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Source Code for Module Bio.Data.SCOPData

  1  # This code is part of the Biopython distribution and governed by its 
  2  # license.  Please see the LICENSE file that should have been included 
  3  # as part of this package. 
  5  """Additional protein alphabets used in the SCOP database and PDB files. 
  7  See Bio.SCOP for more information about SCOP and Biopython"s SCOP module. 
  8  """ 
 11  protein_letters_3to1 = { 
 12      "00C": "C", "01W": "X", "02K": "A", "03Y": "C", "07O": "C", 
 13      "08P": "C", "0A0": "D", "0A1": "Y", "0A2": "K", "0A8": "C", 
 14      "0AA": "V", "0AB": "V", "0AC": "G", "0AD": "G", "0AF": "W", 
 15      "0AG": "L", "0AH": "S", "0AK": "D", "0AM": "A", "0AP": "C", 
 16      "0AU": "U", "0AV": "A", "0AZ": "P", "0BN": "F", "0C ": "C", 
 17      "0CS": "A", "0DC": "C", "0DG": "G", "0DT": "T", "0FL": "A", 
 18      "0G ": "G", "0NC": "A", "0SP": "A", "0U ": "U", "0YG": "YG", 
 19      "10C": "C", "125": "U", "126": "U", "127": "U", "128": "N", 
 20      "12A": "A", "143": "C", "175": "ASG", "193": "X", "1AP": "A", 
 21      "1MA": "A", "1MG": "G", "1PA": "F", "1PI": "A", "1PR": "N", 
 22      "1SC": "C", "1TQ": "W", "1TY": "Y", "1X6": "S", "200": "F", 
 23      "23F": "F", "23S": "X", "26B": "T", "2AD": "X", "2AG": "A", 
 24      "2AO": "X", "2AR": "A", "2AS": "X", "2AT": "T", "2AU": "U", 
 25      "2BD": "I", "2BT": "T", "2BU": "A", "2CO": "C", "2DA": "A", 
 26      "2DF": "N", "2DM": "N", "2DO": "X", "2DT": "T", "2EG": "G", 
 27      "2FE": "N", "2FI": "N", "2FM": "M", "2GT": "T", "2HF": "H", 
 28      "2LU": "L", "2MA": "A", "2MG": "G", "2ML": "L", "2MR": "R", 
 29      "2MT": "P", "2MU": "U", "2NT": "T", "2OM": "U", "2OT": "T", 
 30      "2PI": "X", "2PR": "G", "2SA": "N", "2SI": "X", "2ST": "T", 
 31      "2TL": "T", "2TY": "Y", "2VA": "V", "2XA": "C", "32S": "X", 
 32      "32T": "X", "3AH": "H", "3AR": "X", "3CF": "F", "3DA": "A", 
 33      "3DR": "N", "3GA": "A", "3MD": "D", "3ME": "U", "3NF": "Y", 
 34      "3QN": "K", "3TY": "X", "3XH": "G", "4AC": "N", "4BF": "Y", 
 35      "4CF": "F", "4CY": "M", "4DP": "W", "4F3": "GYG", "4FB": "P", 
 36      "4FW": "W", "4HT": "W", "4IN": "W", "4MF": "N", "4MM": "X", 
 37      "4OC": "C", "4PC": "C", "4PD": "C", "4PE": "C", "4PH": "F", 
 38      "4SC": "C", "4SU": "U", "4TA": "N", "4U7": "A", "56A": "H", 
 39      "5AA": "A", "5AB": "A", "5AT": "T", "5BU": "U", "5CG": "G", 
 40      "5CM": "C", "5CS": "C", "5FA": "A", "5FC": "C", "5FU": "U", 
 41      "5HP": "E", "5HT": "T", "5HU": "U", "5IC": "C", "5IT": "T", 
 42      "5IU": "U", "5MC": "C", "5MD": "N", "5MU": "U", "5NC": "C", 
 43      "5PC": "C", "5PY": "T", "5SE": "U", "5ZA": "TWG", "64T": "T", 
 44      "6CL": "K", "6CT": "T", "6CW": "W", "6HA": "A", "6HC": "C", 
 45      "6HG": "G", "6HN": "K", "6HT": "T", "6IA": "A", "6MA": "A", 
 46      "6MC": "A", "6MI": "N", "6MT": "A", "6MZ": "N", "6OG": "G", 
 47      "70U": "U", "7DA": "A", "7GU": "G", "7JA": "I", "7MG": "G", 
 48      "8AN": "A", "8FG": "G", "8MG": "G", "8OG": "G", "9NE": "E", 
 49      "9NF": "F", "9NR": "R", "9NV": "V", "A  ": "A", "A1P": "N", 
 50      "A23": "A", "A2L": "A", "A2M": "A", "A34": "A", "A35": "A", 
 51      "A38": "A", "A39": "A", "A3A": "A", "A3P": "A", "A40": "A", 
 52      "A43": "A", "A44": "A", "A47": "A", "A5L": "A", "A5M": "C", 
 53      "A5N": "N", "A5O": "A", "A66": "X", "AA3": "A", "AA4": "A", 
 54      "AAR": "R", "AB7": "X", "ABA": "A", "ABR": "A", "ABS": "A", 
 55      "ABT": "N", "ACB": "D", "ACL": "R", "AD2": "A", "ADD": "X", 
 56      "ADX": "N", "AEA": "X", "AEI": "D", "AET": "A", "AFA": "N", 
 57      "AFF": "N", "AFG": "G", "AGM": "R", "AGT": "C", "AHB": "N", 
 58      "AHH": "X", "AHO": "A", "AHP": "A", "AHS": "X", "AHT": "X", 
 59      "AIB": "A", "AKL": "D", "AKZ": "D", "ALA": "A", "ALC": "A", 
 60      "ALM": "A", "ALN": "A", "ALO": "T", "ALQ": "X", "ALS": "A", 
 61      "ALT": "A", "ALV": "A", "ALY": "K", "AN8": "A", "AP7": "A", 
 62      "APE": "X", "APH": "A", "API": "K", "APK": "K", "APM": "X", 
 63      "APP": "X", "AR2": "R", "AR4": "E", "AR7": "R", "ARG": "R", 
 64      "ARM": "R", "ARO": "R", "ARV": "X", "AS ": "A", "AS2": "D", 
 65      "AS9": "X", "ASA": "D", "ASB": "D", "ASI": "D", "ASK": "D", 
 66      "ASL": "D", "ASM": "X", "ASN": "N", "ASP": "D", "ASQ": "D", 
 67      "ASU": "N", "ASX": "B", "ATD": "T", "ATL": "T", "ATM": "T", 
 68      "AVC": "A", "AVN": "X", "AYA": "A", "AYG": "AYG", "AZK": "K", 
 69      "AZS": "S", "AZY": "Y", "B1F": "F", "B1P": "N", "B2A": "A", 
 70      "B2F": "F", "B2I": "I", "B2V": "V", "B3A": "A", "B3D": "D", 
 71      "B3E": "E", "B3K": "K", "B3L": "X", "B3M": "X", "B3Q": "X", 
 72      "B3S": "S", "B3T": "X", "B3U": "H", "B3X": "N", "B3Y": "Y", 
 73      "BB6": "C", "BB7": "C", "BB8": "F", "BB9": "C", "BBC": "C", 
 74      "BCS": "C", "BE2": "X", "BFD": "D", "BG1": "S", "BGM": "G", 
 75      "BH2": "D", "BHD": "D", "BIF": "F", "BIL": "X", "BIU": "I", 
 76      "BJH": "X", "BLE": "L", "BLY": "K", "BMP": "N", "BMT": "T", 
 77      "BNN": "F", "BNO": "X", "BOE": "T", "BOR": "R", "BPE": "C", 
 78      "BRU": "U", "BSE": "S", "BT5": "N", "BTA": "L", "BTC": "C", 
 79      "BTR": "W", "BUC": "C", "BUG": "V", "BVP": "U", "BZG": "N", 
 80      "C  ": "C", "C12": "TYG", "C1X": "K", "C25": "C", "C2L": "C", 
 81      "C2S": "C", "C31": "C", "C32": "C", "C34": "C", "C36": "C", 
 82      "C37": "C", "C38": "C", "C3Y": "C", "C42": "C", "C43": "C", 
 83      "C45": "C", "C46": "C", "C49": "C", "C4R": "C", "C4S": "C", 
 84      "C5C": "C", "C66": "X", "C6C": "C", "C99": "TFG", "CAF": "C", 
 85      "CAL": "X", "CAR": "C", "CAS": "C", "CAV": "X", "CAY": "C", 
 86      "CB2": "C", "CBR": "C", "CBV": "C", "CCC": "C", "CCL": "K", 
 87      "CCS": "C", "CCY": "CYG", "CDE": "X", "CDV": "X", "CDW": "C", 
 88      "CEA": "C", "CFL": "C", "CFY": "FCYG", "CG1": "G", "CGA": "E", 
 89      "CGU": "E", "CH ": "C", "CH6": "MYG", "CH7": "KYG", "CHF": "X", 
 90      "CHG": "X", "CHP": "G", "CHS": "X", "CIR": "R", "CJO": "GYG", 
 91      "CLE": "L", "CLG": "K", "CLH": "K", "CLV": "AFG", "CM0": "N", 
 92      "CME": "C", "CMH": "C", "CML": "C", "CMR": "C", "CMT": "C", 
 93      "CNU": "U", "CP1": "C", "CPC": "X", "CPI": "X", "CQR": "GYG", 
 94      "CR0": "TLG", "CR2": "GYG", "CR5": "G", "CR7": "KYG", "CR8": "HYG", 
 95      "CRF": "TWG", "CRG": "THG", "CRK": "MYG", "CRO": "GYG", "CRQ": "QYG", 
 96      "CRU": "EYG", "CRW": "ASG", "CRX": "ASG", "CS0": "C", "CS1": "C", 
 97      "CS3": "C", "CS4": "C", "CS8": "N", "CSA": "C", "CSB": "C", 
 98      "CSD": "C", "CSE": "C", "CSF": "C", "CSH": "SHG", "CSI": "G", 
 99      "CSJ": "C", "CSL": "C", "CSO": "C", "CSP": "C", "CSR": "C", 
100      "CSS": "C", "CSU": "C", "CSW": "C", "CSX": "C", "CSY": "SYG", 
101      "CSZ": "C", "CTE": "W", "CTG": "T", "CTH": "T", "CUC": "X", 
102      "CWR": "S", "CXM": "M", "CY0": "C", "CY1": "C", "CY3": "C", 
103      "CY4": "C", "CYA": "C", "CYD": "C", "CYF": "C", "CYG": "C", 
104      "CYJ": "X", "CYM": "C", "CYQ": "C", "CYR": "C", "CYS": "C", 
105      "CZ2": "C", "CZO": "GYG", "CZZ": "C", "D11": "T", "D1P": "N", 
106      "D3 ": "N", "D33": "N", "D3P": "G", "D3T": "T", "D4M": "T", 
107      "D4P": "X", "DA ": "A", "DA2": "X", "DAB": "A", "DAH": "F", 
108      "DAL": "A", "DAR": "R", "DAS": "D", "DBB": "T", "DBM": "N", 
109      "DBS": "S", "DBU": "T", "DBY": "Y", "DBZ": "A", "DC ": "C", 
110      "DC2": "C", "DCG": "G", "DCI": "X", "DCL": "X", "DCT": "C", 
111      "DCY": "C", "DDE": "H", "DDG": "G", "DDN": "U", "DDX": "N", 
112      "DFC": "C", "DFG": "G", "DFI": "X", "DFO": "X", "DFT": "N", 
113      "DG ": "G", "DGH": "G", "DGI": "G", "DGL": "E", "DGN": "Q", 
114      "DHA": "S", "DHI": "H", "DHL": "X", "DHN": "V", "DHP": "X", 
115      "DHU": "U", "DHV": "V", "DI ": "I", "DIL": "I", "DIR": "R", 
116      "DIV": "V", "DLE": "L", "DLS": "K", "DLY": "K", "DM0": "K", 
117      "DMH": "N", "DMK": "D", "DMT": "X", "DN ": "N", "DNE": "L", 
118      "DNG": "L", "DNL": "K", "DNM": "L", "DNP": "A", "DNR": "C", 
119      "DNS": "K", "DOA": "X", "DOC": "C", "DOH": "D", "DON": "L", 
120      "DPB": "T", "DPH": "F", "DPL": "P", "DPP": "A", "DPQ": "Y", 
121      "DPR": "P", "DPY": "N", "DRM": "U", "DRP": "N", "DRT": "T", 
122      "DRZ": "N", "DSE": "S", "DSG": "N", "DSN": "S", "DSP": "D", 
123      "DT ": "T", "DTH": "T", "DTR": "W", "DTY": "Y", "DU ": "U", 
124      "DVA": "V", "DXD": "N", "DXN": "N", "DYG": "DYG", "DYS": "C", 
125      "DZM": "A", "E  ": "A", "E1X": "A", "ECC": "Q", "EDA": "A", 
126      "EFC": "C", "EHP": "F", "EIT": "T", "ENP": "N", "ESB": "Y", 
127      "ESC": "M", "EXB": "X", "EXY": "L", "EY5": "N", "EYS": "X", 
128      "F2F": "F", "FA2": "A", "FA5": "N", "FAG": "N", "FAI": "N", 
129      "FB5": "A", "FB6": "A", "FCL": "F", "FFD": "N", "FGA": "E", 
130      "FGL": "G", "FGP": "S", "FHL": "X", "FHO": "K", "FHU": "U", 
131      "FLA": "A", "FLE": "L", "FLT": "Y", "FME": "M", "FMG": "G", 
132      "FMU": "N", "FOE": "C", "FOX": "G", "FP9": "P", "FPA": "F", 
133      "FRD": "X", "FT6": "W", "FTR": "W", "FTY": "Y", "FVA": "V", 
134      "FZN": "K", "G  ": "G", "G25": "G", "G2L": "G", "G2S": "G", 
135      "G31": "G", "G32": "G", "G33": "G", "G36": "G", "G38": "G", 
136      "G42": "G", "G46": "G", "G47": "G", "G48": "G", "G49": "G", 
137      "G4P": "N", "G7M": "G", "GAO": "G", "GAU": "E", "GCK": "C", 
138      "GCM": "X", "GDP": "G", "GDR": "G", "GFL": "G", "GGL": "E", 
139      "GH3": "G", "GHG": "Q", "GHP": "G", "GL3": "G", "GLH": "Q", 
140      "GLJ": "E", "GLK": "E", "GLM": "X", "GLN": "Q", "GLQ": "E", 
141      "GLU": "E", "GLX": "Z", "GLY": "G", "GLZ": "G", "GMA": "E", 
142      "GMS": "G", "GMU": "U", "GN7": "G", "GND": "X", "GNE": "N", 
143      "GOM": "G", "GPL": "K", "GS ": "G", "GSC": "G", "GSR": "G", 
144      "GSS": "G", "GSU": "E", "GT9": "C", "GTP": "G", "GVL": "X", 
145      "GYC": "CYG", "GYS": "SYG", "H2U": "U", "H5M": "P", "HAC": "A", 
146      "HAR": "R", "HBN": "H", "HCS": "X", "HDP": "U", "HEU": "U", 
147      "HFA": "X", "HGL": "X", "HHI": "H", "HHK": "AK", "HIA": "H", 
148      "HIC": "H", "HIP": "H", "HIQ": "H", "HIS": "H", "HL2": "L", 
149      "HLU": "L", "HMR": "R", "HOL": "N", "HPC": "F", "HPE": "F", 
150      "HPH": "F", "HPQ": "F", "HQA": "A", "HRG": "R", "HRP": "W", 
151      "HS8": "H", "HS9": "H", "HSE": "S", "HSL": "S", "HSO": "H", 
152      "HTI": "C", "HTN": "N", "HTR": "W", "HV5": "A", "HVA": "V", 
153      "HY3": "P", "HYP": "P", "HZP": "P", "I  ": "I", "I2M": "I", 
154      "I58": "K", "I5C": "C", "IAM": "A", "IAR": "R", "IAS": "D", 
155      "IC ": "C", "IEL": "K", "IEY": "HYG", "IG ": "G", "IGL": "G", 
156      "IGU": "G", "IIC": "SHG", "IIL": "I", "ILE": "I", "ILG": "E", 
157      "ILX": "I", "IMC": "C", "IML": "I", "IOY": "F", "IPG": "G", 
158      "IPN": "N", "IRN": "N", "IT1": "K", "IU ": "U", "IYR": "Y", 
159      "IYT": "T", "IZO": "M", "JJJ": "C", "JJK": "C", "JJL": "C", 
160      "JW5": "N", "K1R": "C", "KAG": "G", "KCX": "K", "KGC": "K", 
161      "KNB": "A", "KOR": "M", "KPI": "K", "KST": "K", "KYQ": "K", 
162      "L2A": "X", "LA2": "K", "LAA": "D", "LAL": "A", "LBY": "K", 
163      "LC ": "C", "LCA": "A", "LCC": "N", "LCG": "G", "LCH": "N", 
164      "LCK": "K", "LCX": "K", "LDH": "K", "LED": "L", "LEF": "L", 
165      "LEH": "L", "LEI": "V", "LEM": "L", "LEN": "L", "LET": "X", 
166      "LEU": "L", "LEX": "L", "LG ": "G", "LGP": "G", "LHC": "X", 
167      "LHU": "U", "LKC": "N", "LLP": "K", "LLY": "K", "LME": "E", 
168      "LMF": "K", "LMQ": "Q", "LMS": "N", "LP6": "K", "LPD": "P", 
169      "LPG": "G", "LPL": "X", "LPS": "S", "LSO": "X", "LTA": "X", 
170      "LTR": "W", "LVG": "G", "LVN": "V", "LYF": "K", "LYK": "K", 
171      "LYM": "K", "LYN": "K", "LYR": "K", "LYS": "K", "LYX": "K", 
172      "LYZ": "K", "M0H": "C", "M1G": "G", "M2G": "G", "M2L": "K", 
173      "M2S": "M", "M30": "G", "M3L": "K", "M5M": "C", "MA ": "A", 
174      "MA6": "A", "MA7": "A", "MAA": "A", "MAD": "A", "MAI": "R", 
175      "MBQ": "Y", "MBZ": "N", "MC1": "S", "MCG": "X", "MCL": "K", 
176      "MCS": "C", "MCY": "C", "MD3": "C", "MD6": "G", "MDH": "X", 
177      "MDO": "ASG", "MDR": "N", "MEA": "F", "MED": "M", "MEG": "E", 
178      "MEN": "N", "MEP": "U", "MEQ": "Q", "MET": "M", "MEU": "G", 
179      "MF3": "X", "MFC": "GYG", "MG1": "G", "MGG": "R", "MGN": "Q", 
180      "MGQ": "A", "MGV": "G", "MGY": "G", "MHL": "L", "MHO": "M", 
181      "MHS": "H", "MIA": "A", "MIS": "S", "MK8": "L", "ML3": "K", 
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183      "MMO": "R", "MMT": "T", "MND": "N", "MNL": "L", "MNU": "U", 
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