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Source Code for Module Bio.SubsMat.MatrixInfo

   1  # This code is part of the Biopython distribution and governed by its 
   2  # license.  Please see the LICENSE file that should have been included 
   3  # as part of this package. 
   4  # 
   5   
   6  """ 
   7  A whole bunch of substitution matrices for use in alignments, etc. 
   8   
   9  The info on this page was obtained from: 
  10      http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/mlist1.html 
  11  and was extracted using the code in 'get_matrices.py.' 
  12  """ 
  13  # a list of all available substitution matrices 
  14  available_matrices = ['benner6', 'benner22', 'benner74', 'blosum100', 
  15                        'blosum30', 'blosum35', 'blosum40', 'blosum45', 
  16                        'blosum50', 'blosum55', 'blosum60', 'blosum62', 
  17                        'blosum65', 'blosum70', 'blosum75', 'blosum80', 
  18                        'blosum85', 'blosum90', 'blosum95', 'feng', 
  19                        'fitch', 'genetic', 'gonnet', 'grant', 
  20                        'ident', 'johnson', 'levin', 'mclach', 
  21                        'miyata', 'nwsgappep', 'pam120', 'pam180', 
  22                        'pam250', 'pam30', 'pam300', 'pam60', 
  23                        'pam90', 'rao', 'risler', 'structure' 
  24                       ] 
  25   
  26  #NOTE - The only reason we define temp functions rather than assigning 
  27  #the dictionaries directly to variables is to work around a JVM 
  28  #limitation on code size if running under Jython. The temp functions 
  29  #have an underscore to indicate they are private, and are in any case 
  30  #deleted after use (partly to ensure we don't use any of them twice). 
  31   
  32   
  33  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/benner6.cmp 
34 -def _temp():
35 return { 36 ('W', 'F') : -1.6, ('L', 'R') : -3.2, ('I', 'I') : 4.4, ('Q', 'Q') : 5.3, 37 ('W', 'N') : -4.4, ('V', 'I') : 3.9, ('H', 'T') : -1.7, ('H', 'P') : -0.4, 38 ('W', 'V') : -4.8, ('Q', 'E') : 2.1, ('W', 'R') : 2.0, ('Q', 'A') : -1.7, 39 ('H', 'H') : 6.1, ('H', 'D') : 0.1, ('L', 'N') : -3.4, ('Y', 'M') : -3.6, 40 ('Y', 'I') : -3.3, ('Y', 'E') : -4.1, ('E', 'S') : -1.2, ('Y', 'A') : -4.0, 41 ('Y', 'Y') : 9.5, ('T', 'C') : -1.5, ('E', 'C') : -4.7, ('Y', 'Q') : -1.4, 42 ('E', 'G') : 0.5, ('V', 'A') : 0.7, ('C', 'C') : 12.1, ('M', 'R') : -3.0, 43 ('P', 'T') : 0.6, ('V', 'E') : -3.0, ('P', 'P') : 6.5, ('I', 'T') : 0.7, 44 ('K', 'S') : -1.2, ('R', 'G') : -0.1, ('I', 'P') : -2.0, ('R', 'C') : -0.4, 45 ('A', 'T') : 1.7, ('K', 'K') : 5.6, ('A', 'P') : 1.1, ('V', 'M') : 3.3, 46 ('I', 'D') : -4.2, ('K', 'C') : -2.8, ('K', 'G') : -1.4, ('R', 'S') : -0.9, 47 ('F', 'Q') : -4.4, ('F', 'A') : -3.2, ('V', 'V') : 4.0, ('M', 'N') : -2.5, 48 ('F', 'E') : -6.7, ('D', 'N') : 2.5, ('F', 'I') : 0.0, ('F', 'M') : -0.1, 49 ('M', 'S') : -1.3, ('S', 'S') : 2.1, ('L', 'Q') : -2.4, ('W', 'E') : -5.6, 50 ('W', 'A') : -4.3, ('W', 'M') : -4.4, ('H', 'S') : -0.9, ('W', 'I') : -5.0, 51 ('S', 'C') : 0.9, ('L', 'A') : -1.3, ('L', 'E') : -5.0, ('W', 'Q') : -2.6, 52 ('H', 'G') : -2.1, ('Q', 'N') : 0.1, ('H', 'C') : -1.2, ('L', 'M') : -2.9, 53 ('W', 'Y') : -0.3, ('Y', 'N') : -0.9, ('E', 'P') : -2.6, ('Y', 'F') : 5.6, 54 ('E', 'T') : -1.6, ('A', 'A') : 2.5, ('I', 'N') : -2.5, ('G', 'A') : 0.8, 55 ('Y', 'V') : -3.8, ('E', 'D') : 4.4, ('W', 'H') : -2.8, ('Y', 'R') : -2.6, 56 ('M', 'Q') : -3.1, ('P', 'S') : 1.4, ('R', 'H') : 1.8, ('A', 'C') : -1.7, 57 ('R', 'D') : -1.5, ('K', 'P') : -2.3, ('L', 'D') : -5.3, ('K', 'T') : -1.1, 58 ('V', 'N') : -2.4, ('M', 'A') : -0.2, ('K', 'H') : 0.9, ('V', 'R') : -3.7, 59 ('P', 'C') : -2.7, ('M', 'E') : -4.1, ('A', 'S') : 1.4, ('T', 'T') : 2.4, 60 ('R', 'T') : -1.3, ('I', 'G') : -3.4, ('R', 'P') : -1.3, ('K', 'D') : -0.2, 61 ('I', 'C') : -3.6, ('F', 'R') : -4.9, ('F', 'V') : -0.5, ('L', 'C') : -3.8, 62 ('F', 'F') : 8.3, ('D', 'A') : -0.6, ('F', 'N') : -3.5, ('W', 'D') : -6.3, 63 ('L', 'P') : -0.2, ('Q', 'S') : -1.4, ('N', 'C') : -1.6, ('N', 'G') : -0.1, 64 ('H', 'N') : 1.4, ('W', 'T') : -2.6, ('Q', 'G') : -1.6, ('W', 'P') : -4.8, 65 ('Q', 'C') : -3.2, ('N', 'S') : 1.2, ('L', 'H') : -2.2, ('L', 'L') : 4.8, 66 ('G', 'T') : -0.5, ('M', 'M') : 4.8, ('G', 'P') : -1.7, ('Y', 'K') : -4.0, 67 ('Y', 'G') : -4.9, ('Y', 'C') : 2.6, ('E', 'A') : -0.7, ('E', 'E') : 5.2, 68 ('Y', 'S') : -1.8, ('M', 'P') : -1.8, ('V', 'C') : -3.1, ('M', 'T') : 0.6, 69 ('V', 'G') : -2.3, ('R', 'E') : -0.4, ('V', 'K') : -3.8, ('K', 'Q') : 2.5, 70 ('R', 'A') : -1.7, ('I', 'R') : -3.8, ('N', 'A') : 0.0, ('V', 'S') : -0.9, 71 ('M', 'D') : -4.3, ('M', 'H') : -3.4, ('K', 'A') : -1.9, ('R', 'Q') : 2.5, 72 ('K', 'E') : 0.9, ('F', 'S') : -1.8, ('I', 'K') : -3.8, ('D', 'P') : -2.8, 73 ('D', 'T') : -1.2, ('I', 'M') : 4.0, ('F', 'C') : -0.1, ('W', 'L') : -3.0, 74 ('F', 'G') : -5.7, ('F', 'K') : -6.3, ('F', 'T') : -2.4, ('D', 'D') : 5.2, 75 ('Q', 'T') : -1.7, ('W', 'G') : -1.7, ('Q', 'P') : 0.1, ('W', 'C') : 1.6, 76 ('W', 'K') : -1.4, ('H', 'Q') : 3.2, ('Q', 'D') : 0.6, ('W', 'W') : 14.7, 77 ('V', 'L') : 1.9, ('L', 'G') : -4.6, ('W', 'S') : -2.9, ('L', 'K') : -4.1, 78 ('N', 'P') : -1.1, ('H', 'E') : -0.2, ('N', 'T') : 0.5, ('H', 'A') : -2.1, 79 ('Y', 'L') : -1.6, ('Y', 'H') : 4.4, ('G', 'S') : 0.8, ('Y', 'D') : -2.3, 80 ('V', 'Q') : -3.5, ('L', 'T') : -0.4, ('G', 'G') : 5.8, ('G', 'C') : -1.3, 81 ('E', 'N') : 1.1, ('Y', 'T') : -3.4, ('Y', 'P') : -3.8, ('R', 'N') : -0.1, 82 ('V', 'D') : -3.3, ('K', 'R') : 4.3, ('V', 'H') : -3.8, ('I', 'Q') : -3.8, 83 ('V', 'P') : -1.6, ('M', 'C') : -3.7, ('K', 'N') : 1.0, ('V', 'T') : 0.6, 84 ('M', 'G') : -3.7, ('T', 'S') : 1.5, ('I', 'E') : -4.1, ('M', 'K') : -2.9, 85 ('I', 'A') : 0.1, ('N', 'N') : 3.6, ('R', 'R') : 5.1, ('F', 'P') : -3.2, 86 ('L', 'I') : 2.4, ('I', 'S') : -1.2, ('D', 'S') : -0.4, ('L', 'S') : -1.5, 87 ('I', 'H') : -3.7, ('F', 'D') : -5.7, ('D', 'C') : -3.7, ('F', 'H') : 0.1, 88 ('D', 'G') : 0.8, ('F', 'L') : 2.4 89 }
90 benner6 = _temp() 91 92 93 # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/benner22.cmp
94 -def _temp():
95 return { 96 ('W', 'F') : 0.5, ('L', 'R') : -2.9, ('I', 'I') : 4.2, ('Q', 'Q') : 4.2, 97 ('W', 'N') : -5.2, ('V', 'I') : 3.6, ('H', 'T') : -1.1, ('H', 'P') : -0.4, 98 ('W', 'V') : -4.5, ('Q', 'E') : 1.7, ('W', 'R') : -1.1, ('Q', 'A') : -0.9, 99 ('H', 'H') : 6.1, ('H', 'D') : 0.3, ('L', 'N') : -3.5, ('Y', 'M') : -1.8, 100 ('Y', 'I') : -2.2, ('Y', 'E') : -4.0, ('E', 'S') : -0.5, ('Y', 'A') : -3.5, 101 ('Y', 'Y') : 9.0, ('T', 'C') : -1.1, ('E', 'C') : -4.3, ('Y', 'Q') : -1.9, 102 ('E', 'G') : 0.5, ('V', 'A') : 0.4, ('C', 'C') : 12.6, ('M', 'R') : -2.1, 103 ('P', 'T') : 0.4, ('V', 'E') : -2.7, ('P', 'P') : 7.0, ('I', 'T') : 0.3, 104 ('K', 'S') : -0.4, ('R', 'G') : -0.7, ('I', 'P') : -2.3, ('R', 'C') : -1.6, 105 ('A', 'T') : 1.4, ('K', 'K') : 4.4, ('A', 'P') : 0.8, ('V', 'M') : 2.5, 106 ('I', 'D') : -4.0, ('K', 'C') : -3.3, ('K', 'G') : -1.0, ('R', 'S') : -0.5, 107 ('F', 'Q') : -3.6, ('F', 'A') : -3.1, ('V', 'V') : 3.7, ('M', 'N') : -2.6, 108 ('F', 'E') : -5.7, ('D', 'N') : 2.4, ('F', 'I') : 0.5, ('F', 'M') : 0.7, 109 ('M', 'S') : -1.5, ('S', 'S') : 2.0, ('L', 'Q') : -2.0, ('W', 'E') : -6.3, 110 ('W', 'A') : -5.5, ('W', 'M') : -2.8, ('H', 'S') : -0.5, ('W', 'I') : -4.4, 111 ('S', 'C') : 0.3, ('L', 'A') : -1.7, ('L', 'E') : -4.4, ('W', 'Q') : -3.3, 112 ('H', 'G') : -2.0, ('Q', 'N') : 0.5, ('H', 'C') : -1.5, ('L', 'M') : 3.2, 113 ('W', 'Y') : 1.5, ('Y', 'N') : -1.2, ('E', 'P') : -1.7, ('Y', 'F') : 5.9, 114 ('E', 'T') : -0.9, ('A', 'A') : 2.5, ('I', 'N') : -2.7, ('G', 'A') : 0.8, 115 ('Y', 'V') : -2.6, ('E', 'D') : 3.9, ('W', 'H') : -2.7, ('Y', 'R') : -2.7, 116 ('M', 'Q') : -1.7, ('P', 'S') : 1.1, ('R', 'H') : 1.5, ('A', 'C') : -1.2, 117 ('R', 'D') : -1.0, ('K', 'P') : -1.6, ('L', 'D') : -4.9, ('K', 'T') : -0.4, 118 ('V', 'N') : -2.3, ('M', 'A') : -0.8, ('K', 'H') : 0.8, ('V', 'R') : -2.9, 119 ('P', 'C') : -3.1, ('M', 'E') : -3.4, ('A', 'S') : 1.3, ('T', 'T') : 2.5, 120 ('R', 'T') : -0.7, ('I', 'G') : -3.8, ('R', 'P') : -1.2, ('K', 'D') : 0.2, 121 ('I', 'C') : -2.4, ('F', 'R') : -4.3, ('F', 'V') : -0.1, ('L', 'C') : -2.6, 122 ('F', 'F') : 7.7, ('D', 'A') : -0.2, ('F', 'N') : -3.5, ('W', 'D') : -6.4, 123 ('L', 'P') : -1.3, ('Q', 'S') : -0.6, ('N', 'C') : -1.9, ('N', 'G') : 0.4, 124 ('H', 'N') : 1.4, ('W', 'T') : -4.5, ('Q', 'G') : -1.4, ('W', 'P') : -5.8, 125 ('Q', 'C') : -3.3, ('N', 'S') : 1.1, ('L', 'H') : -2.1, ('L', 'L') : 4.6, 126 ('G', 'T') : -0.7, ('M', 'M') : 4.9, ('G', 'P') : -1.8, ('Y', 'K') : -3.6, 127 ('Y', 'G') : -4.8, ('Y', 'C') : 0.6, ('E', 'A') : -0.3, ('E', 'E') : 4.6, 128 ('Y', 'S') : -1.9, ('M', 'P') : -2.0, ('V', 'C') : -1.7, ('M', 'T') : 0.1, 129 ('V', 'G') : -2.5, ('R', 'E') : -0.1, ('V', 'K') : -2.7, ('K', 'Q') : 2.2, 130 ('R', 'A') : -1.2, ('I', 'R') : -3.2, ('N', 'A') : 0.0, ('V', 'S') : -0.9, 131 ('M', 'D') : -3.9, ('M', 'H') : -2.4, ('K', 'A') : -1.0, ('R', 'Q') : 2.2, 132 ('K', 'E') : 1.0, ('F', 'S') : -2.2, ('I', 'K') : -3.0, ('D', 'P') : -1.8, 133 ('D', 'T') : -0.7, ('I', 'M') : 3.1, ('F', 'C') : -0.1, ('W', 'L') : -1.8, 134 ('F', 'G') : -5.8, ('F', 'K') : -5.1, ('F', 'T') : -2.6, ('D', 'D') : 4.8, 135 ('Q', 'T') : -0.7, ('W', 'G') : -4.5, ('Q', 'P') : -0.1, ('W', 'C') : 0.5, 136 ('W', 'K') : -3.7, ('H', 'Q') : 2.4, ('Q', 'D') : 0.6, ('W', 'W') : 15.7, 137 ('V', 'L') : 2.0, ('L', 'G') : -4.9, ('W', 'S') : -3.9, ('L', 'K') : -3.3, 138 ('N', 'P') : -1.1, ('H', 'E') : -0.2, ('N', 'T') : 0.5, ('H', 'A') : -1.6, 139 ('Y', 'L') : -0.7, ('Y', 'H') : 3.7, ('G', 'S') : 0.6, ('Y', 'D') : -3.0, 140 ('V', 'Q') : -2.4, ('L', 'T') : -1.0, ('G', 'G') : 6.2, ('G', 'C') : -1.7, 141 ('E', 'N') : 1.2, ('Y', 'T') : -3.0, ('Y', 'P') : -3.5, ('R', 'N') : 0.4, 142 ('V', 'D') : -3.0, ('K', 'R') : 3.9, ('V', 'H') : -3.0, ('I', 'Q') : -2.7, 143 ('V', 'P') : -1.7, ('M', 'C') : -2.5, ('K', 'N') : 1.0, ('V', 'T') : 0.4, 144 ('M', 'G') : -3.8, ('T', 'S') : 1.5, ('I', 'E') : -3.6, ('M', 'K') : -2.0, 145 ('I', 'A') : -0.4, ('N', 'N') : 3.3, ('R', 'R') : 5.0, ('F', 'P') : -3.4, 146 ('L', 'I') : 2.7, ('I', 'S') : -1.4, ('D', 'S') : 0.1, ('L', 'S') : -2.1, 147 ('I', 'H') : -3.2, ('F', 'D') : -5.4, ('D', 'C') : -3.7, ('F', 'H') : 0.3, 148 ('D', 'G') : 0.7, ('F', 'L') : 2.2 149 }
150 benner22 = _temp() 151 del _temp 152 assert benner6 != benner22 153 154 155 # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/benner74.cmp
156 -def _temp():
157 return { 158 ('W', 'F') : 3.0, ('L', 'R') : -2.4, ('I', 'I') : 4.0, ('Q', 'Q') : 3.0, 159 ('W', 'N') : -4.0, ('V', 'I') : 3.2, ('H', 'T') : -0.5, ('H', 'P') : -1.0, 160 ('W', 'V') : -2.9, ('Q', 'E') : 1.7, ('W', 'R') : -1.6, ('Q', 'A') : -0.3, 161 ('H', 'H') : 6.1, ('H', 'D') : 0.4, ('L', 'N') : -3.1, ('Y', 'M') : -0.5, 162 ('Y', 'I') : -1.0, ('Y', 'E') : -3.0, ('E', 'S') : 0.1, ('Y', 'A') : -2.6, 163 ('Y', 'Y') : 8.1, ('T', 'C') : -0.6, ('E', 'C') : -3.2, ('Y', 'Q') : -1.8, 164 ('E', 'G') : -0.5, ('V', 'A') : 0.1, ('C', 'C') : 11.8, ('M', 'R') : -1.8, 165 ('P', 'T') : 0.1, ('V', 'E') : -2.1, ('P', 'P') : 7.5, ('I', 'T') : -0.3, 166 ('K', 'S') : 0.0, ('R', 'G') : -1.0, ('I', 'P') : -2.6, ('R', 'C') : -2.2, 167 ('A', 'T') : 0.7, ('K', 'K') : 3.4, ('A', 'P') : 0.4, ('V', 'M') : 1.8, 168 ('I', 'D') : -3.9, ('K', 'C') : -2.9, ('K', 'G') : -1.1, ('R', 'S') : -0.2, 169 ('F', 'Q') : -2.8, ('F', 'A') : -2.6, ('V', 'V') : 3.4, ('M', 'N') : -2.2, 170 ('F', 'E') : -4.3, ('D', 'N') : 2.2, ('F', 'I') : 0.9, ('F', 'M') : 1.3, 171 ('M', 'S') : -1.4, ('S', 'S') : 2.1, ('L', 'Q') : -1.7, ('W', 'E') : -4.7, 172 ('W', 'A') : -4.1, ('W', 'M') : -1.3, ('H', 'S') : -0.3, ('W', 'I') : -2.3, 173 ('S', 'C') : 0.1, ('L', 'A') : -1.4, ('L', 'E') : -3.1, ('W', 'Q') : -2.8, 174 ('H', 'G') : -1.6, ('Q', 'N') : 0.7, ('H', 'C') : -1.3, ('L', 'M') : 2.9, 175 ('W', 'Y') : 3.6, ('Y', 'N') : -1.4, ('E', 'P') : -0.7, ('Y', 'F') : 5.3, 176 ('E', 'T') : -0.2, ('A', 'A') : 2.4, ('I', 'N') : -2.8, ('G', 'A') : 0.6, 177 ('Y', 'V') : -1.4, ('E', 'D') : 2.9, ('W', 'H') : -1.0, ('Y', 'R') : -2.0, 178 ('M', 'Q') : -1.0, ('P', 'S') : 0.5, ('R', 'H') : 1.0, ('A', 'C') : 0.3, 179 ('R', 'D') : -0.5, ('K', 'P') : -0.8, ('L', 'D') : -4.2, ('K', 'T') : 0.1, 180 ('V', 'N') : -2.2, ('M', 'A') : -0.8, ('K', 'H') : 0.6, ('V', 'R') : -2.2, 181 ('P', 'C') : -3.1, ('M', 'E') : -2.2, ('A', 'S') : 1.1, ('T', 'T') : 2.5, 182 ('R', 'T') : -0.3, ('I', 'G') : -4.3, ('R', 'P') : -0.1, ('K', 'D') : 0.4, 183 ('I', 'C') : -1.2, ('F', 'R') : -3.5, ('F', 'V') : 0.1, ('L', 'C') : -1.6, 184 ('F', 'F') : 7.2, ('D', 'A') : -0.3, ('F', 'N') : -3.2, ('W', 'D') : -5.5, 185 ('L', 'P') : -2.2, ('Q', 'S') : 0.1, ('N', 'C') : -1.8, ('N', 'G') : 0.4, 186 ('H', 'N') : 1.2, ('W', 'T') : -3.7, ('Q', 'G') : -1.1, ('W', 'P') : -5.2, 187 ('Q', 'C') : -2.6, ('N', 'S') : 0.9, ('L', 'H') : -1.9, ('L', 'L') : 4.2, 188 ('G', 'T') : -1.0, ('M', 'M') : 4.5, ('G', 'P') : -1.7, ('Y', 'K') : -2.4, 189 ('Y', 'G') : -4.3, ('Y', 'C') : -0.4, ('E', 'A') : -0.1, ('E', 'E') : 3.7, 190 ('Y', 'S') : -1.9, ('M', 'P') : -2.4, ('V', 'C') : -0.2, ('M', 'T') : -0.4, 191 ('V', 'G') : -3.1, ('R', 'E') : 0.3, ('V', 'K') : -1.9, ('K', 'Q') : 1.7, 192 ('R', 'A') : -0.8, ('I', 'R') : -2.6, ('N', 'A') : -0.2, ('V', 'S') : -1.0, 193 ('M', 'D') : -3.2, ('M', 'H') : -1.5, ('K', 'A') : -0.4, ('R', 'Q') : 1.6, 194 ('K', 'E') : 1.2, ('F', 'S') : -2.6, ('I', 'K') : -2.3, ('D', 'P') : -1.0, 195 ('D', 'T') : -0.2, ('I', 'M') : 2.6, ('F', 'C') : -0.7, ('W', 'L') : -0.9, 196 ('F', 'G') : -5.4, ('F', 'K') : -3.6, ('F', 'T') : -2.2, ('D', 'D') : 4.8, 197 ('Q', 'T') : -0.1, ('W', 'G') : -4.1, ('Q', 'P') : -0.2, ('W', 'C') : -0.9, 198 ('W', 'K') : -3.6, ('H', 'Q') : 1.4, ('Q', 'D') : 0.8, ('W', 'W') : 14.7, 199 ('V', 'L') : 1.9, ('L', 'G') : -4.6, ('W', 'S') : -3.4, ('L', 'K') : -2.4, 200 ('N', 'P') : -1.0, ('H', 'E') : 0.2, ('N', 'T') : 0.4, ('H', 'A') : -1.0, 201 ('Y', 'L') : -0.1, ('Y', 'H') : 2.5, ('G', 'S') : 0.4, ('Y', 'D') : -2.8, 202 ('V', 'Q') : -1.7, ('L', 'T') : -1.1, ('G', 'G') : 6.6, ('G', 'C') : -2.0, 203 ('E', 'N') : 1.0, ('Y', 'T') : -2.1, ('Y', 'P') : -3.4, ('R', 'N') : 0.3, 204 ('V', 'D') : -2.9, ('K', 'R') : 2.9, ('V', 'H') : -2.1, ('I', 'Q') : -2.0, 205 ('V', 'P') : -1.9, ('M', 'C') : -1.2, ('K', 'N') : 0.9, ('V', 'T') : 0.2, 206 ('M', 'G') : -3.5, ('T', 'S') : 1.4, ('I', 'E') : -2.9, ('M', 'K') : -1.5, 207 ('I', 'A') : -0.8, ('N', 'N') : 3.6, ('R', 'R') : 4.8, ('F', 'P') : -3.8, 208 ('L', 'I') : 2.8, ('I', 'S') : -1.8, ('D', 'S') : 0.4, ('L', 'S') : -2.2, 209 ('I', 'H') : -2.3, ('F', 'D') : -4.7, ('D', 'C') : -3.2, ('F', 'H') : 0.0, 210 ('D', 'G') : 0.2, ('F', 'L') : 2.1 211 }
212 benner74 = _temp() 213 del _temp 214 215 216 # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum100.cmp
217 -def _temp():
218 return { 219 ('W', 'F') : 0, ('L', 'R') : -4, ('S', 'P') : -2, ('V', 'T') : -1, 220 ('Q', 'Q') : 7, ('N', 'A') : -2, ('Z', 'Y') : -4, ('W', 'R') : -4, 221 ('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : -1, ('H', 'H') : 9, ('S', 'H') : -2, 222 ('H', 'D') : -2, ('L', 'N') : -5, ('W', 'A') : -4, ('Y', 'M') : -3, 223 ('G', 'R') : -4, ('Y', 'I') : -3, ('Y', 'E') : -4, ('B', 'Y') : -4, 224 ('Y', 'A') : -4, ('V', 'D') : -5, ('B', 'S') : -1, ('Y', 'Y') : 8, 225 ('G', 'N') : -2, ('E', 'C') : -6, ('Y', 'Q') : -3, ('Z', 'Z') : 4, 226 ('V', 'A') : -1, ('C', 'C') : 9, ('M', 'R') : -2, ('V', 'E') : -3, 227 ('T', 'N') : -1, ('P', 'P') : 8, ('V', 'I') : 2, ('V', 'S') : -3, 228 ('Z', 'P') : -3, ('V', 'M') : 0, ('T', 'F') : -3, ('V', 'Q') : -3, 229 ('K', 'K') : 6, ('P', 'D') : -3, ('I', 'H') : -5, ('I', 'D') : -6, 230 ('T', 'R') : -2, ('P', 'L') : -4, ('K', 'G') : -3, ('M', 'N') : -4, 231 ('P', 'H') : -3, ('F', 'Q') : -4, ('Z', 'G') : -4, ('X', 'L') : -2, 232 ('T', 'M') : -2, ('Z', 'C') : -6, ('X', 'H') : -2, ('D', 'R') : -3, 233 ('B', 'W') : -6, ('X', 'D') : -3, ('Z', 'K') : 0, ('F', 'A') : -4, 234 ('Z', 'W') : -4, ('F', 'E') : -5, ('D', 'N') : 1, ('B', 'K') : -1, 235 ('X', 'X') : -2, ('F', 'I') : -1, ('B', 'G') : -2, ('X', 'T') : -1, 236 ('F', 'M') : -1, ('B', 'C') : -5, ('Z', 'I') : -4, ('Z', 'V') : -3, 237 ('S', 'S') : 6, ('L', 'Q') : -3, ('W', 'E') : -5, ('Q', 'R') : 0, 238 ('N', 'N') : 7, ('W', 'M') : -3, ('Q', 'C') : -5, ('W', 'I') : -4, 239 ('S', 'C') : -2, ('L', 'A') : -3, ('S', 'G') : -1, ('L', 'E') : -5, 240 ('W', 'Q') : -3, ('H', 'G') : -4, ('S', 'K') : -1, ('Q', 'N') : -1, 241 ('N', 'R') : -1, ('H', 'C') : -5, ('Y', 'N') : -3, ('G', 'Q') : -3, 242 ('Y', 'F') : 3, ('C', 'A') : -1, ('V', 'L') : 0, ('G', 'E') : -4, 243 ('G', 'A') : -1, ('K', 'R') : 2, ('E', 'D') : 1, ('Y', 'R') : -3, 244 ('M', 'Q') : -1, ('T', 'I') : -2, ('C', 'D') : -5, ('V', 'F') : -2, 245 ('T', 'A') : -1, ('T', 'P') : -3, ('B', 'P') : -3, ('T', 'E') : -2, 246 ('V', 'N') : -4, ('P', 'G') : -4, ('M', 'A') : -2, ('K', 'H') : -2, 247 ('V', 'R') : -4, ('P', 'C') : -5, ('M', 'E') : -4, ('K', 'L') : -4, 248 ('V', 'V') : 5, ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : -2, ('I', 'G') : -6, 249 ('P', 'K') : -2, ('M', 'M') : 8, ('K', 'D') : -2, ('I', 'C') : -2, 250 ('Z', 'D') : 0, ('F', 'R') : -4, ('X', 'K') : -2, ('Q', 'D') : -2, 251 ('X', 'G') : -3, ('Z', 'L') : -4, ('X', 'C') : -3, ('Z', 'H') : -1, 252 ('B', 'L') : -5, ('B', 'H') : -1, ('F', 'F') : 7, ('X', 'W') : -4, 253 ('B', 'D') : 4, ('D', 'A') : -3, ('S', 'L') : -4, ('X', 'S') : -1, 254 ('F', 'N') : -5, ('S', 'R') : -2, ('W', 'D') : -7, ('V', 'Y') : -3, 255 ('W', 'L') : -4, ('H', 'R') : -1, ('W', 'H') : -3, ('H', 'N') : 0, 256 ('W', 'T') : -5, ('T', 'T') : 6, ('S', 'F') : -3, ('W', 'P') : -6, 257 ('L', 'D') : -6, ('B', 'I') : -5, ('L', 'H') : -4, ('S', 'N') : 0, 258 ('B', 'T') : -2, ('L', 'L') : 5, ('Y', 'K') : -4, ('E', 'Q') : 1, 259 ('Y', 'G') : -6, ('Z', 'S') : -1, ('Y', 'C') : -4, ('G', 'D') : -3, 260 ('B', 'V') : -5, ('E', 'A') : -2, ('Y', 'W') : 1, ('E', 'E') : 6, 261 ('Y', 'S') : -3, ('C', 'N') : -4, ('V', 'C') : -2, ('T', 'H') : -3, 262 ('P', 'R') : -3, ('V', 'G') : -5, ('T', 'L') : -3, ('V', 'K') : -4, 263 ('K', 'Q') : 1, ('R', 'A') : -2, ('I', 'R') : -4, ('T', 'D') : -2, 264 ('P', 'F') : -5, ('I', 'N') : -5, ('K', 'I') : -4, ('M', 'D') : -5, 265 ('V', 'W') : -4, ('W', 'W') : 11, ('M', 'H') : -3, ('P', 'N') : -4, 266 ('K', 'A') : -2, ('M', 'L') : 2, ('K', 'E') : 0, ('Z', 'E') : 5, 267 ('X', 'N') : -2, ('Z', 'A') : -2, ('Z', 'M') : -3, ('X', 'F') : -3, 268 ('K', 'C') : -5, ('B', 'Q') : -1, ('X', 'B') : -2, ('B', 'M') : -4, 269 ('F', 'C') : -3, ('Z', 'Q') : 3, ('X', 'Z') : -2, ('F', 'G') : -5, 270 ('B', 'E') : 0, ('X', 'V') : -2, ('F', 'K') : -4, ('B', 'A') : -3, 271 ('X', 'R') : -2, ('D', 'D') : 7, ('W', 'G') : -5, ('Z', 'F') : -5, 272 ('S', 'Q') : -1, ('W', 'C') : -5, ('W', 'K') : -5, ('H', 'Q') : 0, 273 ('L', 'C') : -3, ('W', 'N') : -6, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -5, 274 ('W', 'S') : -4, ('S', 'E') : -1, ('H', 'E') : -1, ('S', 'I') : -4, 275 ('H', 'A') : -3, ('S', 'M') : -3, ('Y', 'L') : -3, ('Y', 'H') : 1, 276 ('Y', 'D') : -5, ('E', 'R') : -2, ('X', 'P') : -3, ('G', 'G') : 6, 277 ('G', 'C') : -5, ('E', 'N') : -1, ('Y', 'T') : -3, ('Y', 'P') : -5, 278 ('T', 'K') : -2, ('A', 'A') : 5, ('P', 'Q') : -2, ('T', 'C') : -2, 279 ('V', 'H') : -5, ('T', 'G') : -3, ('I', 'Q') : -4, ('Z', 'T') : -2, 280 ('C', 'R') : -5, ('V', 'P') : -4, ('P', 'E') : -3, ('M', 'C') : -3, 281 ('K', 'N') : -1, ('I', 'I') : 5, ('P', 'A') : -1, ('M', 'G') : -5, 282 ('T', 'S') : 1, ('I', 'E') : -5, ('P', 'M') : -4, ('M', 'K') : -2, 283 ('I', 'A') : -3, ('P', 'I') : -4, ('R', 'R') : 7, ('X', 'M') : -2, 284 ('L', 'I') : 1, ('X', 'I') : -2, ('Z', 'B') : 1, ('X', 'E') : -2, 285 ('Z', 'N') : -1, ('X', 'A') : -1, ('B', 'R') : -2, ('B', 'N') : 4, 286 ('F', 'D') : -5, ('X', 'Y') : -3, ('Z', 'R') : -1, ('F', 'H') : -2, 287 ('B', 'F') : -5, ('F', 'L') : 0, ('X', 'Q') : -2, ('B', 'B') : 4 288 }
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