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Source Code for Module Bio.SubsMat.MatrixInfo

   1  # This code is part of the Biopython distribution and governed by its 
   2  # license.  Please see the LICENSE file that should have been included 
   3  # as part of this package. 
   4  # 
   5   
   6  """Substitution matrices for use in alignments, etc. 
   7   
   8  The information on this page was originally obtained from Dr. Gerhard Vogt's 
   9  page http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/mlist1.html (dead link), 
  10  and was extracted using a script. 
  11   
  12  You can view an archive copy of this webpage from 1999 here; 
  13  https://web.archive.org/web/19991014010917/http://www.embl-heidelberg.de/%7Evogt/matrices/mlist1.html 
  14  """ 
  15   
  16  __docformat__ = "restructuredtext en" 
  17   
  18  # a list of all available substitution matrices 
  19  available_matrices = ['benner6', 'benner22', 'benner74', 'blosum100', 
  20                        'blosum30', 'blosum35', 'blosum40', 'blosum45', 
  21                        'blosum50', 'blosum55', 'blosum60', 'blosum62', 
  22                        'blosum65', 'blosum70', 'blosum75', 'blosum80', 
  23                        'blosum85', 'blosum90', 'blosum95', 'feng', 
  24                        'fitch', 'genetic', 'gonnet', 'grant', 
  25                        'ident', 'johnson', 'levin', 'mclach', 
  26                        'miyata', 'nwsgappep', 'pam120', 'pam180', 
  27                        'pam250', 'pam30', 'pam300', 'pam60', 
  28                        'pam90', 'rao', 'risler', 'structure' 
  29                       ] 
  30   
  31  #NOTE - The only reason we define temp functions rather than assigning 
  32  #the dictionaries directly to variables is to work around a JVM 
  33  #limitation on code size if running under Jython. The temp functions 
  34  #have an underscore to indicate they are private, and are in any case 
  35  #deleted after use (partly to ensure we don't use any of them twice). 
  36   
  37   
  38  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/benner6.cmp 
39 -def _temp():
40 return { 41 ('W', 'F') : -1.6, ('L', 'R') : -3.2, ('I', 'I') : 4.4, ('Q', 'Q') : 5.3, 42 ('W', 'N') : -4.4, ('V', 'I') : 3.9, ('H', 'T') : -1.7, ('H', 'P') : -0.4, 43 ('W', 'V') : -4.8, ('Q', 'E') : 2.1, ('W', 'R') : 2.0, ('Q', 'A') : -1.7, 44 ('H', 'H') : 6.1, ('H', 'D') : 0.1, ('L', 'N') : -3.4, ('Y', 'M') : -3.6, 45 ('Y', 'I') : -3.3, ('Y', 'E') : -4.1, ('E', 'S') : -1.2, ('Y', 'A') : -4.0, 46 ('Y', 'Y') : 9.5, ('T', 'C') : -1.5, ('E', 'C') : -4.7, ('Y', 'Q') : -1.4, 47 ('E', 'G') : 0.5, ('V', 'A') : 0.7, ('C', 'C') : 12.1, ('M', 'R') : -3.0, 48 ('P', 'T') : 0.6, ('V', 'E') : -3.0, ('P', 'P') : 6.5, ('I', 'T') : 0.7, 49 ('K', 'S') : -1.2, ('R', 'G') : -0.1, ('I', 'P') : -2.0, ('R', 'C') : -0.4, 50 ('A', 'T') : 1.7, ('K', 'K') : 5.6, ('A', 'P') : 1.1, ('V', 'M') : 3.3, 51 ('I', 'D') : -4.2, ('K', 'C') : -2.8, ('K', 'G') : -1.4, ('R', 'S') : -0.9, 52 ('F', 'Q') : -4.4, ('F', 'A') : -3.2, ('V', 'V') : 4.0, ('M', 'N') : -2.5, 53 ('F', 'E') : -6.7, ('D', 'N') : 2.5, ('F', 'I') : 0.0, ('F', 'M') : -0.1, 54 ('M', 'S') : -1.3, ('S', 'S') : 2.1, ('L', 'Q') : -2.4, ('W', 'E') : -5.6, 55 ('W', 'A') : -4.3, ('W', 'M') : -4.4, ('H', 'S') : -0.9, ('W', 'I') : -5.0, 56 ('S', 'C') : 0.9, ('L', 'A') : -1.3, ('L', 'E') : -5.0, ('W', 'Q') : -2.6, 57 ('H', 'G') : -2.1, ('Q', 'N') : 0.1, ('H', 'C') : -1.2, ('L', 'M') : -2.9, 58 ('W', 'Y') : -0.3, ('Y', 'N') : -0.9, ('E', 'P') : -2.6, ('Y', 'F') : 5.6, 59 ('E', 'T') : -1.6, ('A', 'A') : 2.5, ('I', 'N') : -2.5, ('G', 'A') : 0.8, 60 ('Y', 'V') : -3.8, ('E', 'D') : 4.4, ('W', 'H') : -2.8, ('Y', 'R') : -2.6, 61 ('M', 'Q') : -3.1, ('P', 'S') : 1.4, ('R', 'H') : 1.8, ('A', 'C') : -1.7, 62 ('R', 'D') : -1.5, ('K', 'P') : -2.3, ('L', 'D') : -5.3, ('K', 'T') : -1.1, 63 ('V', 'N') : -2.4, ('M', 'A') : -0.2, ('K', 'H') : 0.9, ('V', 'R') : -3.7, 64 ('P', 'C') : -2.7, ('M', 'E') : -4.1, ('A', 'S') : 1.4, ('T', 'T') : 2.4, 65 ('R', 'T') : -1.3, ('I', 'G') : -3.4, ('R', 'P') : -1.3, ('K', 'D') : -0.2, 66 ('I', 'C') : -3.6, ('F', 'R') : -4.9, ('F', 'V') : -0.5, ('L', 'C') : -3.8, 67 ('F', 'F') : 8.3, ('D', 'A') : -0.6, ('F', 'N') : -3.5, ('W', 'D') : -6.3, 68 ('L', 'P') : -0.2, ('Q', 'S') : -1.4, ('N', 'C') : -1.6, ('N', 'G') : -0.1, 69 ('H', 'N') : 1.4, ('W', 'T') : -2.6, ('Q', 'G') : -1.6, ('W', 'P') : -4.8, 70 ('Q', 'C') : -3.2, ('N', 'S') : 1.2, ('L', 'H') : -2.2, ('L', 'L') : 4.8, 71 ('G', 'T') : -0.5, ('M', 'M') : 4.8, ('G', 'P') : -1.7, ('Y', 'K') : -4.0, 72 ('Y', 'G') : -4.9, ('Y', 'C') : 2.6, ('E', 'A') : -0.7, ('E', 'E') : 5.2, 73 ('Y', 'S') : -1.8, ('M', 'P') : -1.8, ('V', 'C') : -3.1, ('M', 'T') : 0.6, 74 ('V', 'G') : -2.3, ('R', 'E') : -0.4, ('V', 'K') : -3.8, ('K', 'Q') : 2.5, 75 ('R', 'A') : -1.7, ('I', 'R') : -3.8, ('N', 'A') : 0.0, ('V', 'S') : -0.9, 76 ('M', 'D') : -4.3, ('M', 'H') : -3.4, ('K', 'A') : -1.9, ('R', 'Q') : 2.5, 77 ('K', 'E') : 0.9, ('F', 'S') : -1.8, ('I', 'K') : -3.8, ('D', 'P') : -2.8, 78 ('D', 'T') : -1.2, ('I', 'M') : 4.0, ('F', 'C') : -0.1, ('W', 'L') : -3.0, 79 ('F', 'G') : -5.7, ('F', 'K') : -6.3, ('F', 'T') : -2.4, ('D', 'D') : 5.2, 80 ('Q', 'T') : -1.7, ('W', 'G') : -1.7, ('Q', 'P') : 0.1, ('W', 'C') : 1.6, 81 ('W', 'K') : -1.4, ('H', 'Q') : 3.2, ('Q', 'D') : 0.6, ('W', 'W') : 14.7, 82 ('V', 'L') : 1.9, ('L', 'G') : -4.6, ('W', 'S') : -2.9, ('L', 'K') : -4.1, 83 ('N', 'P') : -1.1, ('H', 'E') : -0.2, ('N', 'T') : 0.5, ('H', 'A') : -2.1, 84 ('Y', 'L') : -1.6, ('Y', 'H') : 4.4, ('G', 'S') : 0.8, ('Y', 'D') : -2.3, 85 ('V', 'Q') : -3.5, ('L', 'T') : -0.4, ('G', 'G') : 5.8, ('G', 'C') : -1.3, 86 ('E', 'N') : 1.1, ('Y', 'T') : -3.4, ('Y', 'P') : -3.8, ('R', 'N') : -0.1, 87 ('V', 'D') : -3.3, ('K', 'R') : 4.3, ('V', 'H') : -3.8, ('I', 'Q') : -3.8, 88 ('V', 'P') : -1.6, ('M', 'C') : -3.7, ('K', 'N') : 1.0, ('V', 'T') : 0.6, 89 ('M', 'G') : -3.7, ('T', 'S') : 1.5, ('I', 'E') : -4.1, ('M', 'K') : -2.9, 90 ('I', 'A') : 0.1, ('N', 'N') : 3.6, ('R', 'R') : 5.1, ('F', 'P') : -3.2, 91 ('L', 'I') : 2.4, ('I', 'S') : -1.2, ('D', 'S') : -0.4, ('L', 'S') : -1.5, 92 ('I', 'H') : -3.7, ('F', 'D') : -5.7, ('D', 'C') : -3.7, ('F', 'H') : 0.1, 93 ('D', 'G') : 0.8, ('F', 'L') : 2.4 94 }
95 benner6 = _temp() 96 97 98 # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/benner22.cmp
99 -def _temp():
100 return { 101 ('W', 'F') : 0.5, ('L', 'R') : -2.9, ('I', 'I') : 4.2, ('Q', 'Q') : 4.2, 102 ('W', 'N') : -5.2, ('V', 'I') : 3.6, ('H', 'T') : -1.1, ('H', 'P') : -0.4, 103 ('W', 'V') : -4.5, ('Q', 'E') : 1.7, ('W', 'R') : -1.1, ('Q', 'A') : -0.9, 104 ('H', 'H') : 6.1, ('H', 'D') : 0.3, ('L', 'N') : -3.5, ('Y', 'M') : -1.8, 105 ('Y', 'I') : -2.2, ('Y', 'E') : -4.0, ('E', 'S') : -0.5, ('Y', 'A') : -3.5, 106 ('Y', 'Y') : 9.0, ('T', 'C') : -1.1, ('E', 'C') : -4.3, ('Y', 'Q') : -1.9, 107 ('E', 'G') : 0.5, ('V', 'A') : 0.4, ('C', 'C') : 12.6, ('M', 'R') : -2.1, 108 ('P', 'T') : 0.4, ('V', 'E') : -2.7, ('P', 'P') : 7.0, ('I', 'T') : 0.3, 109 ('K', 'S') : -0.4, ('R', 'G') : -0.7, ('I', 'P') : -2.3, ('R', 'C') : -1.6, 110 ('A', 'T') : 1.4, ('K', 'K') : 4.4, ('A', 'P') : 0.8, ('V', 'M') : 2.5, 111 ('I', 'D') : -4.0, ('K', 'C') : -3.3, ('K', 'G') : -1.0, ('R', 'S') : -0.5, 112 ('F', 'Q') : -3.6, ('F', 'A') : -3.1, ('V', 'V') : 3.7, ('M', 'N') : -2.6, 113 ('F', 'E') : -5.7, ('D', 'N') : 2.4, ('F', 'I') : 0.5, ('F', 'M') : 0.7, 114 ('M', 'S') : -1.5, ('S', 'S') : 2.0, ('L', 'Q') : -2.0, ('W', 'E') : -6.3, 115 ('W', 'A') : -5.5, ('W', 'M') : -2.8, ('H', 'S') : -0.5, ('W', 'I') : -4.4, 116 ('S', 'C') : 0.3, ('L', 'A') : -1.7, ('L', 'E') : -4.4, ('W', 'Q') : -3.3, 117 ('H', 'G') : -2.0, ('Q', 'N') : 0.5, ('H', 'C') : -1.5, ('L', 'M') : 3.2, 118 ('W', 'Y') : 1.5, ('Y', 'N') : -1.2, ('E', 'P') : -1.7, ('Y', 'F') : 5.9, 119 ('E', 'T') : -0.9, ('A', 'A') : 2.5, ('I', 'N') : -2.7, ('G', 'A') : 0.8, 120 ('Y', 'V') : -2.6, ('E', 'D') : 3.9, ('W', 'H') : -2.7, ('Y', 'R') : -2.7, 121 ('M', 'Q') : -1.7, ('P', 'S') : 1.1, ('R', 'H') : 1.5, ('A', 'C') : -1.2, 122 ('R', 'D') : -1.0, ('K', 'P') : -1.6, ('L', 'D') : -4.9, ('K', 'T') : -0.4, 123 ('V', 'N') : -2.3, ('M', 'A') : -0.8, ('K', 'H') : 0.8, ('V', 'R') : -2.9, 124 ('P', 'C') : -3.1, ('M', 'E') : -3.4, ('A', 'S') : 1.3, ('T', 'T') : 2.5, 125 ('R', 'T') : -0.7, ('I', 'G') : -3.8, ('R', 'P') : -1.2, ('K', 'D') : 0.2, 126 ('I', 'C') : -2.4, ('F', 'R') : -4.3, ('F', 'V') : -0.1, ('L', 'C') : -2.6, 127 ('F', 'F') : 7.7, ('D', 'A') : -0.2, ('F', 'N') : -3.5, ('W', 'D') : -6.4, 128 ('L', 'P') : -1.3, ('Q', 'S') : -0.6, ('N', 'C') : -1.9, ('N', 'G') : 0.4, 129 ('H', 'N') : 1.4, ('W', 'T') : -4.5, ('Q', 'G') : -1.4, ('W', 'P') : -5.8, 130 ('Q', 'C') : -3.3, ('N', 'S') : 1.1, ('L', 'H') : -2.1, ('L', 'L') : 4.6, 131 ('G', 'T') : -0.7, ('M', 'M') : 4.9, ('G', 'P') : -1.8, ('Y', 'K') : -3.6, 132 ('Y', 'G') : -4.8, ('Y', 'C') : 0.6, ('E', 'A') : -0.3, ('E', 'E') : 4.6, 133 ('Y', 'S') : -1.9, ('M', 'P') : -2.0, ('V', 'C') : -1.7, ('M', 'T') : 0.1, 134 ('V', 'G') : -2.5, ('R', 'E') : -0.1, ('V', 'K') : -2.7, ('K', 'Q') : 2.2, 135 ('R', 'A') : -1.2, ('I', 'R') : -3.2, ('N', 'A') : 0.0, ('V', 'S') : -0.9, 136 ('M', 'D') : -3.9, ('M', 'H') : -2.4, ('K', 'A') : -1.0, ('R', 'Q') : 2.2, 137 ('K', 'E') : 1.0, ('F', 'S') : -2.2, ('I', 'K') : -3.0, ('D', 'P') : -1.8, 138 ('D', 'T') : -0.7, ('I', 'M') : 3.1, ('F', 'C') : -0.1, ('W', 'L') : -1.8, 139 ('F', 'G') : -5.8, ('F', 'K') : -5.1, ('F', 'T') : -2.6, ('D', 'D') : 4.8, 140 ('Q', 'T') : -0.7, ('W', 'G') : -4.5, ('Q', 'P') : -0.1, ('W', 'C') : 0.5, 141 ('W', 'K') : -3.7, ('H', 'Q') : 2.4, ('Q', 'D') : 0.6, ('W', 'W') : 15.7, 142 ('V', 'L') : 2.0, ('L', 'G') : -4.9, ('W', 'S') : -3.9, ('L', 'K') : -3.3, 143 ('N', 'P') : -1.1, ('H', 'E') : -0.2, ('N', 'T') : 0.5, ('H', 'A') : -1.6, 144 ('Y', 'L') : -0.7, ('Y', 'H') : 3.7, ('G', 'S') : 0.6, ('Y', 'D') : -3.0, 145 ('V', 'Q') : -2.4, ('L', 'T') : -1.0, ('G', 'G') : 6.2, ('G', 'C') : -1.7, 146 ('E', 'N') : 1.2, ('Y', 'T') : -3.0, ('Y', 'P') : -3.5, ('R', 'N') : 0.4, 147 ('V', 'D') : -3.0, ('K', 'R') : 3.9, ('V', 'H') : -3.0, ('I', 'Q') : -2.7, 148 ('V', 'P') : -1.7, ('M', 'C') : -2.5, ('K', 'N') : 1.0, ('V', 'T') : 0.4, 149 ('M', 'G') : -3.8, ('T', 'S') : 1.5, ('I', 'E') : -3.6, ('M', 'K') : -2.0, 150 ('I', 'A') : -0.4, ('N', 'N') : 3.3, ('R', 'R') : 5.0, ('F', 'P') : -3.4, 151 ('L', 'I') : 2.7, ('I', 'S') : -1.4, ('D', 'S') : 0.1, ('L', 'S') : -2.1, 152 ('I', 'H') : -3.2, ('F', 'D') : -5.4, ('D', 'C') : -3.7, ('F', 'H') : 0.3, 153 ('D', 'G') : 0.7, ('F', 'L') : 2.2 154 }
155 benner22 = _temp() 156 del _temp 157 assert benner6 != benner22 158 159 160 # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/benner74.cmp
161 -def _temp():
162 return { 163 ('W', 'F') : 3.0, ('L', 'R') : -2.4, ('I', 'I') : 4.0, ('Q', 'Q') : 3.0, 164 ('W', 'N') : -4.0, ('V', 'I') : 3.2, ('H', 'T') : -0.5, ('H', 'P') : -1.0, 165 ('W', 'V') : -2.9, ('Q', 'E') : 1.7, ('W', 'R') : -1.6, ('Q', 'A') : -0.3, 166 ('H', 'H') : 6.1, ('H', 'D') : 0.4, ('L', 'N') : -3.1, ('Y', 'M') : -0.5, 167 ('Y', 'I') : -1.0, ('Y', 'E') : -3.0, ('E', 'S') : 0.1, ('Y', 'A') : -2.6, 168 ('Y', 'Y') : 8.1, ('T', 'C') : -0.6, ('E', 'C') : -3.2, ('Y', 'Q') : -1.8, 169 ('E', 'G') : -0.5, ('V', 'A') : 0.1, ('C', 'C') : 11.8, ('M', 'R') : -1.8, 170 ('P', 'T') : 0.1, ('V', 'E') : -2.1, ('P', 'P') : 7.5, ('I', 'T') : -0.3, 171 ('K', 'S') : 0.0, ('R', 'G') : -1.0, ('I', 'P') : -2.6, ('R', 'C') : -2.2, 172 ('A', 'T') : 0.7, ('K', 'K') : 3.4, ('A', 'P') : 0.4, ('V', 'M') : 1.8, 173 ('I', 'D') : -3.9, ('K', 'C') : -2.9, ('K', 'G') : -1.1, ('R', 'S') : -0.2, 174 ('F', 'Q') : -2.8, ('F', 'A') : -2.6, ('V', 'V') : 3.4, ('M', 'N') : -2.2, 175 ('F', 'E') : -4.3, ('D', 'N') : 2.2, ('F', 'I') : 0.9, ('F', 'M') : 1.3, 176 ('M', 'S') : -1.4, ('S', 'S') : 2.1, ('L', 'Q') : -1.7, ('W', 'E') : -4.7, 177 ('W', 'A') : -4.1, ('W', 'M') : -1.3, ('H', 'S') : -0.3, ('W', 'I') : -2.3, 178 ('S', 'C') : 0.1, ('L', 'A') : -1.4, ('L', 'E') : -3.1, ('W', 'Q') : -2.8, 179 ('H', 'G') : -1.6, ('Q', 'N') : 0.7, ('H', 'C') : -1.3, ('L', 'M') : 2.9, 180 ('W', 'Y') : 3.6, ('Y', 'N') : -1.4, ('E', 'P') : -0.7, ('Y', 'F') : 5.3, 181 ('E', 'T') : -0.2, ('A', 'A') : 2.4, ('I', 'N') : -2.8, ('G', 'A') : 0.6, 182 ('Y', 'V') : -1.4, ('E', 'D') : 2.9, ('W', 'H') : -1.0, ('Y', 'R') : -2.0, 183 ('M', 'Q') : -1.0, ('P', 'S') : 0.5, ('R', 'H') : 1.0, ('A', 'C') : 0.3, 184 ('R', 'D') : -0.5, ('K', 'P') : -0.8, ('L', 'D') : -4.2, ('K', 'T') : 0.1, 185 ('V', 'N') : -2.2, ('M', 'A') : -0.8, ('K', 'H') : 0.6, ('V', 'R') : -2.2, 186 ('P', 'C') : -3.1, ('M', 'E') : -2.2, ('A', 'S') : 1.1, ('T', 'T') : 2.5, 187 ('R', 'T') : -0.3, ('I', 'G') : -4.3, ('R', 'P') : -0.1, ('K', 'D') : 0.4, 188 ('I', 'C') : -1.2, ('F', 'R') : -3.5, ('F', 'V') : 0.1, ('L', 'C') : -1.6, 189 ('F', 'F') : 7.2, ('D', 'A') : -0.3, ('F', 'N') : -3.2, ('W', 'D') : -5.5, 190 ('L', 'P') : -2.2, ('Q', 'S') : 0.1, ('N', 'C') : -1.8, ('N', 'G') : 0.4, 191 ('H', 'N') : 1.2, ('W', 'T') : -3.7, ('Q', 'G') : -1.1, ('W', 'P') : -5.2, 192 ('Q', 'C') : -2.6, ('N', 'S') : 0.9, ('L', 'H') : -1.9, ('L', 'L') : 4.2, 193 ('G', 'T') : -1.0, ('M', 'M') : 4.5, ('G', 'P') : -1.7, ('Y', 'K') : -2.4, 194 ('Y', 'G') : -4.3, ('Y', 'C') : -0.4, ('E', 'A') : -0.1, ('E', 'E') : 3.7, 195 ('Y', 'S') : -1.9, ('M', 'P') : -2.4, ('V', 'C') : -0.2, ('M', 'T') : -0.4, 196 ('V', 'G') : -3.1, ('R', 'E') : 0.3, ('V', 'K') : -1.9, ('K', 'Q') : 1.7, 197 ('R', 'A') : -0.8, ('I', 'R') : -2.6, ('N', 'A') : -0.2, ('V', 'S') : -1.0, 198 ('M', 'D') : -3.2, ('M', 'H') : -1.5, ('K', 'A') : -0.4, ('R', 'Q') : 1.6, 199 ('K', 'E') : 1.2, ('F', 'S') : -2.6, ('I', 'K') : -2.3, ('D', 'P') : -1.0, 200 ('D', 'T') : -0.2, ('I', 'M') : 2.6, ('F', 'C') : -0.7, ('W', 'L') : -0.9, 201 ('F', 'G') : -5.4, ('F', 'K') : -3.6, ('F', 'T') : -2.2, ('D', 'D') : 4.8, 202 ('Q', 'T') : -0.1, ('W', 'G') : -4.1, ('Q', 'P') : -0.2, ('W', 'C') : -0.9, 203 ('W', 'K') : -3.6, ('H', 'Q') : 1.4, ('Q', 'D') : 0.8, ('W', 'W') : 14.7, 204 ('V', 'L') : 1.9, ('L', 'G') : -4.6, ('W', 'S') : -3.4, ('L', 'K') : -2.4, 205 ('N', 'P') : -1.0, ('H', 'E') : 0.2, ('N', 'T') : 0.4, ('H', 'A') : -1.0, 206 ('Y', 'L') : -0.1, ('Y', 'H') : 2.5, ('G', 'S') : 0.4, ('Y', 'D') : -2.8, 207 ('V', 'Q') : -1.7, ('L', 'T') : -1.1, ('G', 'G') : 6.6, ('G', 'C') : -2.0, 208 ('E', 'N') : 1.0, ('Y', 'T') : -2.1, ('Y', 'P') : -3.4, ('R', 'N') : 0.3, 209 ('V', 'D') : -2.9, ('K', 'R') : 2.9, ('V', 'H') : -2.1, ('I', 'Q') : -2.0, 210 ('V', 'P') : -1.9, ('M', 'C') : -1.2, ('K', 'N') : 0.9, ('V', 'T') : 0.2, 211 ('M', 'G') : -3.5, ('T', 'S') : 1.4, ('I', 'E') : -2.9, ('M', 'K') : -1.5, 212 ('I', 'A') : -0.8, ('N', 'N') : 3.6, ('R', 'R') : 4.8, ('F', 'P') : -3.8, 213 ('L', 'I') : 2.8, ('I', 'S') : -1.8, ('D', 'S') : 0.4, ('L', 'S') : -2.2, 214 ('I', 'H') : -2.3, ('F', 'D') : -4.7, ('D', 'C') : -3.2, ('F', 'H') : 0.0, 215 ('D', 'G') : 0.2, ('F', 'L') : 2.1 216 }
217 benner74 = _temp() 218 del _temp 219 220 221 # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum100.cmp
222 -def _temp():
223 return { 224 ('W', 'F') : 0, ('L', 'R') : -4, ('S', 'P') : -2, ('V', 'T') : -1, 225 ('Q', 'Q') : 7, ('N', 'A') : -2, ('Z', 'Y') : -4, ('W', 'R') : -4, 226 ('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : -1, ('H', 'H') : 9, ('S', 'H') : -2, 227 ('H', 'D') : -2, ('L', 'N') : -5, ('W', 'A') : -4, ('Y', 'M') : -3, 228 ('G', 'R') : -4, ('Y', 'I') : -3, ('Y', 'E') : -4, ('B', 'Y') : -4, 229 ('Y', 'A') : -4, ('V', 'D') : -5, ('B', 'S') : -1, ('Y', 'Y') : 8, 230 ('G', 'N') : -2, ('E', 'C') : -6, ('Y', 'Q') : -3, ('Z', 'Z') : 4, 231 ('V', 'A') : -1, ('C', 'C') : 9, ('M', 'R') : -2, ('V', 'E') : -3, 232 ('T', 'N') : -1, ('P', 'P') : 8, ('V', 'I') : 2, ('V', 'S') : -3, 233 ('Z', 'P') : -3, ('V', 'M') : 0, ('T', 'F') : -3, ('V', 'Q') : -3, 234 ('K', 'K') : 6, ('P', 'D') : -3, ('I', 'H') : -5, ('I', 'D') : -6, 235 ('T', 'R') : -2, ('P', 'L') : -4, ('K', 'G') : -3, ('M', 'N') : -4, 236 ('P', 'H') : -3, ('F', 'Q') : -4, ('Z', 'G') : -4, ('X', 'L') : -2, 237 ('T', 'M') : -2, ('Z', 'C') : -6, ('X', 'H') : -2, ('D', 'R') : -3, 238 ('B', 'W') : -6, ('X', 'D') : -3, ('Z', 'K') : 0, ('F', 'A') : -4, 239 ('Z', 'W') : -4, ('F', 'E') : -5, ('D', 'N') : 1, ('B', 'K') : -1, 240 ('X', 'X') : -2, ('F', 'I') : -1, ('B', 'G') : -2, ('X', 'T') : -1, 241 ('F', 'M') : -1, ('B', 'C') : -5, ('Z', 'I') : -4, ('Z', 'V') : -3, 242 ('S', 'S') : 6, ('L', 'Q') : -3, ('W', 'E') : -5, ('Q', 'R') : 0, 243 ('N', 'N') : 7, ('W', 'M') : -3, ('Q', 'C') : -5, ('W', 'I') : -4, 244 ('S', 'C') : -2, ('L', 'A') : -3, ('S', 'G') : -1, ('L', 'E') : -5, 245 ('W', 'Q') : -3, ('H', 'G') : -4, ('S', 'K') : -1, ('Q', 'N') : -1, 246 ('N', 'R') : -1, ('H', 'C') : -5, ('Y', 'N') : -3, ('G', 'Q') : -3, 247 ('Y', 'F') : 3, ('C', 'A') : -1, ('V', 'L') : 0, ('G', 'E') : -4, 248 ('G', 'A') : -1, ('K', 'R') : 2, ('E', 'D') : 1, ('Y', 'R') : -3, 249 ('M', 'Q') : -1, ('T', 'I') : -2, ('C', 'D') : -5, ('V', 'F') : -2, 250 ('T', 'A') : -1, ('T', 'P') : -3, ('B', 'P') : -3, ('T', 'E') : -2, 251 ('V', 'N') : -4, ('P', 'G') : -4, ('M', 'A') : -2, ('K', 'H') : -2, 252 ('V', 'R') : -4, ('P', 'C') : -5, ('M', 'E') : -4, ('K', 'L') : -4, 253 ('V', 'V') : 5, ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : -2, ('I', 'G') : -6, 254 ('P', 'K') : -2, ('M', 'M') : 8, ('K', 'D') : -2, ('I', 'C') : -2, 255 ('Z', 'D') : 0, ('F', 'R') : -4, ('X', 'K') : -2, ('Q', 'D') : -2, 256 ('X', 'G') : -3, ('Z', 'L') : -4, ('X', 'C') : -3, ('Z', 'H') : -1, 257 ('B', 'L') : -5, ('B', 'H') : -1, ('F', 'F') : 7, ('X', 'W') : -4, 258 ('B', 'D') : 4, ('D', 'A') : -3, ('S', 'L') : -4, ('X', 'S') : -1, 259 ('F', 'N') : -5, ('S', 'R') : -2, ('W', 'D') : -7, ('V', 'Y') : -3, 260 ('W', 'L') : -4, ('H', 'R') : -1, ('W', 'H') : -3, ('H', 'N') : 0, 261 ('W', 'T') : -5, ('T', 'T') : 6, ('S', 'F') : -3, ('W', 'P') : -6, 262 ('L', 'D') : -6, ('B', 'I') : -5, ('L', 'H') : -4, ('S', 'N') : 0, 263 ('B', 'T') : -2, ('L', 'L') : 5, ('Y', 'K') : -4, ('E', 'Q') : 1, 264 ('Y', 'G') : -6, ('Z', 'S') : -1, ('Y', 'C') : -4, ('G', 'D') : -3, 265 ('B', 'V') : -5, ('E', 'A') : -2, ('Y', 'W') : 1, ('E', 'E') : 6, 266 ('Y', 'S') : -3, ('C', 'N') : -4, ('V', 'C') : -2, ('T', 'H') : -3, 267 ('P', 'R') : -3, ('V', 'G') : -5, ('T', 'L') : -3, ('V', 'K') : -4, 268 ('K', 'Q') : 1, ('R', 'A') : -2, ('I', 'R') : -4, ('T', 'D') : -2, 269 ('P', 'F') : -5, ('I', 'N') : -5, ('K', 'I') : -4, ('M', 'D') : -5, 270 ('V', 'W') : -4, ('W', 'W') : 11, ('M', 'H') : -3, ('P', 'N') : -4, 271 ('K', 'A') : -2, ('M', 'L') : 2, ('K', 'E') : 0, ('Z', 'E') : 5, 272 ('X', 'N') : -2, ('Z', 'A') : -2, ('Z', 'M') : -3, ('X', 'F') : -3, 273 ('K', 'C') : -5, ('B', 'Q') : -1, ('X', 'B') : -2, ('B', 'M') : -4, 274 ('F', 'C') : -3, ('Z', 'Q') : 3, ('X', 'Z') : -2, ('F', 'G') : -5, 275 ('B', 'E') : 0, ('X', 'V') : -2, ('F', 'K') : -4, ('B', 'A') : -3, 276 ('X', 'R') : -2, ('D', 'D') : 7, ('W', 'G') : -5, ('Z', 'F') : -5, 277 ('S', 'Q') : -1, ('W', 'C') : -5, ('W', 'K') : -5, ('H', 'Q') : 0, 278 ('L', 'C') : -3, ('W', 'N') : -6, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -5, 279 ('W', 'S') : -4, ('S', 'E') : -1, ('H', 'E') : -1, ('S', 'I') : -4, 280 ('H', 'A') : -3, ('S', 'M') : -3, ('Y', 'L') : -3, ('Y', 'H') : 1, 281 ('Y', 'D') : -5, ('E', 'R') : -2, ('X', 'P') : -3, ('G', 'G') : 6, 282 ('G', 'C') : -5, ('E', 'N') : -1, ('Y', 'T') : -3, ('Y', 'P') : -5, 283 ('T', 'K') : -2, ('A', 'A') : 5, ('P', 'Q') : -2, ('T', 'C') : -2, 284 ('V', 'H') : -5, ('T', 'G') : -3, ('I', 'Q') : -4, ('Z', 'T') : -2, 285 ('C', 'R') : -5, ('V', 'P') : -4, ('P', 'E') : -3, ('M', 'C') : -3, 286 ('K', 'N') : -1, ('I', 'I') : 5, ('P', 'A') : -1, ('M', 'G') : -5, 287 ('T', 'S') : 1, ('I', 'E') : -5, ('P', 'M') : -4, ('M', 'K') : -2, 288 ('I', 'A') : -3, ('P', 'I') : -4, ('R', 'R') : 7, ('X', 'M') : -2, 289 ('L', 'I') : 1, ('X', 'I') : -2, ('Z', 'B') : 1, ('X', 'E') : -2, 290 ('Z', 'N') : -1, ('X', 'A') : -1, ('B', 'R') : -2, ('B', 'N') : 4, 291 ('F', 'D') : -5, ('X', 'Y') : -3, ('Z', 'R') : -1, ('F', 'H') : -2, 292 ('B', 'F') : -5, ('F', 'L') : 0, ('X', 'Q') : -2, ('B', 'B') : 4 293 }
294 blosum100 = _temp() 295 del _temp 296 297 298 # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum30.cmp
299 -def _temp():
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