Source Code for Module Bio.SubsMat.MatrixInfo

   1  """ 
   2  A whole bunch of substitution matrices for use in alignments, etc. 
   3   
   4  The info on this page was obtained from: 
   5      http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/mlist1.html 
   6  and was extracted using the code in 'get_matrices.py.' 
   7  """ 
   8  # a list of all available substitution matrices 
   9  available_matrices = ['benner6', 'benner22', 'benner74', 'blosum100', 
  10                        'blosum30', 'blosum35', 'blosum40', 'blosum45', 
  11                        'blosum50', 'blosum55', 'blosum60', 'blosum62', 
  12                        'blosum65', 'blosum70', 'blosum75', 'blosum80', 
  13                        'blosum85', 'blosum90', 'blosum95', 'feng', 
  14                        'fitch', 'genetic', 'gonnet', 'grant', 
  15                        'ident', 'johnson', 'levin', 'mclach', 
  16                        'miyata', 'nwsgappep', 'pam120', 'pam180', 
  17                        'pam250', 'pam30', 'pam300', 'pam60', 
  18                        'pam90', 'rao', 'risler', 'structure' 
  19                       ] 
  20   
  21  #NOTE - The only reason we define temp functions rather than assigning 
  22  #the dictionaries directly to variables is to work around a JVM 
  23  #limitation on code size if running under Jython. The temp functions 
  24  #have an underscore to indicate they are private, and are in any case 
  25  #deleted after use (partly to ensure we don't use any of them twice). 
  26   
  27   
  28  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/benner6.cmp 
  29 -def _temp(): 
  30      return { 
  31  ('W', 'F') : -1.6, ('L', 'R') : -3.2, ('I', 'I') : 4.4, ('Q', 'Q') : 5.3, 
  32  ('W', 'N') : -4.4, ('V', 'I') : 3.9, ('H', 'T') : -1.7, ('H', 'P') : -0.4, 
  33  ('W', 'V') : -4.8, ('Q', 'E') : 2.1, ('W', 'R') : 2.0, ('Q', 'A') : -1.7, 
  34  ('H', 'H') : 6.1, ('H', 'D') : 0.1, ('L', 'N') : -3.4, ('Y', 'M') : -3.6, 
  35  ('Y', 'I') : -3.3, ('Y', 'E') : -4.1, ('E', 'S') : -1.2, ('Y', 'A') : -4.0, 
  36  ('Y', 'Y') : 9.5, ('T', 'C') : -1.5, ('E', 'C') : -4.7, ('Y', 'Q') : -1.4, 
  37  ('E', 'G') : 0.5, ('V', 'A') : 0.7, ('C', 'C') : 12.1, ('M', 'R') : -3.0, 
  38  ('P', 'T') : 0.6, ('V', 'E') : -3.0, ('P', 'P') : 6.5, ('I', 'T') : 0.7, 
  39  ('K', 'S') : -1.2, ('R', 'G') : -0.1, ('I', 'P') : -2.0, ('R', 'C') : -0.4, 
  40  ('A', 'T') : 1.7, ('K', 'K') : 5.6, ('A', 'P') : 1.1, ('V', 'M') : 3.3, 
  41  ('I', 'D') : -4.2, ('K', 'C') : -2.8, ('K', 'G') : -1.4, ('R', 'S') : -0.9, 
  42  ('F', 'Q') : -4.4, ('F', 'A') : -3.2, ('V', 'V') : 4.0, ('M', 'N') : -2.5, 
  43  ('F', 'E') : -6.7, ('D', 'N') : 2.5, ('F', 'I') : 0.0, ('F', 'M') : -0.1, 
  44  ('M', 'S') : -1.3, ('S', 'S') : 2.1, ('L', 'Q') : -2.4, ('W', 'E') : -5.6, 
  45  ('W', 'A') : -4.3, ('W', 'M') : -4.4, ('H', 'S') : -0.9, ('W', 'I') : -5.0, 
  46  ('S', 'C') : 0.9, ('L', 'A') : -1.3, ('L', 'E') : -5.0, ('W', 'Q') : -2.6, 
  47  ('H', 'G') : -2.1, ('Q', 'N') : 0.1, ('H', 'C') : -1.2, ('L', 'M') : -2.9, 
  48  ('W', 'Y') : -0.3, ('Y', 'N') : -0.9, ('E', 'P') : -2.6, ('Y', 'F') : 5.6, 
  49  ('E', 'T') : -1.6, ('A', 'A') : 2.5, ('I', 'N') : -2.5, ('G', 'A') : 0.8, 
  50  ('Y', 'V') : -3.8, ('E', 'D') : 4.4, ('W', 'H') : -2.8, ('Y', 'R') : -2.6, 
  51  ('M', 'Q') : -3.1, ('P', 'S') : 1.4, ('R', 'H') : 1.8, ('A', 'C') : -1.7, 
  52  ('R', 'D') : -1.5, ('K', 'P') : -2.3, ('L', 'D') : -5.3, ('K', 'T') : -1.1, 
  53  ('V', 'N') : -2.4, ('M', 'A') : -0.2, ('K', 'H') : 0.9, ('V', 'R') : -3.7, 
  54  ('P', 'C') : -2.7, ('M', 'E') : -4.1, ('A', 'S') : 1.4, ('T', 'T') : 2.4, 
  55  ('R', 'T') : -1.3, ('I', 'G') : -3.4, ('R', 'P') : -1.3, ('K', 'D') : -0.2, 
  56  ('I', 'C') : -3.6, ('F', 'R') : -4.9, ('F', 'V') : -0.5, ('L', 'C') : -3.8, 
  57  ('F', 'F') : 8.3, ('D', 'A') : -0.6, ('F', 'N') : -3.5, ('W', 'D') : -6.3, 
  58  ('L', 'P') : -0.2, ('Q', 'S') : -1.4, ('N', 'C') : -1.6, ('N', 'G') : -0.1, 
  59  ('H', 'N') : 1.4, ('W', 'T') : -2.6, ('Q', 'G') : -1.6, ('W', 'P') : -4.8, 
  60  ('Q', 'C') : -3.2, ('N', 'S') : 1.2, ('L', 'H') : -2.2, ('L', 'L') : 4.8, 
  61  ('G', 'T') : -0.5, ('M', 'M') : 4.8, ('G', 'P') : -1.7, ('Y', 'K') : -4.0, 
  62  ('Y', 'G') : -4.9, ('Y', 'C') : 2.6, ('E', 'A') : -0.7, ('E', 'E') : 5.2, 
  63  ('Y', 'S') : -1.8, ('M', 'P') : -1.8, ('V', 'C') : -3.1, ('M', 'T') : 0.6, 
  64  ('V', 'G') : -2.3, ('R', 'E') : -0.4, ('V', 'K') : -3.8, ('K', 'Q') : 2.5, 
  65  ('R', 'A') : -1.7, ('I', 'R') : -3.8, ('N', 'A') : 0.0, ('V', 'S') : -0.9, 
  66  ('M', 'D') : -4.3, ('M', 'H') : -3.4, ('K', 'A') : -1.9, ('R', 'Q') : 2.5, 
  67  ('K', 'E') : 0.9, ('F', 'S') : -1.8, ('I', 'K') : -3.8, ('D', 'P') : -2.8, 
  68  ('D', 'T') : -1.2, ('I', 'M') : 4.0, ('F', 'C') : -0.1, ('W', 'L') : -3.0, 
  69  ('F', 'G') : -5.7, ('F', 'K') : -6.3, ('F', 'T') : -2.4, ('D', 'D') : 5.2, 
  70  ('Q', 'T') : -1.7, ('W', 'G') : -1.7, ('Q', 'P') : 0.1, ('W', 'C') : 1.6, 
  71  ('W', 'K') : -1.4, ('H', 'Q') : 3.2, ('Q', 'D') : 0.6, ('W', 'W') : 14.7, 
  72  ('V', 'L') : 1.9, ('L', 'G') : -4.6, ('W', 'S') : -2.9, ('L', 'K') : -4.1, 
  73  ('N', 'P') : -1.1, ('H', 'E') : -0.2, ('N', 'T') : 0.5, ('H', 'A') : -2.1, 
  74  ('Y', 'L') : -1.6, ('Y', 'H') : 4.4, ('G', 'S') : 0.8, ('Y', 'D') : -2.3, 
  75  ('V', 'Q') : -3.5, ('L', 'T') : -0.4, ('G', 'G') : 5.8, ('G', 'C') : -1.3, 
  76  ('E', 'N') : 1.1, ('Y', 'T') : -3.4, ('Y', 'P') : -3.8, ('R', 'N') : -0.1, 
  77  ('V', 'D') : -3.3, ('K', 'R') : 4.3, ('V', 'H') : -3.8, ('I', 'Q') : -3.8, 
  78  ('V', 'P') : -1.6, ('M', 'C') : -3.7, ('K', 'N') : 1.0, ('V', 'T') : 0.6, 
  79  ('M', 'G') : -3.7, ('T', 'S') : 1.5, ('I', 'E') : -4.1, ('M', 'K') : -2.9, 
  80  ('I', 'A') : 0.1, ('N', 'N') : 3.6, ('R', 'R') : 5.1, ('F', 'P') : -3.2, 
  81  ('L', 'I') : 2.4, ('I', 'S') : -1.2, ('D', 'S') : -0.4, ('L', 'S') : -1.5, 
  82  ('I', 'H') : -3.7, ('F', 'D') : -5.7, ('D', 'C') : -3.7, ('F', 'H') : 0.1, 
  83  ('D', 'G') : 0.8, ('F', 'L') : 2.4 
  84  } 
  85  benner6 = _temp() 
  86   
  87   
  88  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/benner22.cmp 
  89 -def _temp(): 
  90      return { 
  91  ('W', 'F') : 0.5, ('L', 'R') : -2.9, ('I', 'I') : 4.2, ('Q', 'Q') : 4.2, 
  92  ('W', 'N') : -5.2, ('V', 'I') : 3.6, ('H', 'T') : -1.1, ('H', 'P') : -0.4, 
  93  ('W', 'V') : -4.5, ('Q', 'E') : 1.7, ('W', 'R') : -1.1, ('Q', 'A') : -0.9, 
  94  ('H', 'H') : 6.1, ('H', 'D') : 0.3, ('L', 'N') : -3.5, ('Y', 'M') : -1.8, 
  95  ('Y', 'I') : -2.2, ('Y', 'E') : -4.0, ('E', 'S') : -0.5, ('Y', 'A') : -3.5, 
  96  ('Y', 'Y') : 9.0, ('T', 'C') : -1.1, ('E', 'C') : -4.3, ('Y', 'Q') : -1.9, 
  97  ('E', 'G') : 0.5, ('V', 'A') : 0.4, ('C', 'C') : 12.6, ('M', 'R') : -2.1, 
  98  ('P', 'T') : 0.4, ('V', 'E') : -2.7, ('P', 'P') : 7.0, ('I', 'T') : 0.3, 
  99  ('K', 'S') : -0.4, ('R', 'G') : -0.7, ('I', 'P') : -2.3, ('R', 'C') : -1.6, 
 100  ('A', 'T') : 1.4, ('K', 'K') : 4.4, ('A', 'P') : 0.8, ('V', 'M') : 2.5, 
 101  ('I', 'D') : -4.0, ('K', 'C') : -3.3, ('K', 'G') : -1.0, ('R', 'S') : -0.5, 
 102  ('F', 'Q') : -3.6, ('F', 'A') : -3.1, ('V', 'V') : 3.7, ('M', 'N') : -2.6, 
 103  ('F', 'E') : -5.7, ('D', 'N') : 2.4, ('F', 'I') : 0.5, ('F', 'M') : 0.7, 
 104  ('M', 'S') : -1.5, ('S', 'S') : 2.0, ('L', 'Q') : -2.0, ('W', 'E') : -6.3, 
 105  ('W', 'A') : -5.5, ('W', 'M') : -2.8, ('H', 'S') : -0.5, ('W', 'I') : -4.4, 
 106  ('S', 'C') : 0.3, ('L', 'A') : -1.7, ('L', 'E') : -4.4, ('W', 'Q') : -3.3, 
 107  ('H', 'G') : -2.0, ('Q', 'N') : 0.5, ('H', 'C') : -1.5, ('L', 'M') : 3.2, 
 108  ('W', 'Y') : 1.5, ('Y', 'N') : -1.2, ('E', 'P') : -1.7, ('Y', 'F') : 5.9, 
 109  ('E', 'T') : -0.9, ('A', 'A') : 2.5, ('I', 'N') : -2.7, ('G', 'A') : 0.8, 
 110  ('Y', 'V') : -2.6, ('E', 'D') : 3.9, ('W', 'H') : -2.7, ('Y', 'R') : -2.7, 
 111  ('M', 'Q') : -1.7, ('P', 'S') : 1.1, ('R', 'H') : 1.5, ('A', 'C') : -1.2, 
 112  ('R', 'D') : -1.0, ('K', 'P') : -1.6, ('L', 'D') : -4.9, ('K', 'T') : -0.4, 
 113  ('V', 'N') : -2.3, ('M', 'A') : -0.8, ('K', 'H') : 0.8, ('V', 'R') : -2.9, 
 114  ('P', 'C') : -3.1, ('M', 'E') : -3.4, ('A', 'S') : 1.3, ('T', 'T') : 2.5, 
 115  ('R', 'T') : -0.7, ('I', 'G') : -3.8, ('R', 'P') : -1.2, ('K', 'D') : 0.2, 
 116  ('I', 'C') : -2.4, ('F', 'R') : -4.3, ('F', 'V') : -0.1, ('L', 'C') : -2.6, 
 117  ('F', 'F') : 7.7, ('D', 'A') : -0.2, ('F', 'N') : -3.5, ('W', 'D') : -6.4, 
 118  ('L', 'P') : -1.3, ('Q', 'S') : -0.6, ('N', 'C') : -1.9, ('N', 'G') : 0.4, 
 119  ('H', 'N') : 1.4, ('W', 'T') : -4.5, ('Q', 'G') : -1.4, ('W', 'P') : -5.8, 
 120  ('Q', 'C') : -3.3, ('N', 'S') : 1.1, ('L', 'H') : -2.1, ('L', 'L') : 4.6, 
 121  ('G', 'T') : -0.7, ('M', 'M') : 4.9, ('G', 'P') : -1.8, ('Y', 'K') : -3.6, 
 122  ('Y', 'G') : -4.8, ('Y', 'C') : 0.6, ('E', 'A') : -0.3, ('E', 'E') : 4.6, 
 123  ('Y', 'S') : -1.9, ('M', 'P') : -2.0, ('V', 'C') : -1.7, ('M', 'T') : 0.1, 
 124  ('V', 'G') : -2.5, ('R', 'E') : -0.1, ('V', 'K') : -2.7, ('K', 'Q') : 2.2, 
 125  ('R', 'A') : -1.2, ('I', 'R') : -3.2, ('N', 'A') : 0.0, ('V', 'S') : -0.9, 
 126  ('M', 'D') : -3.9, ('M', 'H') : -2.4, ('K', 'A') : -1.0, ('R', 'Q') : 2.2, 
 127  ('K', 'E') : 1.0, ('F', 'S') : -2.2, ('I', 'K') : -3.0, ('D', 'P') : -1.8, 
 128  ('D', 'T') : -0.7, ('I', 'M') : 3.1, ('F', 'C') : -0.1, ('W', 'L') : -1.8, 
 129  ('F', 'G') : -5.8, ('F', 'K') : -5.1, ('F', 'T') : -2.6, ('D', 'D') : 4.8, 
 130  ('Q', 'T') : -0.7, ('W', 'G') : -4.5, ('Q', 'P') : -0.1, ('W', 'C') : 0.5, 
 131  ('W', 'K') : -3.7, ('H', 'Q') : 2.4, ('Q', 'D') : 0.6, ('W', 'W') : 15.7, 
 132  ('V', 'L') : 2.0, ('L', 'G') : -4.9, ('W', 'S') : -3.9, ('L', 'K') : -3.3, 
 133  ('N', 'P') : -1.1, ('H', 'E') : -0.2, ('N', 'T') : 0.5, ('H', 'A') : -1.6, 
 134  ('Y', 'L') : -0.7, ('Y', 'H') : 3.7, ('G', 'S') : 0.6, ('Y', 'D') : -3.0, 
 135  ('V', 'Q') : -2.4, ('L', 'T') : -1.0, ('G', 'G') : 6.2, ('G', 'C') : -1.7, 
 136  ('E', 'N') : 1.2, ('Y', 'T') : -3.0, ('Y', 'P') : -3.5, ('R', 'N') : 0.4, 
 137  ('V', 'D') : -3.0, ('K', 'R') : 3.9, ('V', 'H') : -3.0, ('I', 'Q') : -2.7, 
 138  ('V', 'P') : -1.7, ('M', 'C') : -2.5, ('K', 'N') : 1.0, ('V', 'T') : 0.4, 
 139  ('M', 'G') : -3.8, ('T', 'S') : 1.5, ('I', 'E') : -3.6, ('M', 'K') : -2.0, 
 140  ('I', 'A') : -0.4, ('N', 'N') : 3.3, ('R', 'R') : 5.0, ('F', 'P') : -3.4, 
 141  ('L', 'I') : 2.7, ('I', 'S') : -1.4, ('D', 'S') : 0.1, ('L', 'S') : -2.1, 
 142  ('I', 'H') : -3.2, ('F', 'D') : -5.4, ('D', 'C') : -3.7, ('F', 'H') : 0.3, 
 143  ('D', 'G') : 0.7, ('F', 'L') : 2.2 
 144  } 
 145  benner22 = _temp() 
 146  del _temp 
 147  assert benner6 != benner22 
 148   
 149   
 150  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/benner74.cmp 
 151 -def _temp(): 
 152      return { 
 153  ('W', 'F') : 3.0, ('L', 'R') : -2.4, ('I', 'I') : 4.0, ('Q', 'Q') : 3.0, 
 154  ('W', 'N') : -4.0, ('V', 'I') : 3.2, ('H', 'T') : -0.5, ('H', 'P') : -1.0, 
 155  ('W', 'V') : -2.9, ('Q', 'E') : 1.7, ('W', 'R') : -1.6, ('Q', 'A') : -0.3, 
 156  ('H', 'H') : 6.1, ('H', 'D') : 0.4, ('L', 'N') : -3.1, ('Y', 'M') : -0.5, 
 157  ('Y', 'I') : -1.0, ('Y', 'E') : -3.0, ('E', 'S') : 0.1, ('Y', 'A') : -2.6, 
 158  ('Y', 'Y') : 8.1, ('T', 'C') : -0.6, ('E', 'C') : -3.2, ('Y', 'Q') : -1.8, 
 159  ('E', 'G') : -0.5, ('V', 'A') : 0.1, ('C', 'C') : 11.8, ('M', 'R') : -1.8, 
 160  ('P', 'T') : 0.1, ('V', 'E') : -2.1, ('P', 'P') : 7.5, ('I', 'T') : -0.3, 
 161  ('K', 'S') : 0.0, ('R', 'G') : -1.0, ('I', 'P') : -2.6, ('R', 'C') : -2.2, 
 162  ('A', 'T') : 0.7, ('K', 'K') : 3.4, ('A', 'P') : 0.4, ('V', 'M') : 1.8, 
 163  ('I', 'D') : -3.9, ('K', 'C') : -2.9, ('K', 'G') : -1.1, ('R', 'S') : -0.2, 
 164  ('F', 'Q') : -2.8, ('F', 'A') : -2.6, ('V', 'V') : 3.4, ('M', 'N') : -2.2, 
 165  ('F', 'E') : -4.3, ('D', 'N') : 2.2, ('F', 'I') : 0.9, ('F', 'M') : 1.3, 
 166  ('M', 'S') : -1.4, ('S', 'S') : 2.1, ('L', 'Q') : -1.7, ('W', 'E') : -4.7, 
 167  ('W', 'A') : -4.1, ('W', 'M') : -1.3, ('H', 'S') : -0.3, ('W', 'I') : -2.3, 
 168  ('S', 'C') : 0.1, ('L', 'A') : -1.4, ('L', 'E') : -3.1, ('W', 'Q') : -2.8, 
 169  ('H', 'G') : -1.6, ('Q', 'N') : 0.7, ('H', 'C') : -1.3, ('L', 'M') : 2.9, 
 170  ('W', 'Y') : 3.6, ('Y', 'N') : -1.4, ('E', 'P') : -0.7, ('Y', 'F') : 5.3, 
 171  ('E', 'T') : -0.2, ('A', 'A') : 2.4, ('I', 'N') : -2.8, ('G', 'A') : 0.6, 
 172  ('Y', 'V') : -1.4, ('E', 'D') : 2.9, ('W', 'H') : -1.0, ('Y', 'R') : -2.0, 
 173  ('M', 'Q') : -1.0, ('P', 'S') : 0.5, ('R', 'H') : 1.0, ('A', 'C') : 0.3, 
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 207  benner74 = _temp() 
 208  del _temp 
 209   
 210   
 211  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum100.cmp 
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 284  blosum100 = _temp() 
 285  del _temp 
 286   
 287   
 288  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum30.cmp 
 289 -def _temp(): 
 290      return { 
 291  ('W', 'F') : 1, ('L', 'R') : -2, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 1, 
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 439  del _temp 
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 442  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum40.cmp 
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 521      return { 
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 592  blosum45 = _temp() 
 593  del _temp 
 594   
 595   
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 669  blosum50 = _temp() 
 670  del _temp 
 671   
 672   
 673  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum55.cmp 
 674 -def _temp(): 
 675      return { 
 676  ('W', 'F') : 1, ('L', 'R') : -3, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 0, 
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 829      return { 
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 977  blosum65 = _temp() 
 978  del _temp 
 979   
 980   
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1054  blosum70 = _temp() 
1055  del _temp 
1056   
1057   
1058  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum75.cmp 
1059 -def _temp(): 
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1061  ('W', 'F') : 1, ('L', 'R') : -3, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 0, 
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1064  ('H', 'D') : -1, ('L', 'N') : -4, ('W', 'A') : -3, ('Y', 'M') : -2, 
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1067  ('G', 'N') : -1, ('E', 'C') : -5, ('Y', 'Q') : -2, ('Z', 'Z') : 4, 
1068  ('V', 'A') : 0, ('C', 'C') : 9, ('M', 'R') : -2, ('V', 'E') : -3, 
1069  ('T', 'N') : 0, ('P', 'P') : 8, ('V', 'I') : 3, ('V', 'S') : -2, 
1070  ('Z', 'P') : -2, ('V', 'M') : 1, ('T', 'F') : -2, ('V', 'Q') : -2, 
1071  ('K', 'K') : 5, ('P', 'D') : -2, ('I', 'H') : -4, ('I', 'D') : -4, 
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1073  ('P', 'H') : -2, ('F', 'Q') : -4, ('Z', 'G') : -2, ('X', 'L') : -1, 
1074  ('T', 'M') : -1, ('Z', 'C') : -4, ('X', 'H') : -1, ('D', 'R') : -2, 
1075  ('B', 'W') : -5, ('X', 'D') : -2, ('Z', 'K') : 1, ('F', 'A') : -3, 
1076  ('Z', 'W') : -3, ('F', 'E') : -4, ('D', 'N') : 1, ('B', 'K') : -1, 
1077  ('X', 'X') : -1, ('F', 'I') : 0, ('B', 'G') : -1, ('X', 'T') : -1, 
1078  ('F', 'M') : 0, ('B', 'C') : -4, ('Z', 'I') : -4, ('Z', 'V') : -3, 
1079  ('S', 'S') : 5, ('L', 'Q') : -3, ('W', 'E') : -4, ('Q', 'R') : 1, 
1080  ('N', 'N') : 6, ('W', 'M') : -2, ('Q', 'C') : -3, ('W', 'I') : -3, 
1081  ('S', 'C') : -1, ('L', 'A') : -2, ('S', 'G') : -1, ('L', 'E') : -4, 
1082  ('W', 'Q') : -2, ('H', 'G') : -2, ('S', 'K') : 0, ('Q', 'N') : 0, 
1083  ('N', 'R') : -1, ('H', 'C') : -4, ('Y', 'N') : -3, ('G', 'Q') : -2, 
1084  ('Y', 'F') : 3, ('C', 'A') : -1, ('V', 'L') : 1, ('G', 'E') : -3, 
1085  ('G', 'A') : 0, ('K', 'R') : 2, ('E', 'D') : 1, ('Y', 'R') : -2, 
1086  ('M', 'Q') : 0, ('T', 'I') : -1, ('C', 'D') : -4, ('V', 'F') : -1, 
1087  ('T', 'A') : 0, ('T', 'P') : -1, ('B', 'P') : -2, ('T', 'E') : -1, 
1088  ('V', 'N') : -3, ('P', 'G') : -3, ('M', 'A') : -1, ('K', 'H') : -1, 
1089  ('V', 'R') : -3, ('P', 'C') : -4, ('M', 'E') : -2, ('K', 'L') : -3, 
1090  ('V', 'V') : 4, ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : -1, ('I', 'G') : -5, 
1091  ('P', 'K') : -1, ('M', 'M') : 6, ('K', 'D') : -1, ('I', 'C') : -1, 
1092  ('Z', 'D') : 1, ('F', 'R') : -3, ('X', 'K') : -1, ('Q', 'D') : -1, 
1093  ('X', 'G') : -2, ('Z', 'L') : -3, ('X', 'C') : -2, ('Z', 'H') : 0, 
1094  ('B', 'L') : -4, ('B', 'H') : -1, ('F', 'F') : 6, ('X', 'W') : -3, 
1095  ('B', 'D') : 4, ('D', 'A') : -2, ('S', 'L') : -3, ('X', 'S') : -1, 
1096  ('F', 'N') : -4, ('S', 'R') : -1, ('W', 'D') : -5, ('V', 'Y') : -2, 
1097  ('W', 'L') : -2, ('H', 'R') : 0, ('W', 'H') : -2, ('H', 'N') : 0, 
1098  ('W', 'T') : -3, ('T', 'T') : 5, ('S', 'F') : -3, ('W', 'P') : -5, 
1099  ('L', 'D') : -4, ('B', 'I') : -4, ('L', 'H') : -3, ('S', 'N') : 0, 
1100  ('B', 'T') : -1, ('L', 'L') : 4, ('Y', 'K') : -2, ('E', 'Q') : 2, 
1101  ('Y', 'G') : -4, ('Z', 'S') : 0, ('Y', 'C') : -3, ('G', 'D') : -2, 
1102  ('B', 'V') : -4, ('E', 'A') : -1, ('Y', 'W') : 2, ('E', 'E') : 5, 
1103  ('Y', 'S') : -2, ('C', 'N') : -3, ('V', 'C') : -1, ('T', 'H') : -2, 
1104  ('P', 'R') : -2, ('V', 'G') : -4, ('T', 'L') : -2, ('V', 'K') : -3, 
1105  ('K', 'Q') : 1, ('R', 'A') : -2, ('I', 'R') : -3, ('T', 'D') : -1, 
1106  ('P', 'F') : -4, ('I', 'N') : -4, ('K', 'I') : -3, ('M', 'D') : -4, 
1107  ('V', 'W') : -3, ('W', 'W') : 11, ('M', 'H') : -2, ('P', 'N') : -3, 
1108  ('K', 'A') : -1, ('M', 'L') : 2, ('K', 'E') : 1, ('Z', 'E') : 4, 
1109  ('X', 'N') : -1, ('Z', 'A') : -1, ('Z', 'M') : -2, ('X', 'F') : -2, 
1110  ('K', 'C') : -4, ('B', 'Q') : 0, ('X', 'B') : -2, ('B', 'M') : -3, 
1111  ('F', 'C') : -2, ('Z', 'Q') : 3, ('X', 'Z') : -1, ('F', 'G') : -4, 
1112  ('B', 'E') : 1, ('X', 'V') : -1, ('F', 'K') : -4, ('B', 'A') : -2, 
1113  ('X', 'R') : -1, ('D', 'D') : 6, ('W', 'G') : -3, ('Z', 'F') : -4, 
1114  ('S', 'Q') : 0, ('W', 'C') : -3, ('W', 'K') : -4, ('H', 'Q') : 1, 
1115  ('L', 'C') : -2, ('W', 'N') : -4, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -4, 
1116  ('W', 'S') : -3, ('S', 'E') : 0, ('H', 'E') : 0, ('S', 'I') : -3, 
1117  ('H', 'A') : -2, ('S', 'M') : -2, ('Y', 'L') : -1, ('Y', 'H') : 2, 
1118  ('Y', 'D') : -4, ('E', 'R') : 0, ('X', 'P') : -2, ('G', 'G') : 6, 
1119  ('G', 'C') : -3, ('E', 'N') : -1, ('Y', 'T') : -2, ('Y', 'P') : -4, 
1120  ('T', 'K') : -1, ('A', 'A') : 4, ('P', 'Q') : -2, ('T', 'C') : -1, 
1121  ('V', 'H') : -4, ('T', 'G') : -2, ('I', 'Q') : -3, ('Z', 'T') : -1, 
1122  ('C', 'R') : -4, ('V', 'P') : -3, ('P', 'E') : -1, ('M', 'C') : -2, 
1123  ('K', 'N') : 0, ('I', 'I') : 4, ('P', 'A') : -1, ('M', 'G') : -3, 
1124  ('T', 'S') : 1, ('I', 'E') : -4, ('P', 'M') : -3, ('M', 'K') : -2, 
1125  ('I', 'A') : -2, ('P', 'I') : -3, ('R', 'R') : 6, ('X', 'M') : -1, 
1126  ('L', 'I') : 1, ('X', 'I') : -2, ('Z', 'B') : 0, ('X', 'E') : -1, 
1127  ('Z', 'N') : 0, ('X', 'A') : -1, ('B', 'R') : -1, ('B', 'N') : 3, 
1128  ('F', 'D') : -4, ('X', 'Y') : -2, ('Z', 'R') : 0, ('F', 'H') : -2, 
1129  ('B', 'F') : -4, ('F', 'L') : 0, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 4 
1130  } 
1131  blosum75 = _temp() 
1132  del _temp 
1133   
1134   
1135  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum80.cmp 
1136 -def _temp(): 
1137      return { 
1138  ('W', 'F') : 0, ('L', 'R') : -3, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 0, 
1139  ('Q', 'Q') : 6, ('N', 'A') : -2, ('Z', 'Y') : -3, ('W', 'R') : -4, 
1140  ('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : -1, ('H', 'H') : 8, ('S', 'H') : -1, 
1141  ('H', 'D') : -2, ('L', 'N') : -4, ('W', 'A') : -3, ('Y', 'M') : -2, 
1142  ('G', 'R') : -3, ('Y', 'I') : -2, ('Y', 'E') : -3, ('B', 'Y') : -3, 
1143  ('Y', 'A') : -2, ('V', 'D') : -4, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 7, 
1144  ('G', 'N') : -1, ('E', 'C') : -5, ('Y', 'Q') : -2, ('Z', 'Z') : 4, 
1145  ('V', 'A') : 0, ('C', 'C') : 9, ('M', 'R') : -2, ('V', 'E') : -3, 
1146  ('T', 'N') : 0, ('P', 'P') : 8, ('V', 'I') : 3, ('V', 'S') : -2, 
1147  ('Z', 'P') : -2, ('V', 'M') : 1, ('T', 'F') : -2, ('V', 'Q') : -3, 
1148  ('K', 'K') : 5, ('P', 'D') : -2, ('I', 'H') : -4, ('I', 'D') : -4, 
1149  ('T', 'R') : -1, ('P', 'L') : -3, ('K', 'G') : -2, ('M', 'N') : -3, 
1150  ('P', 'H') : -3, ('F', 'Q') : -4, ('Z', 'G') : -3, ('X', 'L') : -2, 
1151  ('T', 'M') : -1, ('Z', 'C') : -4, ('X', 'H') : -2, ('D', 'R') : -2, 
1152  ('B', 'W') : -5, ('X', 'D') : -2, ('Z', 'K') : 1, ('F', 'A') : -3, 
1153  ('Z', 'W') : -4, ('F', 'E') : -4, ('D', 'N') : 1, ('B', 'K') : -1, 
1154  ('X', 'X') : -1, ('F', 'I') : -1, ('B', 'G') : -1, ('X', 'T') : -1, 
1155  ('F', 'M') : 0, ('B', 'C') : -4, ('Z', 'I') : -4, ('Z', 'V') : -3, 
1156  ('S', 'S') : 5, ('L', 'Q') : -3, ('W', 'E') : -4, ('Q', 'R') : 1, 
1157  ('N', 'N') : 6, ('W', 'M') : -2, ('Q', 'C') : -4, ('W', 'I') : -3, 
1158  ('S', 'C') : -2, ('L', 'A') : -2, ('S', 'G') : -1, ('L', 'E') : -4, 
1159  ('W', 'Q') : -3, ('H', 'G') : -3, ('S', 'K') : -1, ('Q', 'N') : 0, 
1160  ('N', 'R') : -1, ('H', 'C') : -4, ('Y', 'N') : -3, ('G', 'Q') : -2, 
1161  ('Y', 'F') : 3, ('C', 'A') : -1, ('V', 'L') : 1, ('G', 'E') : -3, 
1162  ('G', 'A') : 0, ('K', 'R') : 2, ('E', 'D') : 1, ('Y', 'R') : -3, 
1163  ('M', 'Q') : 0, ('T', 'I') : -1, ('C', 'D') : -4, ('V', 'F') : -1, 
1164  ('T', 'A') : 0, ('T', 'P') : -2, ('B', 'P') : -2, ('T', 'E') : -1, 
1165  ('V', 'N') : -4, ('P', 'G') : -3, ('M',