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Source Code for Module Bio.SubsMat.MatrixInfo

   1  # This code is part of the Biopython distribution and governed by its 
   2  # license.  Please see the LICENSE file that should have been included 
   3  # as part of this package. 
   4  # 
   5   
   6  """Substitution matrices for use in alignments, etc. 
   7   
   8  The information on this page was originally obtained from Dr. Gerhard Vogt's 
   9  page http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/mlist1.html (dead link), 
  10  and was extracted using a script. 
  11   
  12  You can view an archive copy of this webpage from 1999 here; 
  13  https://web.archive.org/web/19991014010917/http://www.embl-heidelberg.de/%7Evogt/matrices/mlist1.html 
  14  """ 
  15   
  16   
  17  # a list of all available substitution matrices 
  18  available_matrices = ['benner6', 'benner22', 'benner74', 'blosum100', 
  19                        'blosum30', 'blosum35', 'blosum40', 'blosum45', 
  20                        'blosum50', 'blosum55', 'blosum60', 'blosum62', 
  21                        'blosum65', 'blosum70', 'blosum75', 'blosum80', 
  22                        'blosum85', 'blosum90', 'blosum95', 'feng', 
  23                        'fitch', 'genetic', 'gonnet', 'grant', 
  24                        'ident', 'johnson', 'levin', 'mclach', 
  25                        'miyata', 'nwsgappep', 'pam120', 'pam180', 
  26                        'pam250', 'pam30', 'pam300', 'pam60', 
  27                        'pam90', 'rao', 'risler', 'structure' 
  28                       ] 
  29   
  30  # NOTE - The only reason we define temp functions rather than assigning 
  31  # the dictionaries directly to variables is to work around a JVM 
  32  # limitation on code size if running under Jython. The temp functions 
  33  # have an underscore to indicate they are private, and are in any case 
  34  # deleted after use (partly to ensure we don't use any of them twice). 
  35   
  36   
  37  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/benner6.cmp 
38 -def _temp():
39 return { 40 ('W', 'F'): -1.6, ('L', 'R'): -3.2, ('I', 'I'): 4.4, ('Q', 'Q'): 5.3, 41 ('W', 'N'): -4.4, ('V', 'I'): 3.9, ('H', 'T'): -1.7, ('H', 'P'): -0.4, 42 ('W', 'V'): -4.8, ('Q', 'E'): 2.1, ('W', 'R'): 2.0, ('Q', 'A'): -1.7, 43 ('H', 'H'): 6.1, ('H', 'D'): 0.1, ('L', 'N'): -3.4, ('Y', 'M'): -3.6, 44 ('Y', 'I'): -3.3, ('Y', 'E'): -4.1, ('E', 'S'): -1.2, ('Y', 'A'): -4.0, 45 ('Y', 'Y'): 9.5, ('T', 'C'): -1.5, ('E', 'C'): -4.7, ('Y', 'Q'): -1.4, 46 ('E', 'G'): 0.5, ('V', 'A'): 0.7, ('C', 'C'): 12.1, ('M', 'R'): -3.0, 47 ('P', 'T'): 0.6, ('V', 'E'): -3.0, ('P', 'P'): 6.5, ('I', 'T'): 0.7, 48 ('K', 'S'): -1.2, ('R', 'G'): -0.1, ('I', 'P'): -2.0, ('R', 'C'): -0.4, 49 ('A', 'T'): 1.7, ('K', 'K'): 5.6, ('A', 'P'): 1.1, ('V', 'M'): 3.3, 50 ('I', 'D'): -4.2, ('K', 'C'): -2.8, ('K', 'G'): -1.4, ('R', 'S'): -0.9, 51 ('F', 'Q'): -4.4, ('F', 'A'): -3.2, ('V', 'V'): 4.0, ('M', 'N'): -2.5, 52 ('F', 'E'): -6.7, ('D', 'N'): 2.5, ('F', 'I'): 0.0, ('F', 'M'): -0.1, 53 ('M', 'S'): -1.3, ('S', 'S'): 2.1, ('L', 'Q'): -2.4, ('W', 'E'): -5.6, 54 ('W', 'A'): -4.3, ('W', 'M'): -4.4, ('H', 'S'): -0.9, ('W', 'I'): -5.0, 55 ('S', 'C'): 0.9, ('L', 'A'): -1.3, ('L', 'E'): -5.0, ('W', 'Q'): -2.6, 56 ('H', 'G'): -2.1, ('Q', 'N'): 0.1, ('H', 'C'): -1.2, ('L', 'M'): -2.9, 57 ('W', 'Y'): -0.3, ('Y', 'N'): -0.9, ('E', 'P'): -2.6, ('Y', 'F'): 5.6, 58 ('E', 'T'): -1.6, ('A', 'A'): 2.5, ('I', 'N'): -2.5, ('G', 'A'): 0.8, 59 ('Y', 'V'): -3.8, ('E', 'D'): 4.4, ('W', 'H'): -2.8, ('Y', 'R'): -2.6, 60 ('M', 'Q'): -3.1, ('P', 'S'): 1.4, ('R', 'H'): 1.8, ('A', 'C'): -1.7, 61 ('R', 'D'): -1.5, ('K', 'P'): -2.3, ('L', 'D'): -5.3, ('K', 'T'): -1.1, 62 ('V', 'N'): -2.4, ('M', 'A'): -0.2, ('K', 'H'): 0.9, ('V', 'R'): -3.7, 63 ('P', 'C'): -2.7, ('M', 'E'): -4.1, ('A', 'S'): 1.4, ('T', 'T'): 2.4, 64 ('R', 'T'): -1.3, ('I', 'G'): -3.4, ('R', 'P'): -1.3, ('K', 'D'): -0.2, 65 ('I', 'C'): -3.6, ('F', 'R'): -4.9, ('F', 'V'): -0.5, ('L', 'C'): -3.8, 66 ('F', 'F'): 8.3, ('D', 'A'): -0.6, ('F', 'N'): -3.5, ('W', 'D'): -6.3, 67 ('L', 'P'): -0.2, ('Q', 'S'): -1.4, ('N', 'C'): -1.6, ('N', 'G'): -0.1, 68 ('H', 'N'): 1.4, ('W', 'T'): -2.6, ('Q', 'G'): -1.6, ('W', 'P'): -4.8, 69 ('Q', 'C'): -3.2, ('N', 'S'): 1.2, ('L', 'H'): -2.2, ('L', 'L'): 4.8, 70 ('G', 'T'): -0.5, ('M', 'M'): 4.8, ('G', 'P'): -1.7, ('Y', 'K'): -4.0, 71 ('Y', 'G'): -4.9, ('Y', 'C'): 2.6, ('E', 'A'): -0.7, ('E', 'E'): 5.2, 72 ('Y', 'S'): -1.8, ('M', 'P'): -1.8, ('V', 'C'): -3.1, ('M', 'T'): 0.6, 73 ('V', 'G'): -2.3, ('R', 'E'): -0.4, ('V', 'K'): -3.8, ('K', 'Q'): 2.5, 74 ('R', 'A'): -1.7, ('I', 'R'): -3.8, ('N', 'A'): 0.0, ('V', 'S'): -0.9, 75 ('M', 'D'): -4.3, ('M', 'H'): -3.4, ('K', 'A'): -1.9, ('R', 'Q'): 2.5, 76 ('K', 'E'): 0.9, ('F', 'S'): -1.8, ('I', 'K'): -3.8, ('D', 'P'): -2.8, 77 ('D', 'T'): -1.2, ('I', 'M'): 4.0, ('F', 'C'): -0.1, ('W', 'L'): -3.0, 78 ('F', 'G'): -5.7, ('F', 'K'): -6.3, ('F', 'T'): -2.4, ('D', 'D'): 5.2, 79 ('Q', 'T'): -1.7, ('W', 'G'): -1.7, ('Q', 'P'): 0.1, ('W', 'C'): 1.6, 80 ('W', 'K'): -1.4, ('H', 'Q'): 3.2, ('Q', 'D'): 0.6, ('W', 'W'): 14.7, 81 ('V', 'L'): 1.9, ('L', 'G'): -4.6, ('W', 'S'): -2.9, ('L', 'K'): -4.1, 82 ('N', 'P'): -1.1, ('H', 'E'): -0.2, ('N', 'T'): 0.5, ('H', 'A'): -2.1, 83 ('Y', 'L'): -1.6, ('Y', 'H'): 4.4, ('G', 'S'): 0.8, ('Y', 'D'): -2.3, 84 ('V', 'Q'): -3.5, ('L', 'T'): -0.4, ('G', 'G'): 5.8, ('G', 'C'): -1.3, 85 ('E', 'N'): 1.1, ('Y', 'T'): -3.4, ('Y', 'P'): -3.8, ('R', 'N'): -0.1, 86 ('V', 'D'): -3.3, ('K', 'R'): 4.3, ('V', 'H'): -3.8, ('I', 'Q'): -3.8, 87 ('V', 'P'): -1.6, ('M', 'C'): -3.7, ('K', 'N'): 1.0, ('V', 'T'): 0.6, 88 ('M', 'G'): -3.7, ('T', 'S'): 1.5, ('I', 'E'): -4.1, ('M', 'K'): -2.9, 89 ('I', 'A'): 0.1, ('N', 'N'): 3.6, ('R', 'R'): 5.1, ('F', 'P'): -3.2, 90 ('L', 'I'): 2.4, ('I', 'S'): -1.2, ('D', 'S'): -0.4, ('L', 'S'): -1.5, 91 ('I', 'H'): -3.7, ('F', 'D'): -5.7, ('D', 'C'): -3.7, ('F', 'H'): 0.1, 92 ('D', 'G'): 0.8, ('F', 'L'): 2.4 93 }
94 benner6 = _temp() 95 96 97 # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/benner22.cmp
98 -def _temp():
99 return { 100 ('W', 'F'): 0.5, ('L', 'R'): -2.9, ('I', 'I'): 4.2, ('Q', 'Q'): 4.2, 101 ('W', 'N'): -5.2, ('V', 'I'): 3.6, ('H', 'T'): -1.1, ('H', 'P'): -0.4, 102 ('W', 'V'): -4.5, ('Q', 'E'): 1.7, ('W', 'R'): -1.1, ('Q', 'A'): -0.9, 103 ('H', 'H'): 6.1, ('H', 'D'): 0.3, ('L', 'N'): -3.5, ('Y', 'M'): -1.8, 104 ('Y', 'I'): -2.2, ('Y', 'E'): -4.0, ('E', 'S'): -0.5, ('Y', 'A'): -3.5, 105 ('Y', 'Y'): 9.0, ('T', 'C'): -1.1, ('E', 'C'): -4.3, ('Y', 'Q'): -1.9, 106 ('E', 'G'): 0.5, ('V', 'A'): 0.4, ('C', 'C'): 12.6, ('M', 'R'): -2.1, 107 ('P', 'T'): 0.4, ('V', 'E'): -2.7, ('P', 'P'): 7.0, ('I', 'T'): 0.3, 108 ('K', 'S'): -0.4, ('R', 'G'): -0.7, ('I', 'P'): -2.3, ('R', 'C'): -1.6, 109 ('A', 'T'): 1.4, ('K', 'K'): 4.4, ('A', 'P'): 0.8, ('V', 'M'): 2.5, 110 ('I', 'D'): -4.0, ('K', 'C'): -3.3, ('K', 'G'): -1.0, ('R', 'S'): -0.5, 111 ('F', 'Q'): -3.6, ('F', 'A'): -3.1, ('V', 'V'): 3.7, ('M', 'N'): -2.6, 112 ('F', 'E'): -5.7, ('D', 'N'): 2.4, ('F', 'I'): 0.5, ('F', 'M'): 0.7, 113 ('M', 'S'): -1.5, ('S', 'S'): 2.0, ('L', 'Q'): -2.0, ('W', 'E'): -6.3, 114 ('W', 'A'): -5.5, ('W', 'M'): -2.8, ('H', 'S'): -0.5, ('W', 'I'): -4.4, 115 ('S', 'C'): 0.3, ('L', 'A'): -1.7, ('L', 'E'): -4.4, ('W', 'Q'): -3.3, 116 ('H', 'G'): -2.0, ('Q', 'N'): 0.5, ('H', 'C'): -1.5, ('L', 'M'): 3.2, 117 ('W', 'Y'): 1.5, ('Y', 'N'): -1.2, ('E', 'P'): -1.7, ('Y', 'F'): 5.9, 118 ('E', 'T'): -0.9, ('A', 'A'): 2.5, ('I', 'N'): -2.7, ('G', 'A'): 0.8, 119 ('Y', 'V'): -2.6, ('E', 'D'): 3.9, ('W', 'H'): -2.7, ('Y', 'R'): -2.7, 120 ('M', 'Q'): -1.7, ('P', 'S'): 1.1, ('R', 'H'): 1.5, ('A', 'C'): -1.2, 121 ('R', 'D'): -1.0, ('K', 'P'): -1.6, ('L', 'D'): -4.9, ('K', 'T'): -0.4, 122 ('V', 'N'): -2.3, ('M', 'A'): -0.8, ('K', 'H'): 0.8, ('V', 'R'): -2.9, 123 ('P', 'C'): -3.1, ('M', 'E'): -3.4, ('A', 'S'): 1.3, ('T', 'T'): 2.5, 124 ('R', 'T'): -0.7, ('I', 'G'): -3.8, ('R', 'P'): -1.2, ('K', 'D'): 0.2, 125 ('I', 'C'): -2.4, ('F', 'R'): -4.3, ('F', 'V'): -0.1, ('L', 'C'): -2.6, 126 ('F', 'F'): 7.7, ('D', 'A'): -0.2, ('F', 'N'): -3.5, ('W', 'D'): -6.4, 127 ('L', 'P'): -1.3, ('Q', 'S'): -0.6, ('N', 'C'): -1.9, ('N', 'G'): 0.4, 128 ('H', 'N'): 1.4, ('W', 'T'): -4.5, ('Q', 'G'): -1.4, ('W', 'P'): -5.8, 129 ('Q', 'C'): -3.3, ('N', 'S'): 1.1, ('L', 'H'): -2.1, ('L', 'L'): 4.6, 130 ('G', 'T'): -0.7, ('M', 'M'): 4.9, ('G', 'P'): -1.8, ('Y', 'K'): -3.6, 131 ('Y', 'G'): -4.8, ('Y', 'C'): 0.6, ('E', 'A'): -0.3, ('E', 'E'): 4.6, 132 ('Y', 'S'): -1.9, ('M', 'P'): -2.0, ('V', 'C'): -1.7, ('M', 'T'): 0.1, 133 ('V', 'G'): -2.5, ('R', 'E'): -0.1, ('V', 'K'): -2.7, ('K', 'Q'): 2.2, 134 ('R', 'A'): -1.2, ('I', 'R'): -3.2, ('N', 'A'): 0.0, ('V', 'S'): -0.9, 135 ('M', 'D'): -3.9, ('M', 'H'): -2.4, ('K', 'A'): -1.0, ('R', 'Q'): 2.2, 136 ('K', 'E'): 1.0, ('F', 'S'): -2.2, ('I', 'K'): -3.0, ('D', 'P'): -1.8, 137 ('D', 'T'): -0.7, ('I', 'M'): 3.1, ('F', 'C'): -0.1, ('W', 'L'): -1.8, 138 ('F', 'G'): -5.8, ('F', 'K'): -5.1, ('F', 'T'): -2.6, ('D', 'D'): 4.8, 139 ('Q', 'T'): -0.7, ('W', 'G'): -4.5, ('Q', 'P'): -0.1, ('W', 'C'): 0.5, 140 ('W', 'K'): -3.7, ('H', 'Q'): 2.4, ('Q', 'D'): 0.6, ('W', 'W'): 15.7, 141 ('V', 'L'): 2.0, ('L', 'G'): -4.9, ('W', 'S'): -3.9, ('L', 'K'): -3.3, 142 ('N', 'P'): -1.1, ('H', 'E'): -0.2, ('N', 'T'): 0.5, ('H', 'A'): -1.6, 143 ('Y', 'L'): -0.7, ('Y', 'H'): 3.7, ('G', 'S'): 0.6, ('Y', 'D'): -3.0, 144 ('V', 'Q'): -2.4, ('L', 'T'): -1.0, ('G', 'G'): 6.2, ('G', 'C'): -1.7, 145 ('E', 'N'): 1.2, ('Y', 'T'): -3.0, ('Y', 'P'): -3.5, ('R', 'N'): 0.4, 146 ('V', 'D'): -3.0, ('K', 'R'): 3.9, ('V', 'H'): -3.0, ('I', 'Q'): -2.7, 147 ('V', 'P'): -1.7, ('M', 'C'): -2.5, ('K', 'N'): 1.0, ('V', 'T'): 0.4, 148 ('M', 'G'): -3.8, ('T', 'S'): 1.5, ('I', 'E'): -3.6, ('M', 'K'): -2.0, 149 ('I', 'A'): -0.4, ('N', 'N'): 3.3, ('R', 'R'): 5.0, ('F', 'P'): -3.4, 150 ('L', 'I'): 2.7, ('I', 'S'): -1.4, ('D', 'S'): 0.1, ('L', 'S'): -2.1, 151 ('I', 'H'): -3.2, ('F', 'D'): -5.4, ('D', 'C'): -3.7, ('F', 'H'): 0.3, 152 ('D', 'G'): 0.7, ('F', 'L'): 2.2 153 }
154 benner22 = _temp() 155 del _temp 156 assert benner6 != benner22 157 158 159 # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/benner74.cmp
160 -def _temp():
161 return { 162 ('W', 'F'): 3.0, ('L', 'R'): -2.4, ('I', 'I'): 4.0, ('Q', 'Q'): 3.0, 163 ('W', 'N'): -4.0, ('V', 'I'): 3.2, ('H', 'T'): -0.5, ('H', 'P'): -1.0, 164 ('W', 'V'): -2.9, ('Q', 'E'): 1.7, ('W', 'R'): -1.6, ('Q', 'A'): -0.3, 165 ('H', 'H'): 6.1, ('H', 'D'): 0.4, ('L', 'N'): -3.1, ('Y', 'M'): -0.5, 166 ('Y', 'I'): -1.0, ('Y', 'E'): -3.0, ('E', 'S'): 0.1, ('Y', 'A'): -2.6, 167 ('Y', 'Y'): 8.1, ('T', 'C'): -0.6, ('E', 'C'): -3.2, ('Y', 'Q'): -1.8, 168 ('E', 'G'): -0.5, ('V', 'A'): 0.1, ('C', 'C'): 11.8, ('M', 'R'): -1.8, 169 ('P', 'T'): 0.1, ('V', 'E'): -2.1, ('P', 'P'): 7.5, ('I', 'T'): -0.3, 170 ('K', 'S'): 0.0, ('R', 'G'): -1.0, ('I', 'P'): -2.6, ('R', 'C'): -2.2, 171 ('A', 'T'): 0.7, ('K', 'K'): 3.4, ('A', 'P'): 0.4, ('V', 'M'): 1.8, 172 ('I', 'D'): -3.9, ('K', 'C'): -2.9, ('K', 'G'): -1.1, ('R', 'S'): -0.2, 173 ('F', 'Q'): -2.8, ('F', 'A'): -2.6, ('V', 'V'): 3.4, ('M', 'N'): -2.2, 174 ('F', 'E'): -4.3, ('D', 'N'): 2.2, ('F', 'I'): 0.9, ('F', 'M'): 1.3, 175 ('M', 'S'): -1.4, ('S', 'S'): 2.1, ('L', 'Q'): -1.7, ('W', 'E'): -4.7, 176 ('W', 'A'): -4.1, ('W', 'M'): -1.3, ('H', 'S'): -0.3, ('W', 'I'): -2.3, 177 ('S', 'C'): 0.1, ('L', 'A'): -1.4, ('L', 'E'): -3.1, ('W', 'Q'): -2.8, 178 ('H', 'G'): -1.6, ('Q', 'N'): 0.7, ('H', 'C'): -1.3, ('L', 'M'): 2.9, 179 ('W', 'Y'): 3.6, ('Y', 'N'): -1.4, ('E', 'P'): -0.7, ('Y', 'F'): 5.3, 180 ('E', 'T'): -0.2, ('A', 'A'): 2.4, ('I', 'N'): -2.8, ('G', 'A'): 0.6, 181 ('Y', 'V'): -1.4, ('E', 'D'): 2.9, ('W', 'H'): -1.0, ('Y', 'R'): -2.0, 182 ('M', 'Q'): -1.0, ('P', 'S'): 0.5, ('R', 'H'): 1.0, ('A', 'C'): 0.3, 183 ('R', 'D'): -0.5, ('K', 'P'): -0.8, ('L', 'D'): -4.2, ('K', 'T'): 0.1, 184 ('V', 'N'): -2.2, ('M', 'A'): -0.8, ('K', 'H'): 0.6, ('V', 'R'): -2.2, 185 ('P', 'C'): -3.1, ('M', 'E'): -2.2, ('A', 'S'): 1.1, ('T', 'T'): 2.5, 186 ('R', 'T'): -0.3, ('I', 'G'): -4.3, ('R', 'P'): -0.1, ('K', 'D'): 0.4, 187 ('I', 'C'): -1.2, ('F', 'R'): -3.5, ('F', 'V'): 0.1, ('L', 'C'): -1.6, 188 ('F', 'F'): 7.2, ('D', 'A'): -0.3, ('F', 'N'): -3.2, ('W', 'D'): -5.5, 189 ('L', 'P'): -2.2, ('Q', 'S'): 0.1, ('N', 'C'): -1.8, ('N', 'G'): 0.4, 190 ('H', 'N'): 1.2, ('W', 'T'): -3.7, ('Q', 'G'): -1.1, ('W', 'P'): -5.2, 191 ('Q', 'C'): -2.6, ('N', 'S'): 0.9, ('L', 'H'): -1.9, ('L', 'L'): 4.2, 192 ('G', 'T'): -1.0, ('M', 'M'): 4.5, ('G', 'P'): -1.7, ('Y', 'K'): -2.4, 193 ('Y', 'G'): -4.3, ('Y', 'C'): -0.4, ('E', 'A'): -0.1, ('E', 'E'): 3.7, 194 ('Y', 'S'): -1.9, ('M', 'P'): -2.4, ('V', 'C'): -0.2, ('M', 'T'): -0.4, 195 ('V', 'G'): -3.1, ('R', 'E'): 0.3, ('V', 'K'): -1.9, ('K', 'Q'): 1.7, 196 ('R', 'A'): -0.8, ('I', 'R'): -2.6, ('N', 'A'): -0.2, ('V', 'S'): -1.0, 197 ('M', 'D'): -3.2, ('M', 'H'): -1.5, ('K', 'A'): -0.4, ('R', 'Q'): 1.6, 198 ('K', 'E'): 1.2, ('F', 'S'): -2.6, ('I', 'K'): -2.3, ('D', 'P'): -1.0, 199 ('D', 'T'): -0.2, ('I', 'M'): 2.6, ('F', 'C'): -0.7, ('W', 'L'): -0.9, 200 ('F', 'G'): -5.4, ('F', 'K'): -3.6, ('F', 'T'): -2.2, ('D', 'D'): 4.8, 201 ('Q', 'T'): -0.1, ('W', 'G'): -4.1, ('Q', 'P'): -0.2, ('W', 'C'): -0.9, 202 ('W', 'K'): -3.6, ('H', 'Q'): 1.4, ('Q', 'D'): 0.8, ('W', 'W'): 14.7, 203 ('V', 'L'): 1.9, ('L', 'G'): -4.6, ('W', 'S'): -3.4, ('L', 'K'): -2.4, 204 ('N', 'P'): -1.0, ('H', 'E'): 0.2, ('N', 'T'): 0.4, ('H', 'A'): -1.0, 205 ('Y', 'L'): -0.1, ('Y', 'H'): 2.5, ('G', 'S'): 0.4, ('Y', 'D'): -2.8, 206 ('V', 'Q'): -1.7, ('L', 'T'): -1.1, ('G', 'G'): 6.6, ('G', 'C'): -2.0, 207 ('E', 'N'): 1.0, ('Y', 'T'): -2.1, ('Y', 'P'): -3.4, ('R', 'N'): 0.3, 208 ('V', 'D'): -2.9, ('K', 'R'): 2.9, ('V', 'H'): -2.1, ('I', 'Q'): -2.0, 209 ('V', 'P'): -1.9, ('M', 'C'): -1.2, ('K', 'N'): 0.9, ('V', 'T'): 0.2, 210 ('M', 'G'): -3.5, ('T', 'S'): 1.4, ('I', 'E'): -2.9, ('M', 'K'): -1.5, 211 ('I', 'A'): -0.8, ('N', 'N'): 3.6, ('R', 'R'): 4.8, ('F', 'P'): -3.8, 212 ('L', 'I'): 2.8, ('I', 'S'): -1.8, ('D', 'S'): 0.4, ('L', 'S'): -2.2, 213 ('I', 'H'): -2.3, ('F', 'D'): -4.7, ('D', 'C'): -3.2, ('F', 'H'): 0.0, 214 ('D', 'G'): 0.2, ('F', 'L'): 2.1 215 }
216 benner74 = _temp() 217 del _temp 218 219 220 # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum100.cmp
221 -def _temp():
222 return { 223 ('W', 'F'): 0, ('L', 'R'): -4, ('S', 'P'): -2, ('V', 'T'): -1, 224 ('Q', 'Q'): 7, ('N', 'A'): -2, ('Z', 'Y'): -4, ('W', 'R'): -4, 225 ('Q', 'A'): -1, ('S', 'D'): -1, ('H', 'H'): 9, ('S', 'H'): -2, 226 ('H', 'D'): -2, ('L', 'N'): -5, ('W', 'A'): -4, ('Y', 'M'): -3, 227 ('G', 'R'): -4, ('Y', 'I'): -3, ('Y', 'E'): -4, ('B', 'Y'): -4, 228 ('Y', 'A'): -4, ('V', 'D'): -5, ('B', 'S'): -1, ('Y', 'Y'): 8, 229 ('G', 'N'): -2, ('E', 'C'): -6, ('Y', 'Q'): -3, ('Z', 'Z'): 4, 230 ('V', 'A'): -1, ('C', 'C'): 9, ('M', 'R'): -2, ('V', 'E'): -3, 231 ('T', 'N'): -1, ('P', 'P'): 8, ('V', 'I'): 2, ('V', 'S'): -3, 232 ('Z', 'P'): -3, ('V', 'M'): 0, ('T', 'F'): -3, ('V', 'Q'): -3, 233 ('K', 'K'): 6, ('P', 'D'): -3, ('I', 'H'): -5, ('I', 'D'): -6, 234 ('T', 'R'): -2, ('P', 'L'): -4, ('K', 'G'): -3, ('M', 'N'): -4, 235 ('P', 'H'): -3, ('F', 'Q'): -4, ('Z', 'G'): -4, ('X', 'L'): -2, 236 ('T', 'M'): -2, ('Z', 'C'): -6, ('X', 'H'): -2, ('D', 'R'): -3, 237 ('B', 'W'): -6, ('X', 'D'): -3, ('Z', 'K'): 0, ('F', 'A'): -4, 238 ('Z', 'W'): -4, ('F', 'E'): -5, ('D', 'N'): 1, ('B', 'K'): -1, 239 ('X', 'X'): -2, ('F', 'I'): -1, ('B', 'G'): -2, ('X', 'T'): -1, 240 ('F', 'M'): -1, ('B', 'C'): -5, ('Z', 'I'): -4, ('Z', 'V'): -3, 241 ('S', 'S'): 6, ('L', 'Q'): -3, ('W', 'E'): -5, ('Q', 'R'): 0, 242 ('N', 'N'): 7, ('W', 'M'): -3, ('Q', 'C'): -5, ('W', 'I'): -4, 243 ('S', 'C'): -2, ('L', 'A'): -3, ('S', 'G'): -1, ('L', 'E'): -5, 244 ('W', 'Q'): -3, ('H', 'G'): -4, ('S', 'K'): -1, ('Q', 'N'): -1, 245 ('N', 'R'): -1, ('H', 'C'): -5, ('Y', 'N'): -3, ('G', 'Q'): -3, 246 ('Y', 'F'): 3, ('C', 'A'): -1, ('V', 'L'): 0, ('G', 'E'): -4, 247 ('G', 'A'): -1, ('K', 'R'): 2, ('E', 'D'): 1, ('Y', 'R'): -3, 248 ('M', 'Q'): -1, ('T', 'I'): -2, ('C', 'D'): -5, ('V', 'F'): -2, 249 ('T', 'A'): -1, ('T', 'P'): -3, ('B', 'P'): -3, ('T', 'E'): -2, 250 ('V', 'N'): -4, ('P', 'G'): -4, ('M', 'A'): -2, ('K', 'H'): -2, 251 ('V', 'R'): -4, ('P', 'C'): -5, ('M', 'E'): -4, ('K', 'L'): -4, 252 ('V', 'V'): 5, ('M', 'I'): 1, ('T', 'Q'): -2, ('I', 'G'): -6, 253 ('P', 'K'): -2, ('M', 'M'): 8, ('K', 'D'): -2, ('I', 'C'): -2, 254 ('Z', 'D'): 0, ('F', 'R'): -4, ('X', 'K'): -2, ('Q', 'D'): -2, 255 ('X', 'G'): -3, ('Z', 'L'): -4, ('X', 'C'): -3, ('Z', 'H'): -1, 256 ('B', 'L'): -5, ('B', 'H'): -1, ('F', 'F'): 7, ('X', 'W'): -4, 257 ('B', 'D'): 4, ('D', 'A'): -3, ('S', 'L'): -4, ('X', 'S'): -1, 258 ('F', 'N'): -5, ('S', 'R'): -2, ('W', 'D'): -7, ('V', 'Y'): -3, 259 ('W', 'L'): -4, ('H', 'R'): -1, ('W', 'H'): -3, ('H', 'N'): 0, 260 ('W', 'T'): -5, ('T', 'T'): 6, ('S', 'F'): -3, ('W', 'P'): -6, 261 ('L', 'D'): -6, ('B', 'I'): -5, ('L', 'H'): -4, ('S', 'N'): 0, 262 ('B', 'T'): -2, ('L', 'L'): 5, ('Y', 'K'): -4, ('E', 'Q'): 1, 263 ('Y', 'G'): -6, ('Z', 'S'): -1, ('Y', 'C'): -4, ('G', 'D'): -3, 264 ('B', 'V'): -5, ('E', 'A'): -2, ('Y', 'W'): 1, ('E', 'E'): 6, 265 ('Y', 'S'): -3, ('C', 'N'): -4, ('V', 'C'): -2, ('T', 'H'): -3, 266 ('P', 'R'): -3, ('V', 'G'): -5, ('T', 'L'): -3, ('V', 'K'): -4, 267 ('K', 'Q'): 1, ('R', 'A'): -2, ('I', 'R'): -4, ('T', 'D'): -2, 268 ('P', 'F'): -5, ('I', 'N'): -5, ('K', 'I'): -4, ('M', 'D'): -5, 269 ('V', 'W'): -4, ('W', 'W'): 11, ('M', 'H'): -3, ('P', 'N'): -4, 270 ('K', 'A'): -2, ('M', 'L'): 2, ('K', 'E'): 0, ('Z', 'E'): 5, 271 ('X', 'N'): -2, ('Z', 'A'): -2, ('Z', 'M'): -3, ('X', 'F'): -3, 272 ('K', 'C'): -5, ('B', 'Q'): -1, ('X', 'B'): -2, ('B', 'M'): -4, 273 ('F', 'C'): -3, ('Z', 'Q'): 3, ('X', 'Z'): -2, ('F', 'G'): -5, 274 ('B', 'E'): 0, ('X', 'V'): -2, ('F', 'K'): -4, ('B', 'A'): -3, 275 ('X', 'R'): -2, ('D', 'D'): 7, ('W', 'G'): -5, ('Z', 'F'): -5, 276 ('S', 'Q'): -1, ('W', 'C'): -5, ('W', 'K'): -5, ('H', 'Q'): 0, 277 ('L', 'C'): -3, ('W', 'N'): -6, ('S', 'A'): 1, ('L', 'G'): -5, 278 ('W', 'S'): -4, ('S', 'E'): -1, ('H', 'E'): -1, ('S', 'I'): -4, 279 ('H', 'A'): -3, ('S', 'M'): -3, ('Y', 'L'): -3, ('Y', 'H'): 1, 280 ('Y', 'D'): -5, ('E', 'R'): -2, ('X', 'P'): -3, ('G', 'G'): 6, 281 ('G', 'C'): -5, ('E', 'N'): -1, ('Y', 'T'): -3, ('Y', 'P'): -5, 282 ('T', 'K'): -2, ('A', 'A'): 5, ('P', 'Q'): -2, ('T', 'C'): -2, 283 ('V', 'H'): -5, ('T', 'G'): -3, ('I', 'Q'): -4, ('Z', 'T'): -2, 284 ('C', 'R'): -5, ('V', 'P'): -4, ('P', 'E'): -3, ('M', 'C'): -3, 285 ('K', 'N'): -1, ('I', 'I'): 5, ('P', 'A'): -1, ('M', 'G'): -5, 286 ('T', 'S'): 1, ('I', 'E'): -5, ('P', 'M'): -4, ('M', 'K'): -2, 287 ('I', 'A'): -3, ('P', 'I'): -4, ('R', 'R'): 7, ('X', 'M'): -2, 288 ('L', 'I'): 1, ('X', 'I'): -2, ('Z', 'B'): 1, ('X', 'E'): -2, 289 ('Z', 'N'): -1, ('X', 'A'): -1, ('B', 'R'): -2, ('B', 'N'): 4, 290 ('F', 'D'): -5, ('X', 'Y'): -3, ('Z', 'R'): -1, ('F', 'H'): -2, 291 ('B', 'F'): -5, ('F', 'L'): 0, ('X', 'Q'): -2, ('B', 'B'): 4 292 }
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