, ('I', 'H'): -3, ('I', 'I'): 6, ('I', 'N'): -2, ('I', 'Q'): -3, ('I', 'R'): -3, ('K', 'A'): -1, ('K', 'C'): -3, ('K', 'D'): 0, ('K', 'E'): 1, ('K', 'G'): -2, ('K', 'H'): -1, ('K', 'I'): -3, ('K', 'K'): 6, ('K', 'L'): -2, ('K', 'N'): 0, ('K', 'Q'): 1, ('K', 'R'): 3, ('L', 'A'): -2, ('L', 'C'): -2, ('L', 'D'): -3, ('L', 'E'): -2, ('L', 'G'): -4, ('L', 'H'): -2, ('L', 'I'): 2, ('L', 'L'): 6, ('L', 'N'): -3, ('L', 'Q'): -2, ('L', 'R'): -2, ('M', 'A'): -1, ('M', 'C'): -3, ('M', 'D'): -3, ('M', 'E'): -2, ('M', 'G'): -2, ('M', 'H'): 1, ('M', 'I'): 1, ('M', 'K'): -1, ('M', 'L'): 3, ('M', 'M'): 7, ('M', 'N'): -2, ('M', 'Q'): -1, ('M', 'R'): -1, ('N', 'A'): -1, ('N', 'N'): 8, ('N', 'R'): 0, ('P', 'A'): -2, ('P', 'C'): -5, ('P', 'D'): -2, ('P', 'E'): 0, ('P', 'F'): -4, ('P', 'G'): -1, ('P', 'H'): -2, ('P', 'I'): -2, ('P', 'K'): -1, ('P', 'L'): -4, ('P', 'M'): -2, ('P', 'N'): -2, ('P', 'P'): 11, ('P', 'Q'): -2, ('P', 'R'): -3, ('Q', 'A'): 0, ('Q', 'C'): -4, ('Q', 'D'): -1, ('Q', 'N'): 1, ('Q', 'Q'): 8, ('Q', 'R'): 2, ('R', 'A'): -2, ('R', 'R'): 9, ('S', 'A'): 1, ('S', 'C'): -1, ('S', 'D'): 0, ('S', 'E'): 0, ('S', 'F'): -2, ('S', 'G'): 0, ('S', 'H'): -1, ('S', 'I'): -2, ('S', 'K'): 0, ('S', 'L'): -3, ('S', 'M'): -2, ('S', 'N'): 1, ('S', 'P'): -1, ('S', 'Q'): 1, ('S', 'R'): -1, ('S', 'S'): 5, ('T', 'A'): 0, ('T', 'C'): -1, ('T', 'D'): -1, ('T', 'E'): -1, ('T', 'F'): -1, ('T', 'G'): -2, ('T', 'H'): -2, ('T', 'I'): -1, ('T', 'K'): 0, ('T', 'L'): -1, ('T', 'M'): -1, ('T', 'N'): 0, ('T', 'P'): 0, ('T', 'Q'): -1, ('T', 'R'): -2, ('T', 'S'): 2, ('T', 'T'): 6, ('V', 'A'): 0, ('V', 'C'): -2, ('V', 'D'): -3, ('V', 'E'): -3, ('V', 'F'): 0, ('V', 'G'): -4, ('V', 'H'): -4, ('V', 'I'): 4, ('V', 'K'): -2, ('V', 'L'): 2, ('V', 'M'): 1, ('V', 'N'): -3, ('V', 'P'): -3, ('V', 'Q'): -3, ('V', 'R'): -2, ('V', 'S'): -1, ('V', 'T'): 1, ('V', 'V'): 5, ('V', 'W'): -3, ('V', 'Y'): -1, ('W', 'A'): -3, ('W', 'C'): -6, ('W', 'D'): -5, ('W', 'E'): -2, ('W', 'F'): 1, ('W', 'G'): -2, ('W', 'H'): -5, ('W', 'I'): -3, ('W', 'K'): -2, ('W', 'L'): -1, ('W', 'M'): -2, ('W', 'N'): -4, ('W', 'P'): -4, ('W', 'Q'): -1, ('W', 'R'): -2, ('W', 'S'): -5, ('W', 'T'): -4, ('W', 'W'): 19, ('X', 'A'): 0, ('X', 'B'): -1, ('X', 'C'): -2, ('X', 'D'): -1, ('X', 'E'): -1, ('X', 'F'): -1, ('X', 'G'): -1, ('X', 'H'): -1, ('X', 'I'): -1, ('X', 'K'): -1, ('X', 'L'): -1, ('X', 'M'): 0, ('X', 'N'): -1, ('X', 'P'): -2, ('X', 'Q'): -1, ('X', 'R'): -1, ('X', 'S'): 0, ('X', 'T'): 0, ('X', 'V'): -1, ('X', 'W'): -2, ('X', 'X'): -1, ('X', 'Y'): -1, ('X', 'Z'): -1, ('Y', 'A'): -2, ('Y', 'C'): -4, ('Y', 'D'): -3, ('Y', 'E'): -2, ('Y', 'F'): 4, ('Y', 'G'): -3, ('Y', 'H'): 2, ('Y', 'I'): 0, ('Y', 'K'): -1, ('Y', 'L'): 0, ('Y', 'M'): 1, ('Y', 'N'): -2, ('Y', 'P'): -3, ('Y', 'Q'): -1, ('Y', 'R'): -1, ('Y', 'S'): -2, ('Y', 'T'): -1, ('Y', 'W'): 3, ('Y', 'Y'): 9, ('Z', 'A'): -1, ('Z', 'B'): 2, ('Z', 'C'): -3, ('Z', 'D'): 1, ('Z', 'E'): 5, ('Z', 'F'): -4, ('Z', 'G'): -2, ('Z', 'H'): 0, ('Z', 'I'): -4, ('Z', 'K'): 1, ('Z', 'L'): -2, ('Z', 'M'): -2, ('Z', 'N'): 0, ('Z', 'P'): -1, ('Z', 'Q'): 4, ('Z', 'R'): 0, ('Z', 'S'): 0, ('Z', 'T'): -1, ('Z', 'V'): -3, ('Z', 'W'): -2, ('Z', 'Y'): -2, ('Z', 'Z'): 5}, 'blosum45': {('A', 'A'): 5, ('B', 'A'): -1, ('B', 'B'): 4, ('B', 'C'): -2, ('B', 'D'): 5, ('B', 'E'): 1, ('B', 'F'): -3, ('B', 'G'): -1, ('B', 'H'): 0, ('B', 'I'): -3, ('B', 'K'): 0, ('B', 'L'): -3, ('B', 'M'): -2, ('B', 'N'): 4, ('B', 'P'): -2, ('B', 'Q'): 0, ('B', 'R'): -1, ('B', 'S'): 0, ('B', 'T'): 0, ('B', 'V'): -3, ('B', 'W'): -4, ('B', 'Y'): -2, ('C', 'A'): -1, ('C', 'C'): 12, ('C', 'D'): -3, ('C', 'N'): -2, ('C', 'R'): -3, ('D', 'A'): -2, ('D', 'D'): 7, ('D', 'N'): 2, ('D', 'R'): -1, ('E', 'A'): -1, ('E', 'C'): -3, ('E', 'D'): 2, ('E', 'E'): 6, ('E', 'N'): 0, ('E', 'Q'): 2, ('E', 'R'): 0, ('F', 'A'): -2, ('F', 'C'): -2, ('F', 'D'): -4, ('F', 'E'): -3, ('F', 'F'): 8, ('F', 'G'): -3, ('F', 'H'): -2, ('F', 'I'): 0, ('F', 'K'): -3, ('F', 'L'): 1, ('F', 'M'): 0, ('F', 'N'): -2, ('F', 'Q'): -4, ('F', 'R'): -2, ('G', 'A'): 0, ('G', 'C'): -3, ('G', 'D'): -1, ('G', 'E'): -2, ('G', 'G'): 7, ('G', 'N'): 0, ('G', 'Q'): -2, ('G', 'R'): -2, ('H', 'A'): -2, ('H', 'C'): -3, ('H', 'D'): 0, ('H', 'E'): 0, ('H', 'G'): -2, ('H', 'H'): 10, ('H', 'N'): 1, ('H', 'Q'): 1, ('H', 'R'): 0, ('I', 'A'): -1, ('I', 'C'): -3, ('I', 'D'): -4, ('I', 'E'): -3, ('I', 'G'): -4, ('I', 'H'): -3, ('I', 'I'): 5, ('I', 'N'): -2, ('I', 'Q'): -2, ('I', 'R'): -3, ('K', 'A'): -1, ('K', 'C'): -3, ('K', 'D'): 0, ('K', 'E'): 1, ('K', 'G'): -2, ('K', 'H'): -1, ('K', 'I'): -3, ('K', 'K'): 5, ('K', 'L'): -3, ('K', 'N'): 0, ('K', 'Q'): 1, ('K', 'R'): 3, ('L', 'A'): -1, ('L', 'C'): -2, ('L', 'D'): -3, ('L', 'E'): -2, ('L', 'G'): -3, ('L', 'H'): -2, ('L', 'I'): 2, ('L', 'L'): 5, ('L', 'N'): -3, ('L', 'Q'): -2, ('L', 'R'): -2, ('M', 'A'): -1, ('M', 'C'): -2, ('M', 'D'): -3, ('M', 'E'): -2, ('M', 'G'): -2, ('M', 'H'): 0, ('M', 'I'): 2, ('M', 'K'): -1, ('M', 'L'): 2, ('M', 'M'): 6, ('M', 'N'): -2, ('M', 'Q'): 0, ('M', 'R'): -1, ('N', 'A'): -1, ('N', 'N'): 6, ('N', 'R'): 0, ('P', 'A'): -1, ('P', 'C'): -4, ('P', 'D'): -1, ('P', 'E'): 0, ('P', 'F'): -3, ('P', 'G'): -2, ('P', 'H'): -2, ('P', 'I'): -2, ('P', 'K'): -1, ('P', 'L'): -3, ('P', 'M'): -2, ('P', 'N'): -2, ('P', 'P'): 9, ('P', 'Q'): -1, ('P', 'R'): -2, ('Q', 'A'): -1, ('Q', 'C'): -3, ('Q', 'D'): 0, ('Q', 'N'): 0, ('Q', 'Q'): 6, ('Q', 'R'): 1, ('R', 'A'): -2, ('R', 'R'): 7, ('S', 'A'): 1, ('S', 'C'): -1, ('S', 'D'): 0, ('S', 'E'): 0, ('S', 'F'): -2, ('S', 'G'): 0, ('S', 'H'): -1, ('S', 'I'): -2, ('S', 'K'): -1, ('S', 'L'): -3, ('S', 'M'): -2, ('S', 'N'): 1, ('S', 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'S'): 2, ('T', 'T'): 5, ('V', 'A'): 0, ('V', 'C'): -1, ('V', 'D'): -4, ('V', 'E'): -3, ('V', 'F'): -1, ('V', 'G'): -4, ('V', 'H'): -4, ('V', 'I'): 4, ('V', 'K'): -3, ('V', 'L'): 1, ('V', 'M'): 1, ('V', 'N'): -3, ('V', 'P'): -3, ('V', 'Q'): -3, ('V', 'R'): -3, ('V', 'S'): -2, ('V', 'T'): 0, ('V', 'V'): 5, ('V', 'W'): -3, ('V', 'Y'): -1, ('W', 'A'): -3, ('W', 'C'): -5, ('W', 'D'): -5, ('W', 'E'): -3, ('W', 'F'): 1, ('W', 'G'): -3, ('W', 'H'): -3, ('W', 'I'): -3, ('W', 'K'): -3, ('W', 'L'): -2, ('W', 'M'): -1, ('W', 'N'): -4, ('W', 'P'): -4, ('W', 'Q'): -1, ('W', 'R'): -3, ('W', 'S'): -4, ('W', 'T'): -3, ('W', 'W'): 15, ('X', 'A'): -1, ('X', 'B'): -1, ('X', 'C'): -2, ('X', 'D'): -1, ('X', 'E'): -1, ('X', 'F'): -2, ('X', 'G'): -2, ('X', 'H'): -1, ('X', 'I'): -1, ('X', 'K'): -1, ('X', 'L'): -1, ('X', 'M'): -1, ('X', 'N'): -1, ('X', 'P'): -2, ('X', 'Q'): -1, ('X', 'R'): -1, ('X', 'S'): -1, ('X', 'T'): 0, ('X', 'V'): -1, ('X', 'W'): -3, ('X', 'X'): -1, ('X', 'Y'): -1, ('X', 'Z'): -1, ('Y', 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'A'): 4, ('B', 'A'): -2, ('B', 'B'): 4, ('B', 'C'): -3, ('B', 'D'): 4, ('B', 'E'): 1, ('B', 'F'): -3, ('B', 'G'): -1, ('B', 'H'): 0, ('B', 'I'): -3, ('B', 'K'): 0, ('B', 'L'): -4, ('B', 'M'): -3, ('B', 'N'): 3, ('B', 'P'): -2, ('B', 'Q'): 0, ('B', 'R'): -1, ('B', 'S'): 0, ('B', 'T'): -1, ('B', 'V'): -3, ('B', 'W'): -4, ('B', 'Y'): -3, ('C', 'A'): 0, ('C', 'C'): 9, ('C', 'D'): -3, ('C', 'N'): -3, ('C', 'R'): -3, ('D', 'A'): -2, ('D', 'D'): 6, ('D', 'N'): 1, ('D', 'R'): -2, ('E', 'A'): -1, ('E', 'C'): -4, ('E', 'D'): 2, ('E', 'E'): 5, ('E', 'N'): 0, ('E', 'Q'): 2, ('E', 'R'): 0, ('F', 'A'): -2, ('F', 'C'): -2, ('F', 'D'): -3, ('F', 'E'): -3, ('F', 'F'): 6, ('F', 'G'): -3, ('F', 'H'): -1, ('F', 'I'): 0, ('F', 'K'): -3, ('F', 'L'): 0, ('F', 'M'): 0, ('F', 'N'): -3, ('F', 'Q'): -3, ('F', 'R'): -3, ('G', 'A'): 0, ('G', 'C'): -3, ('G', 'D'): -1, ('G', 'E'): -2, ('G', 'G'): 6, ('G', 'N'): 0, ('G', 'Q'): -2, ('G', 'R'): -2, ('H', 'A'): -2, ('H', 'C'): -3, ('H', 'D'): -1, ('H', 'E'): 0, ('H', 'G'): -2, ('H', 'H'): 8, ('H', 'N'): 1, ('H', 'Q'): 0, ('H', 'R'): 0, ('I', 'A'): -1, ('I', 'C'): -1, ('I', 'D'): -3, ('I', 'E'): -3, ('I', 'G'): -4, ('I', 'H'): -3, ('I', 'I'): 4, ('I', 'N'): -3, ('I', 'Q'): -3, ('I', 'R'): -3, ('K', 'A'): -1, ('K', 'C'): -3, ('K', 'D'): -1, ('K', 'E'): 1, ('K', 'G'): -2, ('K', 'H'): -1, ('K', 'I'): -3, ('K', 'K'): 5, ('K', 'L'): -2, ('K', 'N'): 0, ('K', 'Q'): 1, ('K', 'R'): 2, ('L', 'A'): -1, ('L', 'C'): -1, ('L', 'D'): -4, ('L', 'E'): -3, ('L', 'G'): -4, ('L', 'H'): -3, ('L', 'I'): 2, ('L', 'L'): 4, ('L', 'N'): -3, ('L', 'Q'): -2, ('L', 'R'): -2, ('M', 'A'): -1, ('M', 'C'): -1, ('M', 'D'): -3, ('M', 'E'): -2, ('M', 'G'): -3, ('M', 'H'): -2, ('M', 'I'): 1, ('M', 'K'): -1, ('M', 'L'): 2, ('M', 'M'): 5, ('M', 'N'): -2, ('M', 'Q'): 0, ('M', 'R'): -1, ('N', 'A'): -2, ('N', 'N'): 6, ('N', 'R'): 0, ('P', 'A'): -1, ('P', 'C'): -3, ('P', 'D'): -1, ('P', 'E'): -1, ('P', 'F'): -4, ('P', 'G'): -2, ('P', 'H'): -2, ('P', 'I'): -3, ('P', 'K'): -1, ('P', 'L'): -3, ('P', 'M'): -2, ('P', 'N'): -2, ('P', 'P'): 7, ('P', 'Q'): -1, ('P', 'R'): -2, ('Q', 'A'): -1, ('Q', 'C'): -3, ('Q', 'D'): 0, ('Q', 'N'): 0, ('Q', 'Q'): 5, ('Q', 'R'): 1, ('R', 'A'): -1, ('R', 'R'): 5, ('S', 'A'): 1, ('S', 'C'): -1, ('S', 'D'): 0, ('S', 'E'): 0, ('S', 'F'): -2, ('S', 'G'): 0, ('S', 'H'): -1, ('S', 'I'): -2, ('S', 'K'): 0, ('S', 'L'): -2, ('S', 'M'): -1, ('S', 'N'): 1, ('S', 'P'): -1, ('S', 'Q'): 0, ('S', 'R'): -1, ('S', 'S'): 4, ('T', 'A'): 0, ('T', 'C'): -1, ('T', 'D'): -1, ('T', 'E'): -1, ('T', 'F'): -2, ('T', 'G'): -2, ('T', 'H'): -2, ('T', 'I'): -1, ('T', 'K'): -1, ('T', 'L'): -1, ('T', 'M'): -1, ('T', 'N'): 0, ('T', 'P'): -1, ('T', 'Q'): -1, ('T', 'R'): -1, ('T', 'S'): 1, ('T', 'T'): 5, ('V', 'A'): 0, ('V', 'C'): -1, ('V', 'D'): -3, ('V', 'E'): -2, ('V', 'F'): -1, ('V', 'G'): -3, ('V', 'H'): -3, ('V', 'I'): 3, ('V', 'K'): -2, ('V', 'L'): 1, ('V', 'M'): 1, ('V', 'N'): -3, ('V', 'P'): -2, ('V', 'Q'): -2, ('V', 'R'): -3, ('V', 'S'): -2, ('V', 'T'): 0, ('V', 'V'): 4, ('V', 'W'): -3, ('V', 'Y'): -1, ('W', 'A'): -3, ('W', 'C'): -2, ('W', 'D'): -4, ('W', 'E'): -3, ('W', 'F'): 1, ('W', 'G'): -2, ('W', 'H'): -2, ('W', 'I'): -3, ('W', 'K'): -3, ('W', 'L'): -2, ('W', 'M'): -1, ('W', 'N'): -4, ('W', 'P'): -4, ('W', 'Q'): -2, ('W', 'R'): -3, ('W', 'S'): -3, ('W', 'T'): -2, ('W', 'W'): 11, ('X', 'A'): 0, ('X', 'B'): -1, ('X', 'C'): -2, ('X', 'D'): -1, ('X', 'E'): -1, ('X', 'F'): -1, ('X', 'G'): -1, ('X', 'H'): -1, ('X', 'I'): -1, ('X', 'K'): -1, ('X', 'L'): -1, ('X', 'M'): -1, ('X', 'N'): -1, ('X', 'P'): -2, ('X', 'Q'): -1, ('X', 'R'): -1, ('X', 'S'): 0, ('X', 'T'): 0, ('X', 'V'): -1, ('X', 'W'): -2, ('X', 'X'): -1, ('X', 'Y'): -1, ('X', 'Z'): -1, ('Y', 'A'): -2, ('Y', 'C'): -2, ('Y', 'D'): -3, ('Y', 'E'): -2, ('Y', 'F'): 3, ('Y', 'G'): -3, ('Y', 'H'): 2, ('Y', 'I'): -1, ('Y', 'K'): -2, ('Y', 'L'): -1, ('Y', 'M'): -1, ('Y', 'N'): -2, ('Y', 'P'): -3, ('Y', 'Q'): -1, ('Y', 'R'): -2, ('Y', 'S'): -2, ('Y', 'T'): -2, ('Y', 'W'): 2, ('Y', 'Y'): 7, ('Z', 'A'): -1, ('Z', 'B'): 1, ('Z', 'C'): -3, ('Z', 'D'): 1, ('Z', 'E'): 4, ('Z', 'F'): -3, ('Z', 'G'): -2, ('Z', 'H'): 0, ('Z', 'I'): -3, ('Z', 'K'): 1, ('Z', 'L'): -3, ('Z', 'M'): -1, ('Z', 'N'): 0, ('Z', 'P'): -1, ('Z', 'Q'): 3, ('Z', 'R'): 0, ('Z', 'S'): 0, ('Z', 'T'): -1, ('Z', 'V'): -2, ('Z', 'W'): -3, ('Z', 'Y'): -2, ('Z', 'Z'): 4}, 'blosum65': {('A', 'A'): 4, ('B', 'A'): -2, ('B', 'B'): 4, ('B', 'C'): -3, ('B', 'D'): 4, ('B', 'E'): 1, ('B', 'F'): -3, ('B', 'G'): -1, ('B', 'H'): 0, ('B', 'I'): -3, ('B', 'K'): 0, ('B', 'L'): -4, ('B', 'M'): -3, ('B', 'N'): 3, ('B', 'P'): -2, ('B', 'Q'): 0, ('B', 'R'): -1, ('B', 'S'): 0, ('B', 'T'): -1, ('B', 'V'): -3, ('B', 'W'): -4, ('B', 'Y'): -3, ('C', 'A'): 0, ('C', 'C'): 9, ('C', 'D'): -4, ('C', 'N'): -3, ('C', 'R'): -4, ('D', 'A'): -2, ('D', 'D'): 6, ('D', 'N'): 1, ('D', 'R'): -2, ('E', 'A'): -1, ('E', 'C'): -4, ('E', 'D'): 2, ('E', 'E'): 5, ('E', 'N'): 0, ('E', 'Q'): 2, ('E', 'R'): 0, ('F', 'A'): -2, ('F', 'C'): -2, ('F', 'D'): -4, ('F', 'E'): -3, ('F', 'F'): 6, ('F', 'G'): -3, ('F', 'H'): -1, ('F', 'I'): 0, ('F', 'K'): -3, ('F', 'L'): 0, ('F', 'M'): 0, ('F', 'N'): -3, ('F', 'Q'): -3, ('F', 'R'): -3, ('G', 'A'): 0, ('G', 'C'): -3, ('G', 'D'): -1, ('G', 'E'): -2, ('G', 'G'): 6, ('G', 'N'): -1, ('G', 'Q'): -2, ('G', 'R'): -2, ('H', 'A'): -2, ('H', 'C'): -3, ('H', 'D'): -1, ('H', 'E'): 0, ('H', 'G'): -2, ('H', 'H'): 8, ('H', 'N'): 1, ('H', 'Q'): 1, ('H', 'R'): 0, ('I', 'A'): -1, ('I', 'C'): -1, ('I', 'D'): -3, ('I', 'E'): -3, ('I', 'G'): -4, ('I', 'H'): -3, ('I', 'I'): 4, ('I', 'N'): -3, ('I', 'Q'): -3, ('I', 'R'): -3, ('K', 'A'): -1, ('K', 'C'): -3, ('K', 'D'): -1, ('K', 'E'): 1, ('K', 'G'): -2, ('K', 'H'): -1, ('K', 'I'): -3, ('K', 'K'): 5, ('K', 'L'): -3, ('K', 'N'): 0, ('K', 'Q'): 1, ('K', 'R'): 2, ('L', 'A'): -2, ('L', 'C'): -1, ('L', 'D'): -4, ('L', 'E'): -3, ('L', 'G'): -4, ('L', 'H'): -3, ('L', 'I'): 2, ('L', 'L'): 4, ('L', 'N'): -4, ('L', 'Q'): -2, ('L', 'R'): -2, ('M', 'A'): -1, ('M', 'C'): -2, ('M', 'D'): -3, ('M', 'E'): -2, ('M', 'G'): -3, ('M', 'H'): -2, ('M', 'I'): 1, ('M', 'K'): -2, ('M', 'L'): 2, ('M', 'M'): 6, ('M', 'N'): -2, ('M', 'Q'): 0, ('M', 'R'): -2, ('N', 'A'): -2, ('N', 'N'): 6, ('N', 'R'): 0, ('P', 'A'): -1, ('P', 'C'): -3, ('P', 'D'): -2, ('P', 'E'): -1, ('P', 'F'): -4, ('P', 'G'): -2, ('P', 'H'): -2, ('P', 'I'): -3, ('P', 'K'): -1, ('P', 'L'): -3, ('P', 'M'): -3, ('P', 'N'): -2, ('P', 'P'): 8, ('P', 'Q'): -1, ('P', 'R'): -2, ('Q', 'A'): -1, ('Q', 'C'): -3, ('Q', 'D'): 0, ('Q', 'N'): 0, ('Q', 'Q'): 6, ('Q', 'R'): 1, ('R', 'A'): -1, ('R', 'R'): 6, ('S', 'A'): 1, ('S', 'C'): -1, ('S', 'D'): 0, ('S', 'E'): 0, ('S', 'F'): -2, ('S', 'G'): 0, ('S', 'H'): -1, ('S', 'I'): -2, ('S', 'K'): 0, ('S', 'L'): -3, ('S', 'M'): -2, ('S', 'N'): 1, ('S', 'P'): -1, ('S', 'Q'): 0, ('S', 'R'): -1, ('S', 'S'): 4, ('T', 'A'): 0, ('T', 'C'): -1, ('T', 'D'): -1, ('T', 'E'): -1, ('T', 'F'): -2, ('T', 'G'): -2, ('T', 'H'): -2, ('T', 'I'): -1, ('T', 'K'): -1, ('T', 'L'): -1, ('T', 'M'): -1, ('T', 'N'): 0, ('T', 'P'): -1, ('T', 'Q'): -1, ('T', 'R'): -1, ('T', 'S'): 1, ('T', 'T'): 5, ('V', 'A'): 0, ('V', 'C'): -1, ('V', 'D'): -3, ('V', 'E'): -3, ('V', 'F'): -1, ('V', 'G'): -3, ('V', 'H'): -3, ('V', 'I'): 3, ('V', 'K'): -2, ('V', 'L'): 1, ('V', 'M'): 1, ('V', 'N'): -3, ('V', 'P'): -2, ('V', 'Q'): -2, ('V', 'R'): -3, ('V', 'S'): -2, ('V', 'T'): 0, ('V', 'V'): 4, ('V', 'W'): -3, ('V', 'Y'): -1, ('W', 'A'): -3, ('W', 'C'): -2, ('W', 'D'): -5, ('W', 'E'): -3, ('W', 'F'): 1, ('W', 'G'): -3, ('W', 'H'): -2, ('W', 'I'): -2, ('W', 'K'): -3, ('W', 'L'): -2, ('W', 'M'): -2, ('W', 'N'): -4, ('W', 'P'): -4, ('W', 'Q'): -2, ('W', 'R'): -3, ('W', 'S'): -3, ('W', 'T'): -3, ('W', 'W'): 10, ('X', 'A'): -1, ('X', 'B'): -1, ('X', 'C'): -2, ('X', 'D'): -1, ('X', 'E'): -1, ('X', 'F'): -2, ('X', 'G'): -2, ('X', 'H'): -1, ('X', 'I'): -1, ('X', 'K'): -1, ('X', 'L'): -1, ('X', 'M'): -1, ('X', 'N'): -1, ('X', 'P'): -2, ('X', 'Q'): -1, ('X', 'R'): -1, ('X', 'S'): -1, ('X', 'T'): -1, ('X', 'V'): -1, ('X', 'W'): -2, ('X', 'X'): -1, ('X', 'Y'): -1, ('X', 'Z'): -1, ('Y', 'A'): -2, ('Y', 'C'): -2, ('Y', 'D'): -3, ('Y', 'E'): -2, ('Y', 'F'): 3, ('Y', 'G'): -3, ('Y', 'H'): 2, ('Y', 'I'): -1, ('Y', 'K'): -2, ('Y', 'L'): -1, ('Y', 'M'): -1, ('Y', 'N'): -2, ('Y', 'P'): -3, ('Y', 'Q'): -2, ('Y', 'R'): -2, ('Y', 'S'): -2, ('Y', 'T'): -2, ('Y', 'W'): 2, ('Y', 'Y'): 7, ('Z', 'A'): -1, ('Z', 'B'): 1, ('Z', 'C'): -4, ('Z', 'D'): 1, ('Z', 'E'): 4, ('Z', 'F'): -3, ('Z', 'G'): -2, ('Z', 'H'): 0, ('Z', 'I'): -3, ('Z', 'K'): 1, ('Z', 'L'): -3, ('Z', 'M'): -2, ('Z', 'N'): 0, ('Z', 'P'): -1, ('Z', 'Q'): 3, ('Z', 'R'): 0, ('Z', 'S'): 0, ('Z', 'T'): -1, ('Z', 'V'): -2, ('Z', 'W'): -3, ('Z', 'Y'): -2, ('Z', 'Z'): 4}, 'blosum70': {('A', 'A'): 4, ('B', 'A'): -2, ('B', 'B'): 4, ('B', 'C'): -4, ('B', 'D'): 4, ('B', 'E'): 1, ('B', 'F'): -4, ('B', 'G'): -1, ('B', 'H'): -1, ('B', 'I'): -4, ('B', 'K'): -1, ('B', 'L'): -4, ('B', 'M'): -3, ('B', 'N'): 3, ('B', 'P'): -2, ('B', 'Q'): 0, ('B', 'R'): -1, ('B', 'S'): 0, ('B', 'T'): -1, ('B', 'V'): 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'P'): -3, ('B', 'Q'): -1, ('B', 'R'): -2, ('B', 'S'): 0, ('B', 'T'): -1, ('B', 'V'): -4, ('B', 'W'): -5, ('B', 'Y'): -4, ('C', 'A'): -1, ('C', 'C'): 9, ('C', 'D'): -5, ('C', 'N'): -4, ('C', 'R'): -4, ('D', 'A'): -2, ('D', 'D'): 7, ('D', 'N'): 1, ('D', 'R'): -2, ('E', 'A'): -1, ('E', 'C'): -5, ('E', 'D'): 1, ('E', 'E'): 6, ('E', 'N'): -1, ('E', 'Q'): 2, ('E', 'R'): -1, ('F', 'A'): -3, ('F', 'C'): -3, ('F', 'D'): -4, ('F', 'E'): -4, ('F', 'F'): 7, ('F', 'G'): -4, ('F', 'H'): -2, ('F', 'I'): -1, ('F', 'K'): -4, ('F', 'L'): 0, ('F', 'M'): -1, ('F', 'N'): -4, ('F', 'Q'): -4, ('F', 'R'): -4, ('G', 'A'): 0, ('G', 'C'): -4, ('G', 'D'): -2, ('G', 'E'): -3, ('G', 'G'): 6, ('G', 'N'): -1, ('G', 'Q'): -3, ('G', 'R'): -3, ('H', 'A'): -2, ('H', 'C'): -5, ('H', 'D'): -2, ('H', 'E'): -1, ('H', 'G'): -3, ('H', 'H'): 8, ('H', 'N'): 0, ('H', 'Q'): 1, ('H', 'R'): 0, ('I', 'A'): -2, ('I', 'C'): -2, ('I', 'D'): -5, ('I', 'E'): -4, ('I', 'G'): -5, ('I', 'H'): -4, ('I', 'I'): 5, ('I', 'N'): -4, ('I', 'Q'): -4, ('I', 'R'): -4, ('K', 'A'): -1, ('K', 'C'): -4, ('K', 'D'): -1, ('K', 'E'): 0, ('K', 'G'): -2, ('K', 'H'): -1, ('K', 'I'): -3, ('K', 'K'): 6, ('K', 'L'): -3, ('K', 'N'): 0, ('K', 'Q'): 1, ('K', 'R'): 2, ('L', 'A'): -2, ('L', 'C'): -2, ('L', 'D'): -5, ('L', 'E'): -4, ('L', 'G'): -5, ('L', 'H'): -3, ('L', 'I'): 1, ('L', 'L'): 4, ('L', 'N'): -4, ('L', 'Q'): -3, ('L', 'R'): -3, ('M', 'A'): -2, ('M', 'C'): -2, ('M', 'D'): -4, ('M', 'E'): -3, ('M', 'G'): -4, ('M', 'H'): -3, ('M', 'I'): 1, ('M', 'K'): -2, ('M', 'L'): 2, ('M', 'M'): 7, ('M', 'N'): -3, ('M', 'Q'): 0, ('M', 'R'): -2, ('N', 'A'): -2, ('N', 'N'): 7, ('N', 'R'): -1, ('P', 'A'): -1, ('P', 'C'): -4, ('P', 'D'): -2, ('P', 'E'): -2, ('P', 'F'): -4, ('P', 'G'): -3, ('P', 'H'): -3, ('P', 'I'): -4, ('P', 'K'): -2, ('P', 'L'): -4, ('P', 'M'): -3, ('P', 'N'): -3, ('P', 'P'): 8, ('P', 'Q'): -2, ('P', 'R'): -2, ('Q', 'A'): -1, ('Q', 'C'): -4, ('Q', 'D'): -1, ('Q', 'N'): 0, ('Q', 'Q'): 6, ('Q', 'R'): 1, ('R', 'A'): -2, ('R', 'R'): 6, ('S', 'A'): 1, ('S', 'C'): -2, ('S', 'D'): -1, ('S', 'E'): -1, ('S', 'F'): -3, ('S', 'G'): -1, ('S', 'H'): -1, ('S', 'I'): -3, ('S', 'K'): -1, ('S', 'L'): -3, ('S', 'M'): -2, ('S', 'N'): 0, ('S', 'P'): -1, ('S', 'Q'): -1, ('S', 'R'): -1, ('S', 'S'): 5, ('T', 'A'): 0, ('T', 'C'): -2, ('T', 'D'): -2, ('T', 'E'): -1, ('T', 'F'): -3, ('T', 'G'): -2, ('T', 'H'): -2, ('T', 'I'): -1, ('T', 'K'): -1, ('T', 'L'): -2, ('T', 'M'): -1, ('T', 'N'): 0, ('T', 'P'): -2, ('T', 'Q'): -1, ('T', 'R'): -2, ('T', 'S'): 1, ('T', 'T'): 5, ('V', 'A'): -1, ('V', 'C'): -1, ('V', 'D'): -4, ('V', 'E'): -3, ('V', 'F'): -1, ('V', 'G'): -4, ('V', 'H'): -4, ('V', 'I'): 3, ('V', 'K'): -3, ('V', 'L'): 0, ('V', 'M'): 0, ('V', 'N'): -4, ('V', 'P'): -3, ('V', 'Q'): -3, ('V', 'R'): -3, ('V', 'S'): -2, ('V', 'T'): 0, ('V', 'V'): 5, ('V', 'W'): -3, ('V', 'Y'): -2, ('W', 'A'): -3, ('W', 'C'): -4, ('W', 'D'): -6, ('W', 'E'): -4, ('W', 'F'): 0, ('W', 'G'): -4, ('W', 'H'): -3, ('W', 'I'): -3, ('W', 'K'): -5, ('W', 'L'): -3, ('W', 'M'): -2, ('W', 'N'): -5, ('W', 'P'): -5, ('W', 'Q'): -3, ('W', 'R'): -4, ('W', 'S'): -4, ('W', 'T'): -4, ('W', 'W'): 11, ('X', 'A'): -1, ('X', 'B'): -2, ('X', 'C'): -3, ('X', 'D'): -2, ('X', 'E'): -1, ('X', 'F'): -2, ('X', 'G'): -2, ('X', 'H'): -2, ('X', 'I'): -2, ('X', 'K'): -1, ('X', 'L'): -2, ('X', 'M'): -1, ('X', 'N'): -2, ('X', 'P'): -2, ('X', 'Q'): -1, ('X', 'R'): -2, ('X', 'S'): -1, ('X', 'T'): -1, ('X', 'V'): -1, ('X', 'W'): -3, ('X', 'X'): -2, ('X', 'Y'): -2, ('X', 'Z'): -1, ('Y', 'A'): -3, ('Y', 'C'): -3, ('Y', 'D'): -4, ('Y', 'E'): -4, ('Y', 'F'): 3, ('Y', 'G'): -5, ('Y', 'H'): 2, ('Y', 'I'): -2, ('Y', 'K'): -3, ('Y', 'L'): -2, ('Y', 'M'): -2, ('Y', 'N'): -3, ('Y', 'P'): -4, ('Y', 'Q'): -2, ('Y', 'R'): -3, ('Y', 'S'): -2, ('Y', 'T'): -2, ('Y', 'W'): 2, ('Y', 'Y'): 7, ('Z', 'A'): -1, ('Z', 'B'): 0, ('Z', 'C'): -5, ('Z', 'D'): 1, ('Z', 'E'): 4, ('Z', 'F'): -4, ('Z', 'G'): -3, ('Z', 'H'): 0, ('Z', 'I'): -4, ('Z', 'K'): 1, ('Z', 'L'): -4, ('Z', 'M'): -2, ('Z', 'N'): -1, ('Z', 'P'): -2, ('Z', 'Q'): 4, ('Z', 'R'): 0, ('Z', 'S'): -1, ('Z', 'T'): -1, ('Z', 'V'): -3, ('Z', 'W'): -4, ('Z', 'Y'): -3, ('Z', 'Z'): 4}, 'blosum90': {('A', 'A'): 5, ('B', 'A'): -2, ('B', 'B'): 4, ('B', 'C'): -4, ('B', 'D'): 4, ('B', 'E'): 0, ('B', 'F'): -4, ('B', 'G'): -2, ('B', 'H'): -1, ('B', 'I'): -5, ('B', 'K'): -1, ('B', 'L'): -5, ('B', 'M'): -4, ('B', 'N'): 4, ('B', 'P'): -3, ('B', 'Q'): -1, ('B', 'R'): -2, ('B', 'S'): 0, ('B', 'T'): -1, ('B', 'V'): -4, ('B', 'W'): -6, ('B', 'Y'): -4, ('C', 'A'): -1, ('C', 'C'): 9, ('C', 'D'): -5, ('C', 'N'): -4, ('C', 'R'): -5, ('D', 'A'): -3, ('D', 'D'): 7, ('D', 'N'): 1, ('D', 'R'): -3, ('E', 'A'): -1, ('E', 'C'): -6, ('E', 'D'): 1, ('E', 'E'): 6, ('E', 'N'): -1, ('E', 'Q'): 2, ('E', 'R'): -1, ('F', 'A'): -3, ('F', 'C'): -3, ('F', 'D'): -5, ('F', 'E'): -5, ('F', 'F'): 7, ('F', 'G'): -5, ('F', 'H'): -2, ('F', 'I'): -1, ('F', 'K'): -4, ('F', 'L'): 0, ('F', 'M'): -1, ('F', 'N'): -4, ('F', 'Q'): -4, ('F', 'R'): -4, ('G', 'A'): 0, ('G', 'C'): -4, ('G', 'D'): -2, ('G', 'E'): -3, ('G', 'G'): 6, ('G', 'N'): -1, ('G', 'Q'): -3, ('G', 'R'): -3, ('H', 'A'): -2, ('H', 'C'): -5, ('H', 'D'): -2, ('H', 'E'): -1, ('H', 'G'): -3, ('H', 'H'): 8, ('H', 'N'): 0, ('H', 'Q'): 1, ('H', 'R'): 0, ('I', 'A'): -2, ('I', 'C'): -2, ('I', 'D'): -5, ('I', 'E'): -4, ('I', 'G'): -5, ('I', 'H'): -4, ('I', 'I'): 5, ('I', 'N'): -4, ('I', 'Q'): -4, ('I', 'R'): -4, ('K', 'A'): -1, ('K', 'C'): -4, ('K', 'D'): -1, ('K', 'E'): 0, ('K', 'G'): -2, ('K', 'H'): -1, ('K', 'I'): -4, ('K', 'K'): 6, ('K', 'L'): -3, ('K', 'N'): 0, ('K', 'Q'): 1, ('K', 'R'): 2, ('L', 'A'): -2, ('L', 'C'): -2, ('L', 'D'): -5, ('L', 'E'): -4, ('L', 'G'): -5, ('L', 'H'): -4, ('L', 'I'): 1, ('L', 'L'): 5, ('L', 'N'): -4, ('L', 'Q'): -3, ('L', 'R'): -3, ('M', 'A'): -2, ('M', 'C'): -2, ('M', 'D'): -4, ('M', 'E'): -3, ('M', 'G'): -4, ('M', 'H'): -3, ('M', 'I'): 1, ('M', 'K'): -2, ('M', 'L'): 2, ('M', 'M'): 7, ('M', 'N'): -3, ('M', 'Q'): 0, ('M', 'R'): -2, ('N', 'A'): -2, ('N', 'N'): 7, ('N', 'R'): -1, ('P', 'A'): -1, ('P', 'C'): -4, ('P', 'D'): -3, ('P', 'E'): -2, ('P', 'F'): -4, ('P', 'G'): -3, ('P', 'H'): -3, ('P', 'I'): -4, ('P', 'K'): -2, ('P', 'L'): -4, ('P', 'M'): -3, ('P', 'N'): -3, ('P', 'P'): 8, ('P', 'Q'): -2, ('P', 'R'): -3, ('Q', 'A'): -1, ('Q', 'C'): -4, ('Q', 'D'): -1, ('Q', 'N'): 0, ('Q', 'Q'): 7, ('Q', 'R'): 1, ('R', 'A'): -2, ('R', 'R'): 6, ('S', 'A'): 1, ('S', 'C'): -2, ('S', 'D'): -1, ('S', 'E'): -1, ('S', 'F'): -3, ('S', 'G'): -1, ('S', 'H'): -2, ('S', 'I'): -3, ('S', 'K'): -1, ('S', 'L'): -3, ('S', 'M'): -2, ('S', 'N'): 0, ('S', 'P'): -2, ('S', 'Q'): -1, ('S', 'R'): -1, ('S', 'S'): 5, ('T', 'A'): 0, ('T', 'C'): -2, ('T', 'D'): -2, ('T', 'E'): -1, ('T', 'F'): -3, ('T', 'G'): -3, ('T', 'H'): -2, ('T', 'I'): -1, ('T', 'K'): -1, ('T', 'L'): -2, ('T', 'M'): -1, ('T', 'N'): 0, ('T', 'P'): -2, ('T', 'Q'): -1, ('T', 'R'): -2, ('T', 'S'): 1, ('T', 'T'): 6, ('V', 'A'): -1, ('V', 'C'): -2, ('V', 'D'): -5, ('V', 'E'): -3, ('V', 'F'): -2, ('V', 'G'): -5, ('V', 'H'): -4, ('V', 'I'): 3, ('V', 'K'): -3, ('V', 'L'): 0, ('V', 'M'): 0, ('V', 'N'): -4, ('V', 'P'): -3, ('V', 'Q'): -3, ('V', 'R'): -3, ('V', 'S'): -2, ('V', 'T'): -1, ('V', 'V'): 5, ('V', 'W'): -3, ('V', 'Y'): -3, ('W', 'A'): -4, ('W', 'C'): -4, ('W', 'D'): -6, ('W', 'E'): -5, ('W', 'F'): 0, ('W', 'G'): -4, ('W', 'H'): -3, ('W', 'I'): -4, ('W', 'K'): -5, ('W', 'L'): -3, ('W', 'M'): -2, ('W', 'N'): -5, ('W', 'P'): -5, ('W', 'Q'): -3, ('W', 'R'): -4, ('W', 'S'): -4, ('W', 'T'): -4, ('W', 'W'): 11, ('X', 'A'): -1, ('X', 'B'): -2, ('X', 'C'): -3, ('X', 'D'): -2, ('X', 'E'): -2, ('X', 'F'): -2, ('X', 'G'): -2, ('X', 'H'): -2, ('X', 'I'): -2, ('X', 'K'): -1, ('X', 'L'): -2, ('X', 'M'): -1, ('X', 'N'): -2, ('X', 'P'): -2, ('X', 'Q'): -1, ('X', 'R'): -2, ('X', 'S'): -1, ('X', 'T'): -1, ('X', 'V'): -2, ('X', 'W'): -3, ('X', 'X'): -2, ('X', 'Y'): -2, ('X', 'Z'): -1, ('Y', 'A'): -3, ('Y', 'C'): -4, ('Y', 'D'): -4, ('Y', 'E'): -4, ('Y', 'F'): 3, ('Y', 'G'): -5, ('Y', 'H'): 1, ('Y', 'I'): -2, ('Y', 'K'): -3, ('Y', 'L'): -2, ('Y', 'M'): -2, ('Y', 'N'): -3, ('Y', 'P'): -4, ('Y', 'Q'): -3, ('Y', 'R'): -3, ('Y', 'S'): -3, ('Y', 'T'): -2, ('Y', 'W'): 2, ('Y', 'Y'): 8, ('Z', 'A'): -1, ('Z', 'B'): 0, ('Z', 'C'): -5, ('Z', 'D'): 0, ('Z', 'E'): 4, ('Z', 'F'): -4, ('Z', 'G'): -3, ('Z', 'H'): 0, ('Z', 'I'): -4, ('Z', 'K'): 1, ('Z', 'L'): -4, ('Z', 'M'): -2, ('Z', 'N'): -1, ('Z', 'P'): -2, ('Z', 'Q'): 4, ('Z', 'R'): 0, ('Z', 'S'): -1, ('Z', 'T'): -1, ('Z', 'V'): -3, ('Z', 'W'): -4, ('Z', 'Y'): -3, ('Z', 'Z'): 4}, 'blosum95': {('A', 'A'): 5, ('B', 'A'): -3, ('B', 'B'): 4, ('B', 'C'): -4, ('B', 'D'): 4, ('B', 'E'): 0, ('B', 'F'): -5, ('B', 'G'): -2, ('B', 'H'): -1, ('B', 'I'): -5, ('B', 'K'): -1, ('B', 'L'): -5, ('B', 'M'): -4, ('B', 'N'): 4, ('B', 'P'): -3, ('B', 'Q'): -1, ('B', 'R'): -2, ('B', 'S'): -1, ('B', 'T'): -1, ('B', 'V'): -5, ('B', 'W'): -6, ('B', 'Y'): -4, ('C', 'A'): -1, ('C', 'C'): 9, ('C', 'D'): -5, ('C', 'N'): -4, ('C', 'R'): -5, ('D', 'A'): -3, ('D', 'D'): 7, ('D', 'N'): 1, ('D', 'R'): -3, ('E', 'A'): -1, ('E', 'C'): -6, ('E', 'D'): 1, ('E', 'E'): 6, ('E', 'N'): -1, ('E', 'Q'): 2, ('E', 'R'): -1, ('F', 'A'): -3, ('F', 'C'): -3, ('F', 'D'): -5, ('F', 'E'): -5, ('F', 'F'): 7, ('F', 'G'): -5, ('F', 'H'): -2, ('F', 'I'): -1, ('F', 'K'): -4, ('F', 'L'): 0, ('F', 'M'): -1, ('F', 'N'): -4, ('F', 'Q'): -4, ('F', 'R'): -4, ('G', 'A'): -1, ('G', 'C'): -5, ('G', 'D'): -2, ('G', 'E'): -3, ('G', 'G'): 6, ('G', 'N'): -1, ('G', 'Q'): -3, ('G', 'R'): -4, ('H', 'A'): -3, ('H', 'C'): -5, ('H', 'D'): -2, ('H', 'E'): -1, ('H', 'G'): -3, ('H', 'H'): 9, ('H', 'N'): 0, ('H', 'Q'): 1, ('H', 'R'): -1, ('I', 'A'): -2, ('I', 'C'): -2, ('I', 'D'): -5, ('I', 'E'): -4, ('I', 'G'): -6, ('I', 'H'): -4, ('I', 'I'): 5, ('I', 'N'): -4, ('I', 'Q'): -4, ('I', 'R'): -4, ('K', 'A'): -1, ('K', 'C'): -5, ('K', 'D'): -2, ('K', 'E'): 0, ('K', 'G'): -3, ('K', 'H'): -1, ('K', 'I'): -4, ('K', 'K'): 6, ('K', 'L'): -3, ('K', 'N'): 0, ('K', 'Q'): 1, ('K', 'R'): 2, ('L', 'A'): -2, ('L', 'C'): -3, ('L', 'D'): -5, ('L', 'E'): -4, ('L', 'G'): -5, ('L', 'H'): -4, ('L', 'I'): 1, ('L', 'L'): 5, ('L', 'N'): -5, ('L', 'Q'): -3, ('L', 'R'): -3, ('M', 'A'): -2, ('M', 'C'): -3, ('M', 'D'): -5, ('M', 'E'): -3, ('M', 'G'): -4, ('M', 'H'): -3, ('M', 'I'): 1, ('M', 'K'): -2, ('M', 'L'): 2, ('M', 'M'): 7, ('M', 'N'): -3, ('M', 'Q'): -1, ('M', 'R'): -2, ('N', 'A'): -2, ('N', 'N'): 7, ('N', 'R'): -1, ('P', 'A'): -1, ('P', 'C'): -5, ('P', 'D'): -3, ('P', 'E'): -2, ('P', 'F'): -5, ('P', 'G'): -4, ('P', 'H'): -3, ('P', 'I'): -4, ('P', 'K'): -2, ('P', 'L'): -4, ('P', 'M'): -3, ('P', 'N'): -3, ('P', 'P'): 8, ('P', 'Q'): -2, ('P', 'R'): -3, ('Q', 'A'): -1, ('Q', 'C'): -4, ('Q', 'D'): -1, ('Q', 'N'): 0, ('Q', 'Q'): 7, ('Q', 'R'): 0, ('R', 'A'): -2, ('R', 'R'): 7, ('S', 'A'): 1, ('S', 'C'): -2, ('S', 'D'): -1, ('S', 'E'): -1, ('S', 'F'): -3, ('S', 'G'): -1, ('S', 'H'): -2, ('S', 'I'): -3, ('S', 'K'): -1, ('S', 'L'): -3, ('S', 'M'): -3, ('S', 'N'): 0, ('S', 'P'): -2, ('S', 'Q'): -1, ('S', 'R'): -2, ('S', 'S'): 5, ('T', 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'M'): -4.2, ('R', 'N'): -1.5, ('R', 'P'): -3.6, ('R', 'Q'): 2.1, ('R', 'R'): 10.0, ('S', 'A'): 0.0, ('S', 'C'): -7.7, ('S', 'D'): -0.2, ('S', 'E'): -2.2, ('S', 'F'): -4.8, ('S', 'G'): -1.3, ('S', 'H'): -2.6, ('S', 'I'): -4.7, ('S', 'K'): -1.5, ('S', 'L'): -5.2, ('S', 'M'): -4.8, ('S', 'N'): 1.0, ('S', 'P'): -1.0, ('S', 'Q'): -1.2, ('S', 'R'): -0.6, ('S', 'S'): 5.8, ('T', 'A'): -0.8, ('T', 'C'): -6.0, ('T', 'D'): -1.8, ('T', 'E'): -0.5, ('T', 'F'): -5.0, ('T', 'G'): -3.8, ('T', 'H'): -3.0, ('T', 'I'): -3.2, ('T', 'K'): -0.2, ('T', 'L'): -4.6, ('T', 'M'): -3.2, ('T', 'N'): 0.1, ('T', 'P'): -2.0, ('T', 'Q'): -0.4, ('T', 'R'): -1.4, ('T', 'S'): 2.0, ('T', 'T'): 6.8, ('V', 'A'): -0.5, ('V', 'C'): -4.8, ('V', 'D'): -5.2, ('V', 'E'): -4.2, ('V', 'F'): -1.3, ('V', 'G'): -5.6, ('V', 'H'): -3.9, ('V', 'I'): 3.9, ('V', 'K'): -3.7, ('V', 'L'): 1.8, ('V', 'M'): 0.7, ('V', 'N'): -5.7, ('V', 'P'): -5.2, ('V', 'Q'): -3.6, ('V', 'R'): -4.9, ('V', 'S'): -4.3, ('V', 'T'): -1.9, ('V', 'V'): 7.0, ('W', 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'T'): 0, ('C', 'V'): 0, ('D', 'D'): 2, ('D', 'G'): 0, ('D', 'P'): 0, ('E', 'D'): 1, ('E', 'E'): 2, ('E', 'G'): 0, ('E', 'P'): -1, ('F', 'A'): -1, ('F', 'C'): -1, ('F', 'D'): -1, ('F', 'E'): -1, ('F', 'F'): 2, ('F', 'G'): -1, ('F', 'H'): -1, ('F', 'I'): 1, ('F', 'K'): -1, ('F', 'L'): 0, ('F', 'M'): 0, ('F', 'N'): -1, ('F', 'P'): -1, ('F', 'Q'): -1, ('F', 'R'): -1, ('F', 'S'): -1, ('F', 'T'): -1, ('F', 'V'): 0, ('G', 'G'): 2, ('H', 'A'): 0, ('H', 'D'): 0, ('H', 'E'): 0, ('H', 'G'): 0, ('H', 'H'): 2, ('H', 'K'): 0, ('H', 'N'): 0, ('H', 'P'): 0, ('H', 'Q'): 0, ('H', 'R'): 0, ('H', 'S'): 0, ('H', 'T'): 0, ('I', 'A'): 0, ('I', 'D'): -1, ('I', 'E'): -1, ('I', 'G'): -1, ('I', 'H'): -1, ('I', 'I'): 2, ('I', 'K'): -1, ('I', 'N'): -1, ('I', 'P'): -1, ('I', 'Q'): -1, ('I', 'R'): -1, ('I', 'S'): -1, ('I', 'T'): 0, ('I', 'V'): 1, ('K', 'A'): 0, ('K', 'D'): 0, ('K', 'E'): 0, ('K', 'G'): 0, ('K', 'K'): 2, ('K', 'N'): 1, ('K', 'P'): 0, ('K', 'Q'): 0, ('K', 'S'): 0, ('K', 'T'): 0, ('L', 'A'): 0, ('L', 'C'): 0, ('L', 'D'): -1, ('L', 'E'): -1, ('L', 'G'): -1, ('L', 'H'): -1, ('L', 'I'): 0, ('L', 'K'): -1, ('L', 'L'): 2, ('L', 'M'): 2, ('L', 'N'): -1, ('L', 'P'): -1, ('L', 'Q'): -1, ('L', 'R'): -1, ('L', 'S'): -1, ('L', 'T'): 0, ('L', 'V'): 1, ('M', 'A'): 0, ('M', 'D'): -1, ('M', 'E'): -1, ('M', 'G'): -1, ('M', 'H'): -1, ('M', 'I'): 0, ('M', 'K'): -1, ('M', 'M'): 2, ('M', 'N'): -1, ('M', 'P'): -1, ('M', 'Q'): -1, ('M', 'R'): -1, ('M', 'S'): -1, ('M', 'T'): 0, ('M', 'V'): 0, ('N', 'A'): 0, ('N', 'D'): 1, ('N', 'E'): 0, ('N', 'G'): 0, ('N', 'N'): 3, ('N', 'P'): 0, ('P', 'G'): 0, ('P', 'P'): 3, ('Q', 'A'): 0, ('Q', 'D'): 0, ('Q', 'E'): 1, ('Q', 'G'): 0, ('Q', 'N'): 1, ('Q', 'P'): 0, ('Q', 'Q'): 2, ('R', 'A'): 0, ('R', 'D'): 0, ('R', 'E'): 0, ('R', 'G'): 0, ('R', 'K'): 1, ('R', 'N'): 0, ('R', 'P'): 0, ('R', 'Q'): 0, ('R', 'R'): 2, ('R', 'S'): 0, ('R', 'T'): 0, ('S', 'A'): 1, ('S', 'D'): 0, ('S', 'E'): 0, ('S', 'G'): 0, ('S', 'N'): 0, ('S', 'P'): 0, ('S', 'Q'): 0, ('S', 'S'): 2, ('T', 'A'): 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'I'): 2, ('A', 'L'): 2, ('A', 'M'): 3, ('A', 'V'): 3, ('A', 'W'): 1, ('A', 'Y'): 1, ('C', 'A'): 1, ('C', 'C'): 9, ('C', 'F'): 0, ('C', 'G'): 1, ('C', 'I'): 1, ('C', 'L'): 0, ('C', 'M'): 3, ('C', 'P'): 0, ('C', 'S'): 2, ('C', 'T'): 2, ('C', 'V'): 1, ('C', 'W'): 2, ('C', 'Y'): 1, ('D', 'A'): 3, ('D', 'C'): 1, ('D', 'D'): 8, ('D', 'E'): 5, ('D', 'F'): 1, ('D', 'G'): 3, ('D', 'H'): 4, ('D', 'I'): 1, ('D', 'K'): 3, ('D', 'L'): 1, ('D', 'M'): 2, ('D', 'N'): 5, ('D', 'P'): 3, ('D', 'Q'): 4, ('D', 'R'): 1, ('D', 'S'): 3, ('D', 'T'): 3, ('D', 'V'): 1, ('D', 'W'): 0, ('D', 'Y'): 1, ('E', 'A'): 4, ('E', 'C'): 0, ('E', 'E'): 8, ('E', 'F'): 0, ('E', 'G'): 3, ('E', 'H'): 2, ('E', 'I'): 1, ('E', 'K'): 4, ('E', 'L'): 1, ('E', 'M'): 1, ('E', 'P'): 4, ('E', 'Q'): 5, ('E', 'R'): 3, ('E', 'S'): 4, ('E', 'T'): 4, ('E', 'V'): 2, ('E', 'W'): 1, ('E', 'Y'): 2, ('F', 'F'): 9, ('F', 'I'): 3, ('F', 'L'): 5, ('F', 'M'): 5, ('F', 'V'): 3, ('G', 'F'): 0, ('G', 'G'): 8, ('G', 'I'): 1, ('G', 'L'): 1, ('G', 'M'): 1, ('G', 'V'): 2, ('G', 'W'): 1, ('G', 'Y'): 0, ('H', 'A'): 3, ('H', 'C'): 3, ('H', 'F'): 4, ('H', 'G'): 2, ('H', 'H'): 8, ('H', 'I'): 2, ('H', 'L'): 2, ('H', 'M'): 3, ('H', 'P'): 3, ('H', 'S'): 3, ('H', 'T'): 4, ('H', 'V'): 2, ('H', 'W'): 3, ('H', 'Y'): 4, ('I', 'I'): 8, ('I', 'L'): 5, ('I', 'V'): 5, ('K', 'A'): 3, ('K', 'C'): 0, ('K', 'F'): 0, ('K', 'G'): 3, ('K', 'H'): 4, ('K', 'I'): 1, ('K', 'K'): 8, ('K', 'L'): 2, ('K', 'M'): 1, ('K', 'P'): 3, ('K', 'R'): 5, ('K', 'S'): 3, ('K', 'T'): 3, ('K', 'V'): 2, ('K', 'W'): 1, ('K', 'Y'): 1, ('L', 'L'): 8, ('L', 'V'): 5, ('M', 'I'): 5, ('M', 'L'): 6, ('M', 'M'): 8, ('M', 'V'): 4, ('N', 'A'): 3, ('N', 'C'): 1, ('N', 'E'): 4, ('N', 'F'): 0, ('N', 'G'): 3, ('N', 'H'): 4, ('N', 'I'): 1, ('N', 'K'): 4, ('N', 'L'): 1, ('N', 'M'): 2, ('N', 'N'): 8, ('N', 'P'): 1, ('N', 'Q'): 4, ('N', 'R'): 3, ('N', 'S'): 5, ('N', 'T'): 3, ('N', 'V'): 1, ('N', 'W'): 0, ('N', 'Y'): 2, ('P', 'A'): 4, ('P', 'F'): 1, ('P', 'G'): 3, ('P', 'I'): 1, ('P', 'L'): 1, ('P', 'M'): 1, ('P', 'P'): 8, ('P', 'V'): 2, ('P', 'W'): 0, ('P', 'Y'): 0, ('Q', 'A'): 3, ('Q', 'C'): 0, ('Q', 'F'): 0, ('Q', 'G'): 2, ('Q', 'H'): 4, ('Q', 'I'): 0, ('Q', 'K'): 4, ('Q', 'L'): 3, ('Q', 'M'): 3, ('Q', 'P'): 3, ('Q', 'Q'): 8, ('Q', 'R'): 5, ('Q', 'S'): 4, ('Q', 'T'): 3, ('Q', 'V'): 2, ('Q', 'W'): 2, ('Q', 'Y'): 1, ('R', 'A'): 2, ('R', 'C'): 1, ('R', 'F'): 1, ('R', 'G'): 3, ('R', 'H'): 5, ('R', 'I'): 1, ('R', 'L'): 2, ('R', 'M'): 1, ('R', 'P'): 3, ('R', 'R'): 8, ('R', 'S'): 4, ('R', 'T'): 3, ('R', 'V'): 2, ('R', 'W'): 3, ('R', 'Y'): 2, ('S', 'A'): 4, ('S', 'F'): 2, ('S', 'G'): 3, ('S', 'I'): 2, ('S', 'L'): 2, ('S', 'M'): 2, ('S', 'P'): 3, ('S', 'S'): 8, ('S', 'V'): 2, ('S', 'W'): 3, ('S', 'Y'): 3, ('T', 'A'): 3, ('T', 'F'): 1, ('T', 'G'): 2, ('T', 'I'): 3, ('T', 'L'): 3, ('T', 'M'): 3, ('T', 'P'): 3, ('T', 'S'): 5, ('T', 'T'): 8, ('T', 'V'): 3, ('T', 'W'): 2, ('T', 'Y'): 1, ('V', 'V'): 8, ('W', 'F'): 6, ('W', 'I'): 3, ('W', 'L'): 3, ('W', 'M'): 1, ('W', 'V'): 2, ('W', 'W'): 9, ('Y', 'F'): 6, ('Y', 'I'): 3, ('Y', 'L'): 3, ('Y', 'M'): 2, ('Y', 'V'): 3, ('Y', 'W'): 6, ('Y', 'Y'): 9}, 'miyata': {('A', 'A'): 1.25, ('A', 'C'): -0.14, ('A', 'P'): 1.19, ('C', 'C'): 1.25, ('D', 'A'): -1.12, ('D', 'C'): -2.23, ('D', 'D'): 1.25, ('D', 'E'): 0.35, ('D', 'G'): -1.12, ('D', 'N'): 0.6, ('D', 'P'): -1.15, ('D', 'Q'): -0.22, ('D', 'S'): -0.62, ('D', 'T'): -0.8, ('E', 'A'): -1.21, ('E', 'C'): -2.01, ('E', 'E'): 1.25, ('E', 'G'): -1.53, ('E', 'P'): -1.23, ('E', 'Q'): 0.41, ('E', 'S'): -0.81, ('E', 'T'): -0.58, ('F', 'A'): -1.98, ('F', 'C'): -0.99, ('F', 'D'): -3.02, ('F', 'E'): -2.34, ('F', 'F'): 1.25, ('F', 'G'): -2.89, ('F', 'H'): -1.38, ('F', 'I'): 0.64, ('F', 'K'): -1.6, ('F', 'L'): 0.62, ('F', 'M'): 0.43, ('F', 'N'): -2.45, ('F', 'P'): -1.92, ('F', 'Q'): -1.56, ('F', 'R'): -1.22, ('F', 'S'): -2.2, ('F', 'T'): -1.35, ('F', 'V'): -0.18, ('G', 'A'): 0.34, ('G', 'C'): -0.97, ('G', 'G'): 1.25, ('G', 'P'): 0.28, ('H', 'A'): -0.92, ('H', 'C'): -1.31, ('H', 'D'): -0.47, ('H', 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('B', 'L'): -5, ('B', 'M'): -3, ('B', 'N'): 3, ('B', 'P'): -2, ('B', 'Q'): 1, ('B', 'R'): -2, ('B', 'S'): 1, ('B', 'T'): 0, ('B', 'V'): -3, ('B', 'W'): -7, ('B', 'Y'): -4, ('C', 'A'): -3, ('C', 'C'): 13, ('C', 'D'): -7, ('C', 'N'): -5, ('C', 'R'): -5, ('D', 'A'): 0, ('D', 'D'): 5, ('D', 'N'): 3, ('D', 'R'): -3, ('E', 'A'): 0, ('E', 'C'): -7, ('E', 'D'): 4, ('E', 'E'): 5, ('E', 'N'): 2, ('E', 'Q'): 3, ('E', 'R'): -2, ('F', 'A'): -5, ('F', 'C'): -6, ('F', 'D'): -8, ('F', 'E'): -7, ('F', 'F'): 10, ('F', 'G'): -6, ('F', 'H'): -3, ('F', 'I'): 1, ('F', 'K'): -7, ('F', 'L'): 1, ('F', 'M'): 0, ('F', 'N'): -5, ('F', 'Q'): -6, ('F', 'R'): -6, ('G', 'A'): 1, ('G', 'C'): -5, ('G', 'D'): 0, ('G', 'E'): 0, ('G', 'G'): 6, ('G', 'N'): 0, ('G', 'Q'): -2, ('G', 'R'): -4, ('H', 'A'): -2, ('H', 'C'): -4, ('H', 'D'): 0, ('H', 'E'): 0, ('H', 'G'): -3, ('H', 'H'): 8, ('H', 'N'): 2, ('H', 'Q'): 4, ('H', 'R'): 2, ('I', 'A'): -1, ('I', 'C'): -3, ('I', 'D'): -3, ('I', 'E'): -3, ('I', 'G'): -4, ('I', 'H'): -4, ('I', 'I'): 6, ('I', 'N'): -3, ('I', 'Q'): -3, ('I', 'R'): -3, ('K', 'A'): -2, ('K', 'C'): -7, ('K', 'D'): 0, ('K', 'E'): -1, ('K', 'G'): -3, ('K', 'H'): -1, ('K', 'I'): -3, ('K', 'K'): 6, ('K', 'L'): -4, ('K', 'N'): 1, ('K', 'Q'): 0, ('K', 'R'): 4, ('L', 'A'): -3, ('L', 'C'): -8, ('L', 'D'): -6, ('L', 'E'): -5, ('L', 'G'): -6, ('L', 'H'): -3, ('L', 'I'): 2, ('L', 'L'): 7, ('L', 'N'): -4, ('L', 'Q'): -2, ('L', 'R'): -4, ('M', 'A'): -2, ('M', 'C'): -7, ('M', 'D'): -4, ('M', 'E'): -3, ('M', 'G'): -4, ('M', 'H'): -3, ('M', 'I'): 2, ('M', 'K'): 1, ('M', 'L'): 4, ('M', 'M'): 9, ('M', 'N'): -3, ('M', 'Q'): -1, ('M', 'R'): -1, ('N', 'A'): 0, ('N', 'N'): 4, ('N', 'R'): -1, ('P', 'A'): 1, ('P', 'C'): -4, ('P', 'D'): -2, ('P', 'E'): -1, ('P', 'F'): -6, ('P', 'G'): -1, ('P', 'H'): -1, ('P', 'I'): -3, ('P', 'K'): -2, ('P', 'L'): -4, ('P', 'M'): -3, ('P', 'N'): -1, ('P', 'P'): 8, ('P', 'Q'): 0, ('P', 'R'): -1, ('Q', 'A'): -1, ('Q', 'C'): -7, ('Q', 'D'): 2, ('Q', 'N'): 0, ('Q', 'Q'): 6, ('Q', 'R'): 1, ('R', 'A'): -3, ('R', 'R'): 8, ('S', 'A'): 1, ('S', 'C'): 0, ('S', 'D'): 0, ('S', 'E'): -1, ('S', 'F'): -4, ('S', 'G'): 1, ('S', 'H'): -2, ('S', 'I'): -2, ('S', 'K'): -1, ('S', 'L'): -4, ('S', 'M'): -2, ('S', 'N'): 1, ('S', 'P'): 1, ('S', 'Q'): -1, ('S', 'R'): -1, ('S', 'S'): 3, ('T', 'A'): 2, ('T', 'C'): -3, ('T', 'D'): -1, ('T', 'E'): -1, ('T', 'F'): -4, ('T', 'G'): -1, ('T', 'H'): -2, ('T', 'I'): 0, ('T', 'K'): 0, ('T', 'L'): -3, ('T', 'M'): -1, ('T', 'N'): 0, ('T', 'P'): 0, ('T', 'Q'): -2, ('T', 'R'): -2, ('T', 'S'): 2, ('T', 'T'): 4, ('V', 'A'): 0, ('V', 'C'): -3, ('V', 'D'): -3, ('V', 'E'): -3, ('V', 'F'): -2, ('V', 'G'): -2, ('V', 'H'): -3, ('V', 'I'): 5, ('V', 'K'): -4, ('V', 'L'): 2, ('V', 'M'): 2, ('V', 'N'): -3, ('V', 'P'): -2, ('V', 'Q'): -3, ('V', 'R'): -4, ('V', 'S'): -2, ('V', 'T'): 0, ('V', 'V'): 6, ('V', 'W'): -8, ('V', 'Y'): -4, ('W', 'A'): -8, ('W', 'C'): -10, ('W', 'D'): -9, ('W', 'E'): -9, ('W', 'F'): 0, ('W', 'G'): -9, ('W', 'H'): -4, ('W', 'I'): -7, ('W', 'K'): -5, ('W', 'L'): -3, ('W', 'M'): -6, ('W', 'N'): -5, ('W', 'P'): -7, ('W', 'Q'): -6, ('W', 'R'): 2, ('W', 'S'): -3, ('W', 'T'): -7, ('W', 'W'): 18, ('X', 'A'): -1, ('X', 'B'): -1, ('X', 'C'): -4, ('X', 'D'): -1, ('X', 'E'): -1, ('X', 'F'): -3, ('X', 'G'): -2, ('X', 'H'): -1, ('X', 'I'): -1, ('X', 'K'): -1, ('X', 'L'): -2, ('X', 'M'): -1, ('X', 'N'): -1, ('X', 'P'): -1, ('X', 'Q'): -1, ('X', 'R'): -2, ('X', 'S'): 0, ('X', 'T'): -1, ('X', 'V'): -1, ('X', 'W'): -6, ('X', 'X'): -1, ('X', 'Y'): -3, ('X', 'Z'): -1, ('Y', 'A'): -5, ('Y', 'C'): 0, ('Y', 'D'): -6, ('Y', 'E'): -6, ('Y', 'F'): 7, ('Y', 'G'): -7, ('Y', 'H'): 0, ('Y', 'I'): -2, ('Y', 'K'): -6, ('Y', 'L'): -2, ('Y', 'M'): -4, ('Y', 'N'): -2, ('Y', 'P'): -7, ('Y', 'Q'): -6, ('Y', 'R'): -6, ('Y', 'S'): -4, ('Y', 'T'): -4, ('Y', 'W'): -1, ('Y', 'Y'): 11, ('Z', 'A'): 0, ('Z', 'B'): 3, ('Z', 'C'): -7, ('Z', 'D'): 3, ('Z', 'E'): 5, ('Z', 'F'): -7, ('Z', 'G'): -1, ('Z', 'H'): 2, ('Z', 'I'): -3, ('Z', 'K'): 0, ('Z', 'L'): -3, ('Z', 'M'): -2, ('Z', 'N'): 1, ('Z', 'P'): -1, ('Z', 'Q'): 5, ('Z', 'R'): 0, ('Z', 'S'): -1, ('Z', 'T'): -1, ('Z', 'V'): -3, ('Z', 'W'): -8, ('Z', 'Y'): -6, ('Z', 'Z'): 5}, 'pam250': {('A', 'A'): 2, ('B', 'A'): 0, ('B', 'B'): 3, ('B', 'C'): -4, ('B', 'D'): 3, ('B', 'E'): 3, ('B', 'F'): -4, ('B', 'G'): 0, ('B', 'H'): 1, ('B', 'I'): -2, ('B', 'K'): 1, ('B', 'L'): -3, ('B', 'M'): -2, ('B', 'N'): 2, ('B', 'P'): -1, ('B', 'Q'): 1, ('B', 'R'): -1, ('B', 'S'): 0, ('B', 'T'): 0, ('B', 'V'): -2, ('B', 'W'): -5, ('B', 'Y'): -3, ('C', 'A'): -2, ('C', 'C'): 12, ('C', 'D'): -5, ('C', 'N'): -4, ('C', 'R'): -4, ('D', 'A'): 0, ('D', 'D'): 4, ('D', 'N'): 2, ('D', 'R'): -1, ('E', 'A'): 0, ('E', 'C'): -5, ('E', 'D'): 3, ('E', 'E'): 4, ('E', 'N'): 1, ('E', 'Q'): 2, ('E', 'R'): -1, ('F', 'A'): -3, ('F', 'C'): -4, ('F', 'D'): -6, ('F', 'E'): -5, ('F', 'F'): 9, ('F', 'G'): -5, ('F', 'H'): -2, ('F', 'I'): 1, ('F', 'K'): -5, ('F', 'L'): 2, ('F', 'M'): 0, ('F', 'N'): -3, ('F', 'Q'): -5, ('F', 'R'): -4, ('G', 'A'): 1, ('G', 'C'): -3, ('G', 'D'): 1, ('G', 'E'): 0, ('G', 'G'): 5, ('G', 'N'): 0, ('G', 'Q'): -1, ('G', 'R'): -3, ('H', 'A'): -1, ('H', 'C'): -3, ('H', 'D'): 1, ('H', 'E'): 1, ('H', 'G'): -2, ('H', 'H'): 6, ('H', 'N'): 2, ('H', 'Q'): 3, ('H', 'R'): 2, ('I', 'A'): -1, ('I', 'C'): -2, ('I', 'D'): -2, ('I', 'E'): -2, ('I', 'G'): -3, ('I', 'H'): -2, ('I', 'I'): 5, ('I', 'N'): -2, ('I', 'Q'): -2, ('I', 'R'): -2, ('K', 'A'): -1, ('K', 'C'): -5, ('K', 'D'): 0, ('K', 'E'): 0, ('K', 'G'): -2, ('K', 'H'): 0, ('K', 'I'): -2, ('K', 'K'): 5, ('K', 'L'): -3, ('K', 'N'): 1, ('K', 'Q'): 1, ('K', 'R'): 3, ('L', 'A'): -2, ('L', 'C'): -6, ('L', 'D'): -4, ('L', 'E'): -3, ('L', 'G'): -4, ('L', 'H'): -2, ('L', 'I'): 2, ('L', 'L'): 6, ('L', 'N'): -3, ('L', 'Q'): -2, ('L', 'R'): -3, ('M', 'A'): -1, ('M', 'C'): -5, ('M', 'D'): -3, ('M', 'E'): -2, ('M', 'G'): -3, ('M', 'H'): -2, ('M', 'I'): 2, ('M', 'K'): 0, ('M', 'L'): 4, ('M', 'M'): 6, ('M', 'N'): -2, ('M', 'Q'): -1, ('M', 'R'): 0, ('N', 'A'): 0, ('N', 'N'): 2, ('N', 'R'): 0, ('P', 'A'): 1, ('P', 'C'): -3, ('P', 'D'): -1, ('P', 'E'): -1, ('P', 'F'): -5, ('P', 'G'): 0, ('P', 'H'): 0, ('P', 'I'): -2, ('P', 'K'): -1, ('P', 'L'): -3, ('P', 'M'): -2, ('P', 'N'): 0, ('P', 'P'): 6, ('P', 'Q'): 0, ('P', 'R'): 0, ('Q', 'A'): 0, ('Q', 'C'): -5, ('Q', 'D'): 2, ('Q', 'N'): 1, ('Q', 'Q'): 4, ('Q', 'R'): 1, ('R', 'A'): -2, ('R', 'R'): 6, ('S', 'A'): 1, ('S', 'C'): 0, ('S', 'D'): 0, ('S', 'E'): 0, ('S', 'F'): -3, ('S', 'G'): 1, ('S', 'H'): -1, ('S', 'I'): -1, ('S', 'K'): 0, ('S', 'L'): -3, ('S', 'M'): -2, ('S', 'N'): 1, ('S', 'P'): 1, ('S', 'Q'): -1, ('S', 'R'): 0, ('S', 'S'): 2, ('T', 'A'): 1, ('T', 'C'): -2, ('T', 'D'): 0, ('T', 'E'): 0, ('T', 'F'): -3, ('T', 'G'): 0, ('T', 'H'): -1, ('T', 'I'): 0, ('T', 'K'): 0, ('T', 'L'): -2, ('T', 'M'): -1, ('T', 'N'): 0, ('T', 'P'): 0, ('T', 'Q'): -1, ('T', 'R'): -1, ('T', 'S'): 1, ('T', 'T'): 3, ('V', 'A'): 0, ('V', 'C'): -2, ('V', 'D'): -2, ('V', 'E'): -2, ('V', 'F'): -1, ('V', 'G'): -1, ('V', 'H'): -2, ('V', 'I'): 4, ('V', 'K'): -2, ('V', 'L'): 2, ('V', 'M'): 2, ('V', 'N'): -2, ('V', 'P'): -1, ('V', 'Q'): -2, ('V', 'R'): -2, ('V', 'S'): -1, ('V', 'T'): 0, ('V', 'V'): 4, ('V', 'W'): -6, ('V', 'Y'): -2, ('W', 'A'): -6, ('W', 'C'): -8, ('W', 'D'): -7, ('W', 'E'): -7, ('W', 'F'): 0, ('W', 'G'): -7, ('W', 'H'): -3, ('W', 'I'): -5, ('W', 'K'): -3, ('W', 'L'): -2, ('W', 'M'): -4, ('W', 'N'): -4, ('W', 'P'): -6, ('W', 'Q'): -5, ('W', 'R'): 2, ('W', 'S'): -2, ('W', 'T'): -5, ('W', 'W'): 17, ('X', 'A'): 0, ('X', 'B'): -1, ('X', 'C'): -3, ('X', 'D'): -1, ('X', 'E'): -1, ('X', 'F'): -2, ('X', 'G'): -1, ('X', 'H'): -1, ('X', 'I'): -1, ('X', 'K'): -1, ('X', 'L'): -1, ('X', 'M'): -1, ('X', 'N'): 0, ('X', 'P'): -1, ('X', 'Q'): -1, ('X', 'R'): -1, ('X', 'S'): 0, ('X', 'T'): 0, ('X', 'V'): -1, ('X', 'W'): -4, ('X', 'X'): -1, ('X', 'Y'): -2, ('X', 'Z'): -1, ('Y', 'A'): -3, ('Y', 'C'): 0, ('Y', 'D'): -4, ('Y', 'E'): -4, ('Y', 'F'): 7, ('Y', 'G'): -5, ('Y', 'H'): 0, ('Y', 'I'): -1, ('Y', 'K'): -4, ('Y', 'L'): -1, ('Y', 'M'): -2, ('Y', 'N'): -2, ('Y', 'P'): -5, ('Y', 'Q'): -4, ('Y', 'R'): -4, ('Y', 'S'): -3, ('Y', 'T'): -3, ('Y', 'W'): 0, ('Y', 'Y'): 10, ('Z', 'A'): 0, ('Z', 'B'): 2, ('Z', 'C'): -5, ('Z', 'D'): 3, ('Z', 'E'): 3, ('Z', 'F'): -5, ('Z', 'G'): 0, ('Z', 'H'): 2, ('Z', 'I'): -2, ('Z', 'K'): 0, ('Z', 'L'): -3, ('Z', 'M'): -2, ('Z', 'N'): 1, ('Z', 'P'): 0, ('Z', 'Q'): 3, ('Z', 'R'): 0, ('Z', 'S'): 0, ('Z', 'T'): -1, ('Z', 'V'): -2, ('Z', 'W'): -6, ('Z', 'Y'): -4, ('Z', 'Z'): 3}, 'pam30': {('A', 'A'): 6, ('B', 'A'): -3, ('B', 'B'): 6, ('B', 'C'): -12, ('B', 'D'): 6, ('B', 'E'): 1, ('B', 'F'): -10, ('B', 'G'): -3, ('B', 'H'): -1, ('B', 'I'): -6, ('B', 'K'): -2, ('B', 'L'): -9, ('B', 'M'): -10, ('B', 'N'): 6, ('B', 'P'): -7, ('B', 'Q'): -3, ('B', 'R'): -7, ('B', 'S'): -1, ('B', 'T'): -3, ('B', 'V'): -8, ('B', 'W'): -10, ('B', 'Y'): -6, ('C', 'A'): -6, ('C', 'C'): 10, ('C', 'D'): -14, ('C', 'N'): -11, ('C', 'R'): -8, ('D', 'A'): -3, ('D', 'D'): 8, ('D', 'N'): 2, ('D', 'R'): -10, ('E', 'A'): -2, ('E', 'C'): -14, ('E', 'D'): 2, ('E', 'E'): 8, ('E', 'N'): -2, ('E', 'Q'): 1, ('E', 'R'): -9, ('F', 'A'): -8, ('F', 'C'): -13, ('F', 'D'): -15, ('F', 'E'): -14, ('F', 'F'): 9, ('F', 'G'): -9, ('F', 'H'): -6, ('F', 'I'): -2, ('F', 'K'): -14, ('F', 'L'): -3, ('F', 'M'): -4, ('F', 'N'): -9, ('F', 'Q'): -13, ('F', 'R'): -9, ('G', 'A'): -2, ('G', 'C'): -9, ('G', 'D'): -3, ('G', 'E'): -4, ('G', 'G'): 6, ('G', 'N'): -3, ('G', 'Q'): -7, ('G', 'R'): -9, ('H', 'A'): -7, ('H', 'C'): -7, ('H', 'D'): -4, ('H', 'E'): -5, ('H', 'G'): -9, ('H', 'H'): 9, ('H', 'N'): 0, ('H', 'Q'): 1, ('H', 'R'): -2, ('I', 'A'): -5, ('I', 'C'): -6, ('I', 'D'): -7, ('I', 'E'): -5, ('I', 'G'): -11, ('I', 'H'): -9, ('I', 'I'): 8, ('I', 'N'): -5, ('I', 'Q'): -8, ('I', 'R'): -5, ('K', 'A'): -7, ('K', 'C'): -14, ('K', 'D'): -4, ('K', 'E'): -4, ('K', 'G'): -7, ('K', 'H'): -6, ('K', 'I'): -6, ('K', 'K'): 7, ('K', 'L'): -8, ('K', 'N'): -1, ('K', 'Q'): -3, ('K', 'R'): 0, ('L', 'A'): -6, ('L', 'C'): -15, ('L', 'D'): -12, ('L', 'E'): -9, ('L', 'G'): -10, ('L', 'H'): -6, ('L', 'I'): -1, ('L', 'L'): 7, ('L', 'N'): -7, ('L', 'Q'): -5, ('L', 'R'): -8, ('M', 'A'): -5, ('M', 'C'): -13, ('M', 'D'): -11, ('M', 'E'): -7, ('M', 'G'): -8, ('M', 'H'): -10, ('M', 'I'): -1, ('M', 'K'): -2, ('M', 'L'): 1, ('M', 'M'): 11, ('M', 'N'): -9, ('M', 'Q'): -4, ('M', 'R'): -4, ('N', 'A'): -4, ('N', 'N'): 8, ('N', 'R'): -6, ('P', 'A'): -2, ('P', 'C'): -8, ('P', 'D'): -8, ('P', 'E'): -5, ('P', 'F'): -10, ('P', 'G'): -6, ('P', 'H'): -4, ('P', 'I'): -8, ('P', 'K'): -6, ('P', 'L'): -7, ('P', 'M'): -8, ('P', 'N'): -6, ('P', 'P'): 8, ('P', 'Q'): -3, ('P', 'R'): -4, ('Q', 'A'): -4, ('Q', 'C'): -14, ('Q', 'D'): -2, ('Q', 'N'): -3, ('Q', 'Q'): 8, ('Q', 'R'): -2, ('R', 'A'): -7, ('R', 'R'): 8, ('S', 'A'): 0, ('S', 'C'): -3, ('S', 'D'): -4, ('S', 'E'): -4, ('S', 'F'): -6, ('S', 'G'): -2, ('S', 'H'): -6, ('S', 'I'): -7, ('S', 'K'): -4, ('S', 'L'): -8, ('S', 'M'): -5, ('S', 'N'): 0, ('S', 'P'): -2, ('S', 'Q'): -5, ('S', 'R'): -3, ('S', 'S'): 6, 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('Y', 'D'): -6, ('Y', 'E'): -6, ('Y', 'F'): 4, ('Y', 'G'): -8, ('Y', 'H'): -1, ('Y', 'I'): -3, ('Y', 'K'): -6, ('Y', 'L'): -3, ('Y', 'M'): -6, ('Y', 'N'): -2, ('Y', 'P'): -8, ('Y', 'Q'): -6, ('Y', 'R'): -6, ('Y', 'S'): -4, ('Y', 'T'): -4, ('Y', 'W'): -2, ('Y', 'Y'): 9, ('Z', 'A'): -1, ('Z', 'B'): 2, ('Z', 'C'): -8, ('Z', 'D'): 3, ('Z', 'E'): 5, ('Z', 'F'): -8, ('Z', 'G'): -2, ('Z', 'H'): 1, ('Z', 'I'): -3, ('Z', 'K'): -1, ('Z', 'L'): -4, ('Z', 'M'): -3, ('Z', 'N'): 0, ('Z', 'P'): -2, ('Z', 'Q'): 5, ('Z', 'R'): -1, ('Z', 'S'): -2, ('Z', 'T'): -2, ('Z', 'V'): -3, ('Z', 'W'): -8, ('Z', 'Y'): -6, ('Z', 'Z'): 5}, 'rao': {('A', 'A'): 16, ('C', 'A'): 11, ('C', 'C'): 16, ('D', 'A'): 9, ('D', 'C'): 8, ('D', 'D'): 16, ('E', 'A'): 10, ('E', 'C'): 9, ('E', 'D'): 11, ('E', 'E'): 16, ('F', 'A'): 10, ('F', 'C'): 10, ('F', 'D'): 4, ('F', 'E'): 6, ('F', 'F'): 16, ('G', 'A'): 8, ('G', 'C'): 8, ('G', 'D'): 9, ('G', 'E'): 6, ('G', 'F'): 7, ('G', 'G'): 16, ('H', 'A'): 11, ('H', 'C'): 10, ('H', 'D'): 9, ('H', 'E'): 11, ('H', 'F'): 9, ('H', 'G'): 7, ('H', 'H'): 16, ('I', 'A'): 9, ('I', 'C'): 8, ('I', 'D'): 3, ('I', 'E'): 4, ('I', 'F'): 12, ('I', 'G'): 6, ('I', 'H'): 8, ('I', 'I'): 16, ('K', 'A'): 10, ('K', 'C'): 9, ('K', 'D'): 11, ('K', 'E'): 11, ('K', 'F'): 6, ('K', 'G'): 7, ('K', 'H'): 11, ('K', 'I'): 4, ('K', 'K'): 16, ('L', 'A'): 11, ('L', 'C'): 11, ('L', 'D'): 6, ('L', 'E'): 7, ('L', 'F'): 11, ('L', 'G'): 6, ('L', 'H'): 10, ('L', 'I'): 10, ('L', 'K'): 7, ('L', 'L'): 16, ('M', 'A'): 11, ('M', 'C'): 10, ('M', 'D'): 5, ('M', 'E'): 8, ('M', 'F'): 10, ('M', 'G'): 4, ('M', 'H'): 10, ('M', 'I'): 9, ('M', 'K'): 8, ('M', 'L'): 11, ('M', 'M'): 16, ('N', 'A'): 9, ('N', 'C'): 9, ('N', 'D'): 11, ('N', 'E'): 10, ('N', 'F'): 6, ('N', 'G'): 10, ('N', 'H'): 10, ('N', 'I'): 5, ('N', 'K'): 11, ('N', 'L'): 7, ('N', 'M'): 6, ('N', 'N'): 16, ('P', 'A'): 6, ('P', 'C'): 7, ('P', 'D'): 8, ('P', 'E'): 5, ('P', 'F'): 4, ('P', 'G'): 11, ('P', 'H'): 5, ('P', 'I'): 3, ('P', 'K'): 6, ('P', 'L'): 4, ('P', 'M'): 2, ('P', 'N'): 9, ('P', 'P'): 16, ('Q', 'A'): 11, ('Q', 'C'): 10, ('Q', 'D'): 11, ('Q', 'E'): 11, ('Q', 'F'): 7, ('Q', 'G'): 8, ('Q', 'H'): 11, ('Q', 'I'): 6, ('Q', 'K'): 12, ('Q', 'L'): 9, ('Q', 'M'): 9, ('Q', 'N'): 11, ('Q', 'P'): 7, ('Q', 'Q'): 16, ('R', 'A'): 8, ('R', 'C'): 8, ('R', 'D'): 10, ('R', 'E'): 9, ('R', 'F'): 5, ('R', 'G'): 7, ('R', 'H'): 10, ('R', 'I'): 4, ('R', 'K'): 11, ('R', 'L'): 6, ('R', 'M'): 6, ('R', 'N'): 10, ('R', 'P'): 6, ('R', 'Q'): 10, ('R', 'R'): 16, ('S', 'A'): 10, ('S', 'C'): 10, ('S', 'D'): 10, ('S', 'E'): 9, ('S', 'F'): 8, ('S', 'G'): 11, ('S', 'H'): 10, ('S', 'I'): 8, ('S', 'K'): 10, ('S', 'L'): 8, ('S', 'M'): 7, ('S', 'N'): 11, ('S', 'P'): 10, ('S', 'Q'): 10, ('S', 'R'): 9, ('S', 'S'): 16, ('T', 'A'): 10, ('T', 'C'): 10, ('T', 'D'): 9, ('T', 'E'): 8, ('T', 'F'): 10, ('T', 'G'): 10, ('T', 'H'): 10, ('T', 'I'): 10, ('T', 'K'): 9, ('T', 'L'): 9, ('T', 'M'): 8, ('T', 'N'): 10, ('T', 'P'): 8, ('T', 'Q'): 10, ('T', 'R'): 9, ('T', 'S'): 11, ('T', 'T'): 16, ('V', 'A'): 9, ('V', 'C'): 8, ('V', 'D'): 3, ('V', 'E'): 4, ('V', 'F'): 11, ('V', 'G'): 6, ('V', 'H'): 9, ('V', 'I'): 12, ('V', 'K'): 5, ('V', 'L'): 10, ('V', 'M'): 9, ('V', 'N'): 5, ('V', 'P'): 3, ('V', 'Q'): 6, ('V', 'R'): 5, ('V', 'S'): 8, ('V', 'T'): 10, ('V', 'V'): 16, ('W', 'A'): 11, ('W', 'C'): 11, ('W', 'D'): 6, ('W', 'E'): 7, ('W', 'F'): 11, ('W', 'G'): 8, ('W', 'H'): 10, ('W', 'I'): 11, ('W', 'K'): 7, ('W', 'L'): 11, ('W', 'M'): 10, ('W', 'N'): 8, ('W', 'P'): 6, ('W', 'Q'): 9, ('W', 'R'): 7, ('W', 'S'): 10, ('W', 'T'): 11, ('W', 'V'): 11, ('W', 'W'): 16, ('Y', 'A'): 9, ('Y', 'C'): 10, ('Y', 'D'): 7, ('Y', 'E'): 6, ('Y', 'F'): 10, ('Y', 'G'): 10, ('Y', 'H'): 9, ('Y', 'I'): 10, ('Y', 'K'): 7, ('Y', 'L'): 9, ('Y', 'M'): 8, ('Y', 'N'): 8, ('Y', 'P'): 8, ('Y', 'Q'): 8, ('Y', 'R'): 7, ('Y', 'S'): 11, ('Y', 'T'): 11, ('Y', 'V'): 10, ('Y', 'W'): 11, ('Y', 'Y'): 16}, 'risler': {('A', 'A'): 2.2, ('C', 'A'): -1.5, ('C', 'C'): 2.2, ('D', 'A'): 0.2, ('D', 'C'): -1.7, ('D', 'D'): 2.2, ('E', 'A'): 1.7, ('E', 'C'): -1.5, ('E', 'D'): 1.0, ('E', 'E'): 2.2, ('F', 'A'): 0.6, ('F', 'C'): -1.6, ('F', 'D'): -0.3, ('F', 'E'): 0.6, ('F', 'F'): 2.2, ('G', 'A'): 0.6, ('G', 'C'): -1.7, ('G', 'D'): -0.4, ('G', 'E'): 0.3, ('G', 'F'): -0.4, ('G', 'G'): 2.2, ('H', 'A'): -0.6, ('H', 'C'): -1.8, ('H', 'D'): -1.3, ('H', 'E'): -0.6, ('H', 'F'): -1.1, ('H', 'G'): -1.2, ('H', 'H'): 2.2, ('I', 'A'): 1.7, ('I', 'C'): -1.6, ('I', 'D'): 0.0, ('I', 'E'): 1.5, ('I', 'F'): 1.0, ('I', 'G'): 0.0, ('I', 'H'): -0.8, ('I', 'I'): 2.2, ('K', 'A'): 1.4, ('K', 'C'): -1.6, ('K', 'D'): 0.1, ('K', 'E'): 1.4, ('K', 'F'): 0.1, ('K', 'G'): -0.1, ('K', 'H'): -1.0, ('K', 'I'): 1.0, ('K', 'K'): 2.2, ('L', 'A'): 1.3, ('L', 'C'): -1.5, ('L', 'D'): -0.2, ('L', 'E'): 0.9, ('L', 'F'): 1.0, ('L', 'G'): -0.2, ('L', 'H'): -0.9, ('L', 'I'): 2.1, ('L', 'K'): 0.7, ('L', 'L'): 2.2, ('M', 'A'): 1.0, ('M', 'C'): -1.6, ('M', 'D'): -0.5, ('M', 'E'): 0.6, ('M', 'F'): -0.2, ('M', 'G'): -0.4, ('M', 'H'): -1.2, ('M', 'I'): 0.9, ('M', 'K'): 0.4, ('M', 'L'): 1.8, ('M', 'M'): 2.2, ('N', 'A'): 1.3, ('N', 'C'): -1.6, ('N', 'D'): 0.8, ('N', 'E'): 1.4, ('N', 'F'): 0.4, ('N', 'G'): 0.2, ('N', 'H'): -0.3, ('N', 'I'): 0.9, ('N', 'K'): 1.0, ('N', 'L'): 0.8, ('N', 'M'): 0.0, ('N', 'N'): 2.2, ('P', 'A'): -0.2, ('P', 'C'): -1.8, ('P', 'D'): -1.2, ('P', 'E'): -0.1, ('P', 'F'): -1.1, ('P', 'G'): -1.2, ('P', 'H'): -1.6, ('P', 'I'): -0.6, ('P', 'K'): -0.7, ('P', 'L'): -0.8, ('P', 'M'): -1.2, ('P', 'N'): -1.0, ('P', 'P'): 2.2, ('Q', 'A'): 1.8, ('Q', 'C'): -1.4, ('Q', 'D'): 0.6, ('Q', 'E'): 2.1, ('Q', 'F'): 0.7, ('Q', 'G'): 0.2, ('Q', 'H'): -0.5, ('Q', 'I'): 1.4, ('Q', 'K'): 1.7, ('Q', 'L'): 1.1, ('Q', 'M'): 1.2, ('Q', 'N'): 1.6, ('Q', 'P'): -0.6, ('Q', 'Q'): 2.2, ('R', 'A'): 1.5, ('R', 'C'): -1.5, ('R', 'D'): -0.1, ('R', 'E'): 1.9, ('R', 'F'): 0.4, ('R', 'G'): 0.1, ('R', 'H'): -0.4, ('R', 'I'): 1.4, ('R', 'K'): 2.1, ('R', 'L'): 1.2, ('R', 'M'): 1.1, ('R', 'N'): 1.2, ('R', 'P'): -0.3, ('R', 'Q'): 2.0, ('R', 'R'): 2.2, ('S', 'A'): 2.0, ('S', 'C'): -1.3, ('S', 'D'): 0.7, ('S', 'E'): 1.8, ('S', 'F'): 0.5, ('S', 'G'): 0.7, ('S', 'H'): -0.4, ('S', 'I'): 1.6, ('S', 'K'): 1.4, ('S', 'L'): 1.3, ('S', 'M'): 0.6, ('S', 'N'): 1.9, ('S', 'P'): -0.3, ('S', 'Q'): 1.8, ('S', 'R'): 2.0, ('S', 'S'): 2.2, ('T', 'A'): 1.9, ('T', 'C'): -1.4, ('T', 'D'): 0.0, ('T', 'E'): 1.6, ('T', 'F'): 0.3, ('T', 'G'): 0.2, ('T', 'H'): -0.9, ('T', 'I'): 1.6, ('T', 'K'): 1.2, ('T', 'L'): 1.2, ('T', 'M'): 0.8, ('T', 'N'): 1.1, ('T', 'P'): -0.5, ('T', 'Q'): 1.7, ('T', 'R'): 1.9, ('T', 'S'): 2.1, ('T', 'T'): 2.2, ('V', 'A'): 2.0, ('V', 'C'): -1.4, ('V', 'D'): 0.0, ('V', 'E'): 1.6, ('V', 'F'): 0.8, ('V', 'G'): 0.1, ('V', 'H'): -0.7, ('V', 'I'): 2.2, ('V', 'K'): 1.2, ('V', 'L'): 2.0, ('V', 'M'): 0.8, ('V', 'N'): 1.1, ('V', 'P'): -0.6, ('V', 'Q'): 1.5, ('V', 'R'): 1.5, ('V', 'S'): 1.8, ('V', 'T'): 1.6, ('V', 'V'): 2.2, ('W', 'A'): -0.9, ('W', 'C'): -1.8, ('W', 'D'): -1.4, ('W', 'E'): -1.0, ('W', 'F'): -0.9, ('W', 'G'): -1.3, ('W', 'H'): -1.7, ('W', 'I'): -0.7, ('W', 'K'): -1.1, ('W', 'L'): -0.8, ('W', 'M'): -1.3, ('W', 'N'): -1.1, ('W', 'P'): -1.6, ('W', 'Q'): -1.0, ('W', 'R'): -0.8, ('W', 'S'): -0.8, ('W', 'T'): -1.0, ('W', 'V'): -0.7, ('W', 'W'): 2.2, ('Y', 'A'): 0.2, ('Y', 'C'): -1.1, ('Y', 'D'): -0.4, ('Y', 'E'): 0.2, ('Y', 'F'): 2.0, ('Y', 'G'): -0.2, ('Y', 'H'): -0.8, ('Y', 'I'): 0.4, ('Y', 'K'): 0.5, ('Y', 'L'): 0.5, ('Y', 'M'): -0.2, ('Y', 'N'): -0.1, ('Y', 'P'): -1.2, ('Y', 'Q'): 0.5, ('Y', 'R'): 0.8, ('Y', 'S'): 0.4, ('Y', 'T'): 0.3, ('Y', 'V'): 0.3, ('Y', 'W'): -0.6, ('Y', 'Y'): 2.2}, 'structure': {('A', 'A'): 4, ('A', 'C'): -2, ('A', 'P'): -1, ('A', 'S'): 0, ('A', 'T'): -1, ('C', 'C'): 11, ('D', 'A'): -1, ('D', 'C'): -7, ('D', 'D'): 6, ('D', 'G'): -1, ('D', 'N'): 2, ('D', 'P'): -1, ('D', 'S'): 0, ('D', 'T'): -1, ('E', 'A'): 0, ('E', 'C'): -3, ('E', 'D'): 2, ('E', 'E'): 5, ('E', 'G'): -2, ('E', 'N'): 0, ('E', 'P'): -1, ('E', 'S'): -1, ('E', 'T'): 0, ('F', 'A'): -3, ('F', 'C'): -2, ('F', 'D'): -5, ('F', 'E'): -4, ('F', 'F'): 7, ('F', 'G'): -6, ('F', 'H'): -2, ('F', 'I'): 1, ('F', 'K'): -3, ('F', 'L'): 2, ('F', 'M'): 0, ('F', 'N'): -3, ('F', 'P'): -5, ('F', 'Q'): -4, ('F', 'R'): -4, ('F', 'S'): -3, ('F', 'T'): -3, ('F', 'V'): -1, ('G', 'A'): 0, ('G', 'C'): -6, ('G', 'G'): 5, ('G', 'P'): -2, ('G', 'S'): -1, ('G', 'T'): -3, ('H', 'A'): -2, ('H', 'C'): -6, ('H', 'D'): 0, ('H', 'E'): -2, ('H', 'G'): -3, ('H', 'H'): 8, ('H', 'N'): 2, ('H', 'P'): -3, ('H', 'Q'): 0, ('H', 'S'): -2, ('H', 'T'): -2, ('I', 'A'): -2, ('I', 'C'): -4, ('I', 'D'): -3, ('I', 'E'): -3, ('I', 'G'): -5, ('I', 'H'): -5, ('I', 'I'): 6, ('I', 'K'): -3, ('I', 'M'): 1, ('I', 'N'): -3, ('I', 'P'): -4, ('I', 'Q'): -5, ('I', 'R'): -3, ('I', 'S'): -3, ('I', 'T'): -2, ('K', 'A'): -1, ('K', 'C'): -4, ('K', 'D'): -1, ('K', 'E'): 1, ('K', 'G'): -3, ('K', 'H'): 0, ('K', 'K'): 5, ('K', 'N'): 0, ('K', 'P'): -1, ('K', 'Q'): 1, ('K', 'R'): 2, ('K', 'S'): -1, ('K', 'T'): 0, ('L', 'A'): -2, ('L', 'C'): -6, ('L', 'D'): -6, ('L', 'E'): -4, ('L', 'G'): -5, ('L', 'H'): -3, ('L', 'I'): 2, ('L', 'K'): -2, ('L', 'L'): 5, ('L', 'M'): 3, ('L', 'N'): -3, ('L', 'P'): -3, ('L', 'Q'): -3, ('L', 'R'): -3, ('L', 'S'): -4, ('L', 'T'): -3, ('M', 'A'): 0, ('M', 'C'): -5, ('M', 'D'): -4, ('M', 'E'): -2, ('M', 'G'): -4, ('M', 'H'): -2, ('M', 'K'): -1, ('M', 'M'): 8, ('M', 'N'): -2, ('M', 'P'): -6, ('M', 'Q'): 1, ('M', 'R'): -4, ('M', 'S'): -4, ('M', 'T'): -2, ('N', 'A'): -1, ('N', 'C'): -6, ('N', 'G'): -1, ('N', 'N'): 5, ('N', 'P'): -2, ('N', 'S'): 0, ('N', 'T'): 0, ('P', 'C'): -8, ('P', 'P'): 7, ('P', 'S'): -1, ('P', 'T'): -1, ('Q', 'A'): 0, ('Q', 'C'): -3, ('Q', 'D'): 0, ('Q', 'E'): 2, ('Q', 'G'): -2, ('Q', 'N'): 0, ('Q', 'P'): -2, ('Q', 'Q'): 6, ('Q', 'S'): -1, ('Q', 'T'): 0, ('R', 'A'): -1, ('R', 'C'): -2, ('R', 'D'): -2, ('R', 'E'): 0, ('R', 'G'): -2, ('R', 'H'): 0, ('R', 'N'): -1, ('R', 'P'): -2, ('R', 'Q'): 1, ('R', 'R'): 7, ('R', 'S'): 0, ('R', 'T'): -1, ('S', 'C'): -4, ('S', 'S'): 4, ('T', 'C'): -5, ('T', 'S'): 1, ('T', 'T'): 5, ('V', 'A'): 0, ('V', 'C'): -4, ('V', 'D'): -4, ('V', 'E'): -2, ('V', 'G'): -4, ('V', 'H'): -2, ('V', 'I'): 2, ('V', 'K'): -3, ('V', 'L'): 1, ('V', 'M'): 0, ('V', 'N'): -4, ('V', 'P'): -4, ('V', 'Q'): -2, ('V', 'R'): -3, ('V', 'S'): -3, ('V', 'T'): -1, ('V', 'V'): 5, ('W', 'A'): -3, ('W', 'C'): -6, ('W', 'D'): -6, ('W', 'E'): -6, ('W', 'F'): 2, ('W', 'G'): -4, ('W', 'H'): -3, ('W', 'I'): -2, ('W', 'K'): -3, ('W', 'L'): -1, ('W', 'M'): -2, ('W', 'N'): -5, ('W', 'P'): -4, ('W', 'Q'): -5, ('W', 'R'): -2, ('W', 'S'): -5, ('W', 'T'): -5, ('W', 'V'): -4, ('W', 'W'): 10, ('W', 'Y'): 2, ('Y', 'A'): -3, ('Y', 'C'): -6, ('Y', 'D'): -3, ('Y', 'E'): -2, ('Y', 'F'): 3, ('Y', 'G'): -3, ('Y', 'H'): 0, ('Y', 'I'): -1, ('Y', 'K'): -2, ('Y', 'L'): -2, ('Y', 'M'): -1, ('Y', 'N'): -1, ('Y', 'P'): -6, ('Y', 'Q'): -3, ('Y', 'R'): -1, ('Y', 'S'): -2, ('Y', 'T'): -2, ('Y', 'V'): -1, ('Y', 'Y'): 7}}

dna_models = ['blastn', 'trans']

models = ['identity', 'blastn', 'trans', 'benner6', 'benner22', 'benner74', 'blosum100', 'blosum30', 'blosum35', 'blosum40', 'blosum45', 'blosum50', 'blosum55', 'blosum60', 'blosum62', 'blosum65', 'blosum70', 'blosum75', 'blosum80', 'blosum85', 'blosum90', 'blosum95', 'feng', 'fitch', 'genetic', 'gonnet', 'grant', 'ident', 'johnson', 'levin', 'mclach', 'miyata', 'nwsgappep', 'pam120', 'pam180', 'pam250', 'pam30', 'pam300', 'pam60', 'pam90', 'rao', 'risler', 'structure']

__init__(self, model='identity', skip_letters=None)

Initialize with a distance model.

get_distance(self, msa)

Return a DistanceMatrix for MSA object.

Parameters

msaMultipleSeqAlignment

DNA or Protein multiple sequence alignment.

class Bio.Phylo.TreeConstruction.TreeConstructor

Bases: object

Base class for all tree constructor.

build_tree(self, msa)

Caller to built the tree from a MultipleSeqAlignment object.

This should be implemented in subclass.

class Bio.Phylo.TreeConstruction.DistanceTreeConstructor(distance_calculator=None, method='nj')

Bases: Bio.Phylo.TreeConstruction.TreeConstructor

Distance based tree constructor.

Parameters

methodstr

Distance tree construction method, ‘nj’(default) or ‘upgma’.

distance_calculatorDistanceCalculator

The distance matrix calculator for multiple sequence alignment. It must be provided if build_tree will be called.

Examples

>>> from TreeConstruction import DistanceTreeConstructor
>>> constructor = DistanceTreeConstructor()

UPGMA Tree:

>>> from Bio.Phylo.TreeConstruction import DistanceCalculator
>>> from Bio import AlignIO
>>> aln = AlignIO.read(open('Tests/TreeConstruction/msa.phy'), 'phylip')
>>> calculator = DistanceCalculator('identity')
>>> dm = calculator.get_distance(aln)
>>> upgmatree = constructor.upgma(dm)
>>> print(upgmatree)
Tree(rooted=True)
    Clade(name='Inner4')
        Clade(branch_length=0.171955155115, name='Inner1')
            Clade(branch_length=0.111111111111, name='Epsilon')
            Clade(branch_length=0.111111111111, name='Delta')
        Clade(branch_length=0.0673103855608, name='Inner3')
            Clade(branch_length=0.0907558806655, name='Inner2')
                Clade(branch_length=0.125, name='Gamma')
                Clade(branch_length=0.125, name='Beta')
            Clade(branch_length=0.215755880666, name='Alpha')

NJ Tree:

>>> njtree = constructor.nj(dm)
>>> print(njtree)
Tree(rooted=False)
    Clade(name='Inner3')
        Clade(branch_length=0.0142054862889, name='Inner2')
            Clade(branch_length=0.239265540676, name='Inner1')
                Clade(branch_length=0.0853101915988, name='Epsilon')
                Clade(branch_length=0.136912030623, name='Delta')
            Clade(branch_length=0.292306275042, name='Alpha')
        Clade(branch_length=0.0747705106139, name='Beta')
        Clade(branch_length=0.175229489386, name='Gamma')

methods = ['nj', 'upgma']

__init__(self, distance_calculator=None, method='nj')

Initialize the class.

build_tree(self, msa)

Construct and return a Tree, Neighbor Joining or UPGMA.

upgma(self, distance_matrix)

Construct and return an UPGMA tree.

Constructs and returns an Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean (UPGMA) tree.

Parameters

distance_matrixDistanceMatrix

The distance matrix for tree construction.

nj(self, distance_matrix)

Construct and return a Neighbor Joining tree.

Parameters

distance_matrixDistanceMatrix

The distance matrix for tree construction.

class Bio.Phylo.TreeConstruction.Scorer

Bases: object

Base class for all tree scoring methods.

get_score(self, tree, alignment)

Caller to get the score of a tree for the given alignment.

This should be implemented in subclass.

class Bio.Phylo.TreeConstruction.TreeSearcher

Bases: object

Base class for all tree searching methods.

search(self, starting_tree, alignment)

Caller to search the best tree with a starting tree.

This should be implemented in subclass.

class Bio.Phylo.TreeConstruction.NNITreeSearcher(scorer)

Bases: Bio.Phylo.TreeConstruction.TreeSearcher

Tree searching with Nearest Neighbor Interchanges (NNI) algorithm.

Parameters

scorerParsimonyScorer

parsimony scorer to calculate the parsimony score of different trees during NNI algorithm.

__init__(self, scorer)

Initialize the class.

search(self, starting_tree, alignment)

Implement the TreeSearcher.search method.

Parameters

starting_treeTree

starting tree of NNI method.

alignmentMultipleSeqAlignment

multiple sequence alignment used to calculate parsimony score of different NNI trees.

class Bio.Phylo.TreeConstruction.ParsimonyScorer(matrix=None)

Bases: Bio.Phylo.TreeConstruction.Scorer

Parsimony scorer with a scoring matrix.

This is a combination of Fitch algorithm and Sankoff algorithm. See ParsimonyTreeConstructor for usage.

Parameters

matrix_Matrix

scoring matrix used in parsimony score calculation.

__init__(self, matrix=None)

Initialize the class.

get_score(self, tree, alignment)

Calculate parsimony score using the Fitch algorithm.

Calculate and return the parsimony score given a tree and the MSA using either the Fitch algorithm (without a penalty matrix) or the Sankoff algorithm (with a matrix).

class Bio.Phylo.TreeConstruction.ParsimonyTreeConstructor(searcher, starting_tree=None)

Bases: Bio.Phylo.TreeConstruction.TreeConstructor

Parsimony tree constructor.

Parameters

searcherTreeSearcher

tree searcher to search the best parsimony tree.

starting_treeTree

starting tree provided to the searcher.

Examples

>>> from Bio import AlignIO, Phylo
>>> aln = AlignIO.read(open('Tests/TreeConstruction/msa.phy'), 'phylip')
>>> print(aln)
SingleLetterAlphabet() alignment with 5 rows and 13 columns
AACGTGGCCACAT Alpha
AAGGTCGCCACAC Beta
GAGATTTCCGCCT Delta
GAGATCTCCGCCC Epsilon
CAGTTCGCCACAA Gamma
>>> starting_tree = Phylo.read('Tests/TreeConstruction/nj.tre', 'newick')
>>> print(starting_tree)
Tree(weight=1.0, rooted=False)
    Clade(branch_length=0.0, name='Inner3')
        Clade(branch_length=0.01421, name='Inner2')
            Clade(branch_length=0.23927, name='Inner1')
                Clade(branch_length=0.08531, name='Epsilon')
                Clade(branch_length=0.13691, name='Delta')
            Clade(branch_length=0.29231, name='Alpha')
        Clade(branch_length=0.07477, name='Beta')
        Clade(branch_length=0.17523, name='Gamma')
>>> scorer = ParsimonyScorer()
>>> searcher = NNITreeSearcher(scorer)
>>> constructor = ParsimonyTreeConstructor(searcher, starting_tree)
>>> pars_tree = constructor.build_tree(aln)
>>> print(pars_tree)
Tree(weight=1.0, rooted=True)
    Clade(branch_length=0.0)
        Clade(branch_length=0.197335, name='Inner1')
            Clade(branch_length=0.13691, name='Delta')
            Clade(branch_length=0.08531, name='Epsilon')
        Clade(branch_length=0.041935, name='Inner2')
            Clade(branch_length=0.01421, name='Inner3')
                Clade(branch_length=0.17523, name='Gamma')
                Clade(branch_length=0.07477, name='Beta')
            Clade(branch_length=0.29231, name='Alpha')

__init__(self, searcher, starting_tree=None)

Initialize the class.

build_tree(self, alignment)

Build the tree.

Parameters

alignmentMultipleSeqAlignment

multiple sequence alignment to calculate parsimony tree.